致血液感染的活泼瘤胃球菌的分离与鉴定

目的鉴定1株临床分离活泼瘤胃球菌。方法取2020年8月就诊于海南省人民医院的1例败血症患者的血液标本进行细菌培养、革兰染色,采用Vitek 2 Compact生化鉴定和基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)结合16S rRNA PCR扩增及测序鉴定分离株。结果该分离菌为革兰阳性链球菌,专性厌氧,MALDI-TOF MS鉴定置信度为83.7%;16S rRNA PCR产物为1446 bp,与已知活泼瘤胃球菌ATCC 29149^(T)序列号(NR 036800.1)16S rRNA基因同源性为99%,由分离株的系统进化树可知,该分离菌与标准菌株活泼瘤胃球菌ATCC 29149^(T)位于同一分支。结论常规生化方法无法鉴定出该菌,16S rRNA检测与MALDI-TOF MS结合可用于活泼瘤胃球菌鉴定。

基于illumina测序技术分析小泡巨鼠肠道微生物多样性

为探讨海南岛的小泡巨鼠肠道微生物群落组成及其菌群多样性。2019年12月于海南医学院-香港大学热带传染病联合实验室提取25只海南岛的成年小泡巨鼠(14只雄和11只雌性)粪便样本DNA,基于IonS5TMXL测序平台,利用单端测序(Single-End)的方法,构建小片段文库进行单端测序。通过对测序片段剪切过滤,操作分类单元(Operational Taxonomic Units,OTUs)聚类,利用mothur方法与SSUrRNA数据库对OTUs进行物种注释及丰度分析,并进一步开展α多样性分析(Alpha Diversity)和β多样性分析(Beta Diversity)。结果显示,从25只小泡巨鼠肠道粪便样本中共得到高质量序列1481842条,归属为14个门、85个科、186个属。从门分类水平上,小泡巨鼠的主要核心生物群有厚壁菌门(Firmicutes,46.04%),拟杆菌门(Bacteroidetes,25.34%);随后依次为变形菌门(Proteobacteria,17.09%),柔壁菌门(Tenericutes,7.38%),放线菌门(Actinobacteria,1.67%);这5个门占所有菌门的97.52%。属水平上螺杆菌属(Helicobacter)所占比例最大,为12.44%;其次为乳杆菌属(Lactobacillus,11.39%),梭菌属(Clostridium,6.19%),支原体属(Mycoplasma,4.23%),黄杆菌属(Flavonifractor,3.52%)。综上,高通量测序分析表明海南岛小泡巨鼠肠道菌群结构复杂,菌种多样,具有进一步研究的意义。

两株形态不同脓肿分枝杆菌的鉴定与分析

分析比较临床1例重症肺炎患者痰标本培养出的平滑型脓肿分枝杆菌(Mab^(S))和粗糙型脓肿分枝杆菌(Mab^(R)),并进行药敏试验研究,为临床诊断治疗提供科学依据。对Mab^(S)和MabR进行菌体形态观察、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)和16S rRNA基因序列测序比对,构建系统发育进化树进行同源性分析,并采用比例法和肉汤法进行体外药敏试验。Mab^(S)和Mab^(R)菌落形态不同,MALDI-TOF MS分析MabR有223个蛋白峰,Mab^(S)有147个蛋白峰。16s RNA基因测序MabS为1 397 bp,Mab^(R)为1 402 bp,药敏试验显示二者对抗结核药几乎耐药,对绝大部分抗菌药物敏感。Mab^(S)和Mab^(R)对抗结核治疗药物普遍耐药,而对抗菌药物几乎敏感,联合使用抗菌药物治疗有较好的疗效,可供临床参考。

1株从败血症患者血液分离的念珠状链杆菌的生物学特征

目的采用形态学方法结合分子生物学方法分析1株临床败血症患者血液分离的念珠状链杆菌(Streptobacillus moniliformis),为临床罕见致病性病原菌的鉴定提供参考。方法采用革兰染色、DL-96E,VITEK2 Compact自动细菌鉴定仪、MALDI-TOF MS质谱仪结合16S rRNA基因序列进行细菌鉴定,同时采用E-test法开展药敏试验。结果传统方法和MALDI-TOF MS无法鉴定出该菌,16S rRNA鉴定出该菌为念珠状链杆菌,药敏试验结果显示该菌对青霉素、头孢噻肟、亚胺培南、四环素和环丙沙星敏感,对氨基糖苷类(妥布霉素)、阿米卡星、庆大霉素和磺胺甲噁唑/甲氧苄啶耐药。结论 16S rRNA分子生物学方法结合形态观察和生化反应可以很好地鉴定出念珠状链杆菌,青霉素、头孢噻肟、亚胺培南、四环素和环丙沙星可用于该菌临床治疗。

海南岛中部山区鼠类肠道菌群多样性研究

目的研究海南岛中部山区鼠类肠道菌群结构的多样性。方法采用高通量测序技术分析野生鼠类肠道粪便样本菌群的结构组成并进行多样性分析。结果从20只鼠类粪便样本中共获得1569543条有效序列,操作分类单元范围为540~1274。门分类水平上厚壁菌门所占比例最高(55.83%),拟杆菌门为第二大优势菌门(27.74%)。属分类水平位于前10位的是螺杆菌属、乳杆菌属、梭菌属、大肠埃希菌-志贺菌属、链球菌属、毛螺菌属、粪杆菌属、梭杆菌属、支原体和Romboutsia。结论高通量测序分析发现海南岛中部山区鼠类肠道菌群结构复杂,菌种丰富,个体间存在较大差异,有6个样本螺杆菌属相对丰度最高,有进一步研究的意义和价值。