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基于人类线粒体基因功能网络的线粒体蛋白功能预测
被引量:
1
1
作者
赵培虎
李校
+2 位作者
桂俊鸿
刘震
张义正
《四川大学学报(自然科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第2期391-398,共8页
本研究旨在利用生物信息学的方法建立高可信度线粒体基因清单,通过整合14个全基因组和线粒体水平的异质组学证据,利用朴素贝叶斯模型建立了线粒体基因功能网络,然后基于此网络预测线粒体相关KEGG pathway新的组件,确定部分线粒体基因功...
本研究旨在利用生物信息学的方法建立高可信度线粒体基因清单,通过整合14个全基因组和线粒体水平的异质组学证据,利用朴素贝叶斯模型建立了线粒体基因功能网络,然后基于此网络预测线粒体相关KEGG pathway新的组件,确定部分线粒体基因功能.本研究预测得到78个线粒体相关KEGG pathway新的组件.
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关键词
线粒体
基因功能网络
朴素贝叶斯模型
蛋白质功能预测
原文传递
酿酒酵母线粒体蛋白转运系统在立克次体中的同源分析
被引量:
1
2
作者
刘震
李校
+2 位作者
赵培虎
桂俊鸿
张义正
《四川大学学报(自然科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第6期1427-1432,共6页
进化分析表明,与线粒体亲缘关系最近的原核生物是立克次体(Rickettsia prowazekii).搜索酿酒酵母(Saccharomyces cerevisia)线粒体蛋白转运系统的35个亚基在立克次体中的同源蛋白质,仅发现了5个同源蛋白,且它们只属于转运系统在线粒体...
进化分析表明,与线粒体亲缘关系最近的原核生物是立克次体(Rickettsia prowazekii).搜索酿酒酵母(Saccharomyces cerevisia)线粒体蛋白转运系统的35个亚基在立克次体中的同源蛋白质,仅发现了5个同源蛋白,且它们只属于转运系统在线粒体外膜和基质上的模块,没有发现转运系统在膜间隙和内膜模块的同源蛋白.对大肠杆菌(Escherichiacoli K-12 MG1655)的分析也有类似的结果.因此线粒体蛋白转运系统应该不是直接起源于内共生的原核生物.
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关键词
线粒体
酿酒酵母
蛋白转运
立克次体
同源分析
进化
原文传递
利用比较基因组学方法预测短小芽孢杆菌转录调控网络
被引量:
1
3
作者
桂俊鸿
李校
+3 位作者
赵培虎
刘震
王海燕
张义正
《四川大学学报(自然科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第1期230-238,共9页
为探讨短小芽孢杆菌(Bacillus pumilus)的基因调控关系,通过在其亲缘关系最近的模式菌——枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)中寻找同源转录因子及其调控基因的方式,预测出B.pumilus的候选转录调控网络;并利用转录因子绑定位点的位置权...
为探讨短小芽孢杆菌(Bacillus pumilus)的基因调控关系,通过在其亲缘关系最近的模式菌——枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)中寻找同源转录因子及其调控基因的方式,预测出B.pumilus的候选转录调控网络;并利用转录因子绑定位点的位置权重矩阵(PositionalWeight Matrix)在B.pumilus全基因组的基因上游区域扫描rnotif的方式来验证候选转录调控网络;最后再整合其他B.pumilus专属的调控数据,最终形成一个较完备的B.pumilus基因转录调控网络(包含1 95个转录因子和1201个受控基因).上述结果表明,在细菌中,利用比较基因组学的方法,以一个被广泛研究的模式生物所积累的基因转录调控关系数据为基础,推测出亲缘关系较近的其他物种的基因调控网络,其结果是可靠的,为探索一些尚不具备大规模基因表达芯片数据的物种的基因调控网络提供了一种可行的方法.
