蛋白质组学肽段鉴定可信度评价方法

蛋白质组学基于质谱数据鉴定肽段和蛋白质,从而给出基因表达的直接证据,帮助解析蛋白质的结构和功能,研究蛋白质与疾病的关系,提供靶向治疗方案,而这些都取决于鉴定的肽段和蛋白质的准确性。蛋白质组学常采用目标-诱饵库方法 (target-decoy approach,TDA)对鉴定的肽段和蛋白质进行质量控制,并对其进行改进演化后应用到子类肽段(比如突变肽段和修饰肽段等)和交联肽段等特殊鉴定结果的可信度评价中。然而,TDA存在两个局限,即错误率估计值不够准确以及不能评价单个鉴定结果的可信度,经过TDA质量控制后的结果还需要进一步检验,因此领域内也提出了一系列其他方法 (本文统称为Beyond-TDA方法),协同加强肽段的可信度评价。本文对数据依赖模式下采集的质谱数据肽段层面的TDA常规方法和特殊方法进行了综述,对Beyond-TDA方法进行了分类阐述,并总结了各种方法的优势与不足。

基于计算机软件工程的现代化技术

当今社会是一个信息全球化的社会,随着社会经济的不断发展,电子计算机的使用越来越广泛,计算机软件工程的研发也不断的发展,计算机软件工程已逐渐成了各个行业创新发展的动力,已被使用到人类社会生产和人们生活的各领域。本文从计算机软件工程的基本问题展开讨论,分析其发展状况和必要性,重点提出了加强和改革的措施。

计算机网络中心机房建设实例

随着我国经济技术的发展及信息传播速度的逐渐加快,基于计算机的网络技术在人们生活中所扮演的角色越来越重要,其作用越来越明显。计算机网络中心机房作为信息网络系统的核心,在接受与传递信息中所扮演的角色越来越重要。计算机网络中心机房在建设中应充分考虑多方面因素,从规划到布置,确保机房能够满足日益变化的时代需要。为将中心机房建设成安全、稳定的场所,应在综合分析网络中心机房建设基本因素的基础上,充分考虑外界有可能对机房造成干扰的因素,确保机房安全。笔者通过某区一写字楼的工程实例,对计算机网络中心机房的位置选择及布局、机房建筑结构与装修、机房供配电及照明设施布置、防雷与接地措施施工、消防设置及机房信息化监控等各个环节进行了详细分析和说明,并提出相应的措施。

基于电子捕获裂解/电子转运裂解串联质谱技术的蛋白质组学研究

蛋白质组学的兴起带动了质谱技术的快速发展,而质谱技术的进步则拓宽了蛋白质组学研究问题的广度.最近10年内,肽段或完整蛋白质在质谱仪中的裂解技术——电子捕获裂解(electron capture dissociation,ECD)与电子转运裂解(electron transfer dissociation,ETD)逐渐发展起来.ECD和ETD在蛋白质组学中的应用,特别是在蛋白质的翻译后修饰鉴定和"自顶而下(Top-down)"的完整蛋白质裂解研究中已经展示出了诱人的前景.对ECD和ETD的基本原理、质谱特点、仪器实现、数据解析算法与软件开发,以及在蛋白质组学中的应用进展等方面进行了比较系统全面的阐述,并对当前的研究问题、面临的技术挑战与未来的发展趋势等方面作了深入剖析.

蛋白质结构与相互作用研究新方法--交联质谱技术

蛋白质的空间结构信息以及蛋白质间的相互作用信息对于研究蛋白质的功能有重要意义.研究蛋白质结构与相互作用的传统技术,如核磁共振技术、X射线晶体衍射技术等,对于蛋白质的纯度、结晶性和绝对量均有比较高的要求,限制了其广泛应用.交联质谱技术是近十多年来发展起来的新技术,它将质谱技术与交联技术相结合,在研究蛋白质结构与相互作用方面具有速度快、成本小、蛋白质各方面性状要求低等优势.本文就交联质谱技术各个环节的技术方法加以综述,包括交联质谱实验分离富集技术、常见交联剂特性、交联质谱数据库搜索算法、结果验证研究和交联质谱技术的应用等方面,并展望了该研究方向未来的发展.

“自顶向下(top-down)”的蛋白质组学--蛋白质变体的规模化鉴定

高分辨率质谱技术的快速发展使得"自顶向下"的蛋白质组学(top-down proteomics)研究逐渐成熟起来.在完整蛋白质水平上研究蛋白质组可以提供更精准、更丰富的生物学信息,特别是对于蛋白质上发生了多种关联性的翻译后修饰的情况.另外,由于基因突变、RNA可变剪接和大量蛋白质翻译后修饰的存在,同一个基因往往最终会产生多个"蛋白质变体"(proteoform),而要准确地鉴定这些蛋白质变体,也离不开"自顶向下"的蛋白质组学.在蛋白质水平上的分离技术、质谱技术与生物信息学技术是完整蛋白质鉴定最关键的三项技术.高效的分离技术是实现规模化蛋白质变体鉴定的前提,有效的质谱碎裂是提供可靠鉴定的核心,而快速准确的质谱鉴定算法则是数据分析效率的保障.本文对这三项技术进行了详细总结,重点集中在生物信息学相关技术上,包括对完整蛋白质的质谱数据预处理、数据库搜索鉴定以及翻译后修饰定位等几个计算问题的讨论.

