ACMG关于外显子组测序产前应用观点解读

作为胎儿医学诊断的一种新途径,外显子组测序技术(ES)在产前诊断中的使用率不断提高。2020年1月,美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)权威发布了胎儿ES在产前诊断中的应用指南,针对ES在产前诊断的应用场景、检测策略、报告周期、报告变异范围、检测前后的遗传咨询等方面进行了详细的阐述及指导建议。本文根据该指南要点进行解读。

绝经后骨质疏松生物标志物的筛选及免疫细胞浸润分析

目的绝经后骨质疏松症(PMOP)是绝经后妇女的常见疾病,但目前尚无有效的治疗方法。本研究旨在识别绝经后骨质疏松症形成过程中基因表达的重要变化,并提供相应的临床参考。方法从GEO下载的数据集GSE56116、京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes KEGG)扩增途径、基因本体学(GO)、蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,筛选其差异表达基因(DEG),并进一步分析得到了六个关键基因,分别是FOS、SYK、HCK、SELL、CCR1、NLRP3,然后我们分析了免疫细胞浸润。结果发现在骨关节炎和正常对照之间差异很大,与正常组织相比,PMOP组织含有较低比例的活性CD4T记忆细胞(P<0.05),最后从GSE7429数据集验证了关键基因NLRP3的表达水平。结论有助于我们进一步了解PMOP形成的分子机制,并为疾病的治疗提供新的思路。

遗传性对称性色素沉着症1例患儿的遗传学分析

目的探讨1例ADAR1基因变异所致的遗传性对称性色素沉着症(DSH)患儿的临床及遗传学特征。方法选取2020年6月因"手背不规则色素斑疹"就诊于郑州大学第一附属医院皮肤科的1例DSH患儿作为研究对象,收集家系成员的临床资料。对患儿进行全外显子组测序(WES),并用Sanger测序进行家系验证。进一步采用SWISS-MODEL预测野生型及变异型蛋白的三级结构。结果患儿为13岁男性,手背存在对称性色素沉着和色素脱失斑,临床诊断为DSH。WES及Sanger测序结果显示患儿及其父亲ADAR1基因第10外显子均存在c.2858dup(p.T954Dfs*20)杂合变异。根据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)相关指南判定为致病性变异(PVS1+PM2_Supporting+PM1+PP3)。结论ADAR1基因c.2858dup(p.T954Dfs*20)变异可能是该DSH患儿的遗传学病因。

X连锁显性Alport综合征两个家系COL4A5基因的变异分析与产前诊断

目的对2个X连锁显性遗传Alport综合征(AS)家系进行COL4A5基因变异分析与产前诊断。方法选取2018年9月和2020年1月就诊于郑州大学第一附属医院产前诊断中心的2个无亲缘关系的汉族AS家系为研究对象。采集2个家系的临床资料,抽取家系各成员外周静脉血样及胎儿羊水样品,联合采用高通量测序(NGS)与PCR-Sanger测序法对家系成员与胎儿的COL4A5基因进行检测,并对候选变异进行致病性分析。通过PCR扩增SRY基因确定胎儿的性别。结果基因检测结果显示家系1中的先证者及胎儿均携带COL4A5基因第32外显子c.2723G>A(p.Gly908Glu)变异;家系2中的先证者及胎儿2均携带COL4A5基因第44外显子c.3817G>A(p.Gly1273Asp)变异。根据美国医学与遗传学学会(ACMG)相关指南,COL4A5基因c.2723G>A(p.Gly908Glu)和c.3817G>A(p.Gly1273Asp)变异均被判定为疑似致病性变异(PP2+PM2_Supporting)。在排除母体污染的情况下,PCR扩增SRY基因显示两个胎儿均为男性。结论COL4A5基因c.2723G>A(p.Gly908Glu)和c.3817G>A(p.Gly1273Asp)变异可能分别为这2个AS家系的遗传学病因。在产前诊断中,PCR扩增SRY基因能够快速鉴定胎儿性别,有利于筛查与分析。该变异的发现丰富了COL4A5基因的变异谱,为探索AS基因型-临床表型相关性提供参考。

一例Gitelman综合征家系的SLC12A3基因变异分析

目的检测1个中国汉族Gitelman综合征(Gitelman syndrome,GS)SLC12A3基因的变异位点。方法收集家系成员的临床资料和血样,应用PCR扩增结合Sanger测序法家系,分别对家系中先证者SLC12A3基因的外显子进行变异分析,确定疑似致病变异后,对其他家系成员进行相应位点的验证。结果Sanger测序结果显示先证者SLC12A3基因存在第3外显子c.486_489del TACG(p.Ile162Met fs*8)和第25外显子c.2890C>T(p.Arg964Trp)复合杂合变异。检索文献发现,两种变异均为未报道过的新变异,100名健康对照均未发现上述变异。结论SLC12A3基因c.486_489del TACG(p.Ile162Met fs*8)和c.2890C>T(p.Arg964Trp)变异可能分别是为GS家系的疑似致病变异。

COL4A5基因新变异所致X连锁显性遗传Alport综合征的临床及遗传学分析

目的分析一个X连锁显性遗传Alport综合征家系COL4A5基因的移码突变谱及临床表型,为该病的基因诊断和家系咨询提供基础。方法应用二代测序技术进行基因检测,用Sanger测序对变异位点进行验证。采用病理及免疫荧光方法分别检测患者肾脏基底膜变化及COL4A5蛋白表达情况。结果患者肾损害逐渐进展,出现肉眼血尿、蛋白尿、肾病综合征等症状,病理检测发现基底膜弥散厚薄不均,免疫荧光检测COL4A5蛋白无表达。二代测序和Sanger测序结果提示先证者COL4A5基因第41外显子存在c.3706delC(p.1236Pfs*69)的缺失变异;其母亲及两个弟弟均发现该变异。结论报道了一个X连锁显性遗传Alport综合征家系,经基因变异筛查分析发现Ⅳ型胶原蛋白α5链的一个新的致病性基因变异,为该X连锁遗传性肾炎家系的分子诊断及临床分析提供了依据。