为揭示鸡骨骼肌生长发育过程中关键的可变剪切(Alternative splicing,AS),试验分别采集4(M4)、8(M8)和12(M12)周龄京海黄鸡胸肌用于转录组测序,筛选差异的AS(FDR≤0.05),并进行功能分析。结果显示:在M4 vs M8、M8 vs M12和M4 vs M12比...为揭示鸡骨骼肌生长发育过程中关键的可变剪切(Alternative splicing,AS),试验分别采集4(M4)、8(M8)和12(M12)周龄京海黄鸡胸肌用于转录组测序,筛选差异的AS(FDR≤0.05),并进行功能分析。结果显示:在M4 vs M8、M8 vs M12和M4 vs M12比较组中得到786、1 649和1 721条差异AS,分别对应了637、1 239和1 259条来源基因,其中228条为共有基因;GO功能富集分析发现TOP20条目中富集到蛋白质定位调节和细胞内蛋白质转运正调控等多条蛋白相关的生物学过程;KEGG通路分析显著富集到紧密连接和泛素介导的蛋白质水解等通路;利用蛋白互作网络结合GO和KEGG筛选到GAPDH、TRIP12、PDLIM7、CEP290、PTPRC、VTI1B和MYL1等多条关键来源基因。综上可知,可变剪切在鸡骨骼肌发育过程中普遍存在,且不同发育阶段可受相同的AS调控,同时,试验筛选的多条关键基因及其可变剪切在鸡骨骼肌发育过程中发挥重要作用。展开更多
文摘为揭示鸡骨骼肌生长发育过程中关键的可变剪切(Alternative splicing,AS),试验分别采集4(M4)、8(M8)和12(M12)周龄京海黄鸡胸肌用于转录组测序,筛选差异的AS(FDR≤0.05),并进行功能分析。结果显示:在M4 vs M8、M8 vs M12和M4 vs M12比较组中得到786、1 649和1 721条差异AS,分别对应了637、1 239和1 259条来源基因,其中228条为共有基因;GO功能富集分析发现TOP20条目中富集到蛋白质定位调节和细胞内蛋白质转运正调控等多条蛋白相关的生物学过程;KEGG通路分析显著富集到紧密连接和泛素介导的蛋白质水解等通路;利用蛋白互作网络结合GO和KEGG筛选到GAPDH、TRIP12、PDLIM7、CEP290、PTPRC、VTI1B和MYL1等多条关键来源基因。综上可知,可变剪切在鸡骨骼肌发育过程中普遍存在,且不同发育阶段可受相同的AS调控,同时,试验筛选的多条关键基因及其可变剪切在鸡骨骼肌发育过程中发挥重要作用。
