内蒙古不同地区柠条根际土壤真菌群落多样性特征研究

柠条是内蒙古荒漠区改良生态环境的重要植物资源,根际土壤微生物对其生长发育具有重要影响作用。为探究不同地区柠条根际土壤真菌群落结构及其多样性特征,以巴彦淖尔(BS)、赤峰(CS)、乌兰察布(LS)三个地区9个取样点的柠条根际土壤为研究对象,用真菌ITS区的通用引物建库,进行高通量测序和生物信息学分析,并探讨其与环境因子的相关性。结果显示:(1)三个地区柠条根际土壤真菌共获得1 589个OTUs,隶属于9门、31纲、 81目、186科、326属,其中主要的优势菌门为子囊菌门(Ascomycota, 42.66%~93.81%)和担子菌门(Basidiomycota, 4.69%~50.85%),优势菌属为镰刀菌属(Fusarium)和未分类菌属(unclassified_f_Didymellaceae);不同样本优势菌群相对丰度不同,三个地区真菌群落多样性及丰富度为LS>BS>CS。(2)冗余分析(RDA)和Spearman分析发现,有效氮(AN)、速效磷(AP)与柠条根际土壤真菌组成和多样性具有显著相关性(P<0.05)。研究结果表明,不同地区柠条根际土壤真菌群落多样性及丰富度存在明显差异,同一地区的群落结构组成具有更多的相似性,乌兰察布地区普遍具有较高的真菌群落多样性和丰富度,土壤中AN和AP是影响柠条根际土壤真菌群落组成和多样性的主要环境因子。该研究结果有助于揭示柠条生态恢复和土壤微生物多样性的相互关系和机制,为柠条绿色生态发展和挖掘利用柠条根际环境微生物提供重要依据。

纳米孔测序技术在动物疫病防控中的应用

纳米孔测序是基于单分子的第三代基因测序技术,具有便于携带、实时测序、超长读长等技术优势。近年来,纳米孔测序技术发展迅速,在动物疫情现场处置、流行病学调查监测、动物疫病临床快速诊断、病原体基因组学研究等动物疫病防控领域得到广泛应用。通过综述可以发现纳米孔测序具有如下应用方面的特点:可及时准确鉴别病原体,给出精准检测结果,有助于基层有效应对突发、新发、外来动物疫情;可与PCR联合应用,快速获得病原体全基因组序列,为病毒遗传变异和流行病学分析提供重要参考和理论依据;可用其探索建立灵敏可靠、灵活机动、快速反应的病原体监测预警网;可利用其优势建立较全面的病原体基因库,为后续的临床耐药性分析及用药指导提供建议。随着纳米孔测序技术的不断发展,其在测序通量、准确度和自动化程度,测序成本与周期,数据分析软件的丰富性和易用性等方面有望进一步改善。