基于正交设计的燃油蒸发系统电磁阀综合性能优化

脱附电磁阀是汽油轿车燃油蒸发控制系统中关键零部件之一,电磁阀的动态响应特性对燃油蒸汽的脱附速率有着重要的影响,同时,电磁阀衔铁的撞击噪声和电磁阀的通电可靠性与电磁阀产品的性能也有重要关系。为此,首先针对脱附电磁阀进行适当的模型简化,采用电磁场模拟软件Maxwell建立数学模型,通过仿真手段与试验结果进行响应特性标定对比,从而验证数学模型的准确性。而后基于正交设计方法,研究了不同铁芯材料、线圈匝数、线圈直径、工作间隙以及衔铁质量等结构参数对电磁阀的动态响应特性、撞击噪声以及能耗量的影响,并进行电磁阀综合性能的最优化设计,获得了最佳的综合性能。最后通过试验手段对最优化方案进行验证,并对其撞击噪声、响应特性进行了分析,结果表明通过正交设计方法的模拟预测与试验数据有较高的一致性,从而为电磁阀的综合优化提供了可靠的方法。

N-糖肽的规模化质谱解析方法进展

蛋白质糖基化修饰的鉴定是蛋白质翻译后修饰分析中最具挑战性的任务之一,近几年尤其受到关注.快速发展的质谱技术为规模化的蛋白质糖基化修饰研究提供了有效的手段.与其他基于质谱技术的翻译后修饰鉴定相比,糖基化鉴定的难点在于糖链是大分子而且存在微观不均一性,另外糖链本身可以在串联质谱中碎裂且与肽段的碎裂规律不同,导致蛋白质组学的质谱解析方法和软件难以完整地鉴定肽段序列和糖链结构.完整N-糖肽的鉴定是糖基化分析的热点内容之一,针对N-糖肽的鉴定,近年来,人们开发了多种多样的质谱解析方法,其中包括用N-糖酰胺酶切除糖链后鉴定N-糖基化位点的方法、基于电子转运裂解的糖肽肽段鉴定、基于高能碰撞裂解与电子转运裂解联用或碰撞诱导裂解与三级谱联用的完整N-糖肽鉴定等等.本文对这些质谱解析方法进行了整理和综述,简要指出了目前完整糖肽鉴定软件存在的一些不足,展望了未来的发展方向.

肽段反相色谱保留时间预测算法及其在蛋白质鉴定中的应用

液相色谱-质谱(LC-MS)联用是当今规模化蛋白质鉴定的主流技术。肽段在反相液相色谱(RPLC)中的保留时间主要是由肽段的理化性质和LC条件(固定相、流动相)决定的。可以通过分析肽段的理化性质,并量化它们对肽段色谱行为的影响来预测保留时间。预测结果可以用于帮助提高蛋白质鉴定的数量和可信度,也可用于肽段的翻译后修饰等研究。现在已有的保留时间预测算法主要有保留系数法和机器学习法两大类,得到的预测保留时间与实际保留时间相关系数可达到0.93。随着色谱和质谱技术的不断发展,肽段色谱行为的稳定性和重现性越来越好,保留时间预测结果也越来越准确。预测肽段保留时间将成为提高蛋白质鉴定结果的重要技术手段之一。

蛋白质基因组学:运用蛋白质组技术注释基因组

随着高通量DNA测序技术的飞速发展,越来越多的物种完成了基因组测序.定位编码基因、确定编码基因结构是基因组注释的基本任务,然而以往的基因组注释方法主要依赖于DNA及RNA序列信息.为了更加精确地解读完成测序的基因组,我们需要整合多种类型的组学数据进行基因组注释.近年来,基于串联质谱技术的蛋白质组学已经发展成熟,实现了对蛋白质组的高覆盖,使得利用串联质谱数据进行基因组注释成为可能.串联质谱数据一方面可以对已注释的基因进行表达验证,另一方面还可以校正原注释基因,进而发现新基因,实现对基因组序列的重新注释.这正是当前进展较快的蛋白质基因组学的研究内容.利用该方法系统地注释已完成测序的基因组已成为解读基因组的一个重要补充.本文综述了蛋白质基因组学的主要研究内容和研究方法,并展望了该研究方向未来的发展.