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关键词
比较基因组学
短小芽孢杆菌
枯草芽孢杆菌
转录调控网络
原文传递
题名
基于人类线粒体基因功能网络的线粒体蛋白功能预测
被引量:
1
1
作者
赵培虎
李校
桂俊鸿
刘震
张义正
机构
四川大学生命科学学院四川省分子生物学和生物技术重点实验室
出处
《四川大学学报(自然科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第2期391-398,共8页
基金
国家自然科学基金(61001149)
十二五国家科技重大专项(2012zx10005001-010)
文摘
本研究旨在利用生物信息学的方法建立高可信度线粒体基因清单,通过整合14个全基因组和线粒体水平的异质组学证据,利用朴素贝叶斯模型建立了线粒体基因功能网络,然后基于此网络预测线粒体相关KEGG pathway新的组件,确定部分线粒体基因功能.本研究预测得到78个线粒体相关KEGG pathway新的组件.
关键词
线粒体
基因功能网络
朴素贝叶斯模型
蛋白质功能预测
Keywords
mitochondria
gene function network
naive bayesian model
protein function prediction
分类号
Q756 [生物学—分子生物学]
原文传递
题名
酿酒酵母线粒体蛋白转运系统在立克次体中的同源分析
被引量:
1
2
作者
刘震
李校
赵培虎
桂俊鸿
张义正
机构
四川大学生命科学学院四川省分子生物学及生物技术重点实验室
出处
《四川大学学报(自然科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第6期1427-1432,共6页
基金
教育部博士点基金(200806101013)
国家自然科学基金(61001149).
文摘
进化分析表明,与线粒体亲缘关系最近的原核生物是立克次体(Rickettsia prowazekii).搜索酿酒酵母(Saccharomyces cerevisia)线粒体蛋白转运系统的35个亚基在立克次体中的同源蛋白质,仅发现了5个同源蛋白,且它们只属于转运系统在线粒体外膜和基质上的模块,没有发现转运系统在膜间隙和内膜模块的同源蛋白.对大肠杆菌(Escherichiacoli K-12 MG1655)的分析也有类似的结果.因此线粒体蛋白转运系统应该不是直接起源于内共生的原核生物.
关键词
线粒体
酿酒酵母
蛋白转运
立克次体
同源分析
进化
Keywords
mitochondria, Saccharomyces cerevisiae, protein import, Rickettsia prowazekii, homology analysis, evolution
分类号
Q811.4 [生物学—生物工程]
原文传递
题名
利用比较基因组学方法预测短小芽孢杆菌转录调控网络
被引量:
1
3
作者
桂俊鸿
李校
赵培虎
刘震
王海燕
张义正
机构
四川大学生命科学学院四川省分子生物学和生物技术重点实验室
出处
《四川大学学报(自然科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第1期230-238,共9页
基金
国家自然科学基金(61001149
31070071)
教育部博士点基金(200806101013)
文摘
为探讨短小芽孢杆菌(Bacillus pumilus)的基因调控关系,通过在其亲缘关系最近的模式菌——枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)中寻找同源转录因子及其调控基因的方式,预测出B.pumilus的候选转录调控网络;并利用转录因子绑定位点的位置权重矩阵(PositionalWeight Matrix)在B.pumilus全基因组的基因上游区域扫描rnotif的方式来验证候选转录调控网络;最后再整合其他B.pumilus专属的调控数据,最终形成一个较完备的B.pumilus基因转录调控网络(包含1 95个转录因子和1201个受控基因).上述结果表明,在细菌中,利用比较基因组学的方法,以一个被广泛研究的模式生物所积累的基因转录调控关系数据为基础,推测出亲缘关系较近的其他物种的基因调控网络,其结果是可靠的,为探索一些尚不具备大规模基因表达芯片数据的物种的基因调控网络提供了一种可行的方法.
关键词
比较基因组学
短小芽孢杆菌
枯草芽孢杆菌
转录调控网络
Keywords
comparative genomics, B. pumilus, B. subtilis, gene transcriptional regulatory network
分类号
Q811 [生物学—生物工程]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于人类线粒体基因功能网络的线粒体蛋白功能预测
赵培虎
李校
桂俊鸿
刘震
张义正
《四川大学学报(自然科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2013
1
原文传递
2
酿酒酵母线粒体蛋白转运系统在立克次体中的同源分析
刘震
李校
赵培虎
桂俊鸿
张义正
《四川大学学报(自然科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2011
1
原文传递
3
利用比较基因组学方法预测短小芽孢杆菌转录调控网络
桂俊鸿
李校
赵培虎
刘震
王海燕
张义正
《四川大学学报(自然科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2012
1
原文传递
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