基于SINE-RIPs标记的苏姜猪群体结构和遗传多样性分析

为了探究苏姜猪群体遗传结构与遗传多样性,本研究采用36个SINE-RIPs(SINE Retrotransposon Insertion Polymorphisms)标记检测苏姜猪育种核心群体的基因多态性,并分析群体的遗传参数,构建UPGMA(Unweightedpair Group Method Arithmeticmean)系统发育树。结果发现,苏姜猪群体中存在29个SINE-RIPs多态性,UPGMA系统发育树将苏姜猪群体分为10个家系,家系的PIC范围为0.1883~0.2371,Fst的范围为0.011 7~0.299 1,Fis的范围为-0.902 0~-0.049 3,说明苏姜猪群体存在丰富的遗传多样性,群体近交程度较低。该研究结果为苏姜猪的持续选育和开发利用提供参考依据。

猪esr基因反转录转座子插入多态性及其与大白猪生产性能的关联性分析

雌激素受体(Estrogen receptor,esr)介导雌激素影响相关基因表达,从而调控哺乳动物的生长和繁殖机能。为了探讨esr基因的反转录转座子多态性对猪生长性能的影响,文中应用比较基因组学和生物信息学方法,预测猪esr基因的反转录转座子插入位点,采用PCR方法验证不同品种猪中插入多态性,并将该基因型与大白猪性能进行关联分析。结果显示,esr1和esr2基因验证后得到4个反转录转座子多态性位点,分别是位于esr1基因内含子2的esr1-SINE-RIP1、位于内含子5的esr1-LINE-RIP2和esr1-SINE-RIP3,以及位于esr2基因内含子1的esr2-LINE-RIP。其中esr1-SINE-RIP1的287 bp SINE插入对大白猪的活体背膘厚和100 kg体重背膘厚有显著影响(P<0.05),纯合有插入(SINE^(+/+))的活体背膘厚和100kg体重背膘厚显著高于杂合有插入(SINE^(+/-))和无插入(SINE^(-/-))型。这表明esr1-SINE-RIP1位点可作为分子标记辅助选育大白猪的背膘厚性状。