基于物联网的高校实训教学管理系统设计

随着社会的发展和科学技术的进步,物联网技术得到了广泛的应用,对各个行业逐渐产生了重要的影响。在目前高校的实训教学管理中,物联网的应用发挥了很大的作用,有效的解决了物物相连的问题,以及相互识别的问题。同时,物联网技术的应用,为高校的教学管理系统发展提供了一定的技术平台,促进了高校的发展。因此,本文针对当前高校教学管理系统中存在的问题,对物联网的应用进行了一定的分析。

内燃机微波协助点火研究发展综述

稀薄燃烧是能够大幅度提高内燃机热效率和降低内燃机排放的最有潜力的技术之一。针对稀薄燃烧面临的点火困难、燃烧不稳定等问题,综述了一种新型内燃机点火方式——微波协助点火技术,主要介绍了国内外微波协助点火技术的发动机台架试验研究、定容弹试验研究和点火机理等方面的研究,并指出微波协助点火这一技术能在无需改变内燃机现有结构的前提下大幅提高内燃机的燃烧稀限,对于改善汽油机或天然气发动机的稀薄燃烧性能具有巨大的应用潜力。

规模化蛋白质鉴定中母离子的准确检测技术研究

蛋白质组学的基础研究之一是蛋白质鉴定.规模化的蛋白质鉴定通常采用"鸟枪法",即选择一些酶切肽段(母离子)碎裂生成二级谱图,通过二级谱图及其母离子质量鉴定肽段,再推断对应的蛋白质.在鉴定过程中,母离子质量是一个关键参数.母离子是否是肽段的单同位素峰决定了正确肽段是否能进入候选,母离子的质量精度决定了候选肽段的数目.本文从判断单同位素峰和系统误差校准这两个角度研究了母离子的准确检测技术.判断单同位素峰的技术在蛋白质上已有研究,包括电荷判断、单同位素峰判断和重叠同位素峰判断.可以借鉴蛋白质水平的技术研究母离子的单同位素峰判断方法.同时母离子的系统误差校准也有较为成熟的方法.这两个角度的研究有助于提高规模化蛋白质的鉴定率.

关于武汉轨道交通近期规划线路换乘方式评价

研究目的:本文通过介绍武汉轨道交通近期规划中的线网特点和换乘节点设计特点,对于换乘行为类型和形式进行预测,以对于各个节点的设计特点与便利程度进行评价。并与其他城市进行比较,以期为武汉轨道交通后期线网的换乘设计与运营提供参考。研究结论:(1)武汉轨道交通网络换乘设计较为科学,换乘模式相对于北京、广州等已建成的轨道交通系统均有一定优势;(2)规划线路与1号线之间的换乘设施考虑不完善,导致换乘效率较差,换乘体验不佳;(3)设计方应结合城市发展和区域规划对于换乘站进行更合理的设计,对于后续建设规划线路实施合理的预留;(4)在运营中需要采取适当疏导措施以弥补换乘设计的不足。

柴油机掺氢文丘里管的结构设计及优化

为了将由水解装置产生的氢气由进气总管处引入柴油机,设计了一套文丘里管装置,将压力较低的氢气(0.15 MPa)自发地引入压力较高的进气总管(0.25 MPa)内。为了优化该文丘里管的吸氢能力,并降低文丘里管装置对发动机进气的影响,同时确保文丘里管结构尺寸较小便于安装,采用CFD软件FIRETM模拟了发动机实际工况下的文丘里管内气体流动情况,分析了分流流量、喉口管径、导流段管径、收缩角、扩压角、收缩圆角半径、扩压圆角半径等7个参数对氢气吸入能力的影响特征。结果表明:参数优化后文丘里管能够产生足够的低压,使水解的氢气顺利地吸入进气总管,同时不对发动机进气产生较大的流阻影响。

港铁公司拓展策略对内地轨道交通的影响

阐述港铁公司在轨道交通领域的拓展情况和在拓展中所面临的机遇与风险,总结拓展策略的优势与劣势。结合国内城轨发展形势、政策走向,分析港铁公司的拓展对内地轨道交通运营商的影响。

新媒体时代加强公民网络道德建设的必要性

互联网的兴起与广泛应用把人类社会带入了新媒体时代,在这个以虚拟世界高度发达为特征的时代里,只有保证公民在网络生活中不被虚拟技术的阴暗面所吞噬,才能始终保持良好的网络生活秩序,进而确保公民在现实生活中拥有较高的道德水平。

高职计算机公共课教学存在的问题及对策

本文主要针对高职计算机公共课教学中存在的问题进行研究,现阶段教学中存在的问题主要有教学模式落后、教学实践及考核机制不合理等问题,针对这些问题提出几点改进的措施。随着实践的发展,对高职计算机公共课教学还需要继续进化改革。

新时期青少年思想道德建设现状探研

青少年是祖国的未来，加强青少年的思想道德建设，有助于促进社会主义市场经济体制的进一步完善与中华民族优秀传统文化的传承与发展，更是使中国在激烈的国际竞争中立于不败之地的思想保证。思想政治教育工作者有责任有义务将青少年思想道德调整到合理的轨道上。

新发展理念融入医学院校思政课建设的路径探析

医学院校的思政课如何发展,如何打破固有模式,推陈出新,将新发展理念中创新、协调、绿色、开放、共享这个五个方面真正的融入到医学院校思政课课程建设和教学建设的每一个环节,是一项系统工程,本文通过“新发展理念融入医学院校思政课建设的意义”、“新发展理念与医学院校思政课建设结合的可行性”和“新发展理念与医学院校思政课建设的进路”三部分的论述,力求为新时代高校特别是医学院校思政课建设提供一定的路径选择。