胶质瘤中碳水化合物磺基转移酶6的表达与临床预测价值

目的通过生物信息学方法探索碳水化合物磺基转移酶6(carbohydrate sulfotransferase 6,CHST6)在胶质瘤患者中的表达水平与预后关系及预后模型构建。方法分析CHST6的表达差异。以CHST6表达中位值为界限分为高、低表达组,分析组间预后差异情况。将CHST6表达量与不同临床特征行多因素Cox回归分析,建立预测改进模型,与对照模型比较效度提升情况。结果纳入TCGA及CGGA数据库中共1204例胶质瘤患者数据,CHST6在胶质瘤样本中明显上调[TCGA vs.GTEx,Z=2.457,P<0.001;CGGA vs.GTEx,Z=4.800,P<0.001],与年龄、WHO级别、IDH突变状态、1p19q共缺失一同作为胶质瘤的独立预后因素(Cox分析β=0.02,SE=0.01,HR=1.02,95%CI:1.01~1.04,P=0.01;C-Index 0.885,95%CI:0.862~0.908),较对照模型有更高的预测效度(改进模型vs.对照模型:TCGA d=0.036±0.004,SE=0.002,P=0.007;CGGA d=0.087±0.004,SE=0.002,P=0.001)。结论CHST6的高表达可能是胶质瘤患者不良预后的预测指标。

NOG基因作为潜在生物标志物在脑胶质瘤中的表达和临床意义

目的:基于生物信息学分析NOG基因在胶质瘤中的表达和预后价值,并推断NOG对胶质瘤发生发展的生物学功能。方法:从CGGA和TCGA数据库分别下载并筛选后得到422例和702例胶质瘤的mRNA表达数据集和临床信息数据集,采用非参数秩和检验分析NOG的差异表达情况。采用Kaplan-Meier生存曲线法和Cox分析法分析NOG对胶质瘤预后的预测价值。将CGGA和TCGA数据库中NOG与其他基因进行相关分析,筛选出强相关基因后,进行GO和KEGG分析。将NOG与血管生成相关基因集(angiogenesis related gene set,ARGS)进行GSVA分析,与血管生成拟态(vasculogenic mimicry,VM)相关基因进行相关分析。结果:成人胶质瘤WHO分级较低,年龄较小,则NOG表达量较高(P<0.001)。NOG在IDH突变型、1p19q共缺失、MGMT甲基化的组别中显著高表达(P<0.001)。生存分析显示,NOG高表达组的OS显著高于低表达组(P<0.0001)。Cox回归分析显示,TCGA数据中NOG表达水平是OS的独立预后因素[HR=0.395,95%CI(0.236,0.662)]。GO和KEGG分析显示,NOG富集在神经系统发育、成骨细胞分化、血管生成、细胞黏附、整合素、黏着斑、细胞外基质结构、TGF-β信号通路和肿瘤的蛋白聚糖等。GSVA分析提示,NOG表达与血管生成呈负相关关系。相关分析表明,NOG表达与胶质瘤VM相关基因表达呈负相关关系。结论:NOG基因在胶质瘤中存在差异表达,与分子标志物关系密切,是OS的独立预后因素,NOG高表达提示预后良好。NOG可能与神经系统发育、骨骼系统发育、血管生成、细胞迁移、TGF-β信号通路和肿瘤细胞的迁移、侵袭、转移关系密切。NOG可能参与胶质瘤内皮依赖性血管生成的负调控,同时抑制血管生成拟态形成。NOG在胶质瘤发生发展中可能起抗肿瘤作用,可作为胶质瘤的预后指标和潜在的靶向治疗生物标志物。