生物信息学分析食管癌关键基因的表达及其临床意义

目的:采用生物信息学技术,从基因表达综合数据库(GEO)中挖掘食管癌(ESCA)异常表达基因,探讨该基因在食管癌中的表达及临床意义。方法:用R语言中的GEOquery包从GEO数据库中下载ESCA芯片数据集GSE38129、GSE20347,经sva包对数据集去除批次效应后,使用Limma包对标准化数据集进行差异表达基因(DEGs)筛选,利用cluster Profiler包对DEGs进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,在STRING网站对DEGs进行蛋白互作网络分析(PPI),利用MCODE和Cyto Hubba插件提取核心模块及核心基因(Hub gene)。在阿拉巴马伯明翰分校癌症数据库(UALCAN)输入Hub gene分析其表达水平与食管癌分期、甲基化水平及TP53突变等的关系,最后借助芯片数据GSE70409对核心基因进行验证。结果:在标准化数据集中筛选出390个DEGs,其中上调166个,下调224个。GO分析得出,它们主要参与有丝分裂细胞周期相变、细胞外基质生成、表皮发育等生物学过程。KEGG富集分析显示DEGs与细胞周期、细胞外基质受体相互作用、阿米巴病等信号通路相关。得到的PPI输入Cytoscape软件,共筛选出20个关键基因。关键基因输入UALCAN数据库分析,筛选出3个基因(CDK1、TOP2A、AURKA)m RNA表达水平在食管癌中显著高于正常组织(P<0.05),且这3个基因与食管癌临床分期、TP53突变率、该基因启动子甲基化水平呈正相关(P<0.05)。这3个基因的表达率在男性患者中均显著高于女性患者(P<0.05),41~60岁的患者的表达率明显高于其他年龄段(P<0.05)。通过基因表达谱交互式分析(GEPIA)数据库Kaplan-Meier生存曲线分析,CDK1和AURKA基因高表达的ESCA患者总生存期比低表达者短(P=0.036和P=0.033),因此CDK1和AURKA基因表达与食管癌预后负相关。结论:综合应用生物信息学技术,最终筛选出3个核心基因,在食管癌中表达高于正常组织。CDK1、TOP2A、AURKA的表达与肿瘤分期、该基因启动子甲基化水平和TP53突变状态正相关;其中CDK1、AURKA有可能成为食管癌临床诊断和预后判断的一种新的分子标志物。

变性淀粉的制备及应用研究进展

综述了目前淀粉变性的主要方法,包括化学变性、物理变性和复合变性。同时对变性淀粉在医药、食品、纺织等领域的应用进行了分析并对未来的发展趋势进行了展望。变性淀粉的高性能化和性能可调控化将是新一代变性淀粉的追求目标。

醚化工艺对羟乙基淀粉130/0.4品质的影响

为了制备高质量的羟乙基淀粉130/0.4,提高羟乙基淀粉作为血浆扩容剂的扩容效果和抗休克疗效,对羟乙基淀粉130/0.4合成工艺中的醚化工艺进行了系统研究。实验中以分子量为110 000~150 000的玉米淀粉为主要原料,以环氧乙烷为醚化剂,氢氧化钠为催化剂,合成了羟乙基淀粉130/0.4。研究了反应温度、反应时间、催化剂和环氧乙烷用量对羟乙基淀粉取代度和取代方式的影响。结果表明,环氧乙烷用量对产品取代度影响最大,而催化剂氢氧化钠用量则对产品取代方式影响最大。

生物信息学分析胰腺癌组织关键基因表达及其意义

目的利用生物信息学方法对GEO数据库进行探索,获取胰腺癌发生、发展的核心基因,分析胰腺癌发生、发展的潜在机制。方法使用GEOquery包从GEO数据库获取胰腺癌相关芯片数据(GSE62452),利用Limma包进行差异分析,结合clustreProfiler包对上调基因和下调基因分别进行GO功能和KEGG通路分析,利用String在线网站对差异基因进行蛋白互作网络分析,利用Cystoscopes软件筛选出核心基因,最后借助TCGA数据库和芯片数据(GSE28735)对核心基因进行再次验证。结果利用生物信息学方法共获得286个差异基因,其中包含上调基因189个,下调基因97个。富集分析结果显示上调基因涉及细胞组织黏附、细胞外基质组织构成等功能以及蛋白消化与吸收、PI_(3)K-Akt等信号通路相关。下调基因与脂类消化、细胞壁破裂等功能和胰腺分泌等信号通路密切相关。通过蛋白互作网络筛选出20个关键基因,利用GEPIA数据库对关键基因进行生存分析验证,发现3个基因(MMP11、LAMB3、PLAU)与胰腺癌预后明显相关。结论通过生物信息学方法最终筛选出3个核心基因,为胰腺癌的诊断和预后提供了新的思路。

湖北省留守儿童生活、学习质量调研报告

为了解留守儿童生活、学习质量,文章采用实地访谈和问卷调查的方法,对湖北省十堰市六县一市的留守儿童进行调研,结果显示留守儿童虽然是弱势群体但形成了比较积极的价值观;国家越来越重视留守儿童问题但关爱教育留守儿童的方法策略仍需进一步完善;留守儿童的生活学习方面仍存在情感缺失、教育资源不均衡等问题。

羧甲基淀粉钠/马铃薯淀粉交联微球的合成

以三偏磷酸钠为交联剂,合成了羧甲基淀粉钠/马铃薯淀粉交联微球。通过红外光谱、扫描电子显微镜以及吸水率的测定对产物进行了表征。结果表明:交联微球中羧甲基淀粉钠的含量越高,交联微球的吸水率越高。当交联剂用量为6%时,微球的形态和粒径分布最好。