室间隔缺损与HAND2基因罕见变异的关联分析

目的对室间隔缺损(ventricular septal defect,VSD)与HAND2基因启动子区罕见变异的关联性进行分析,并对相关分子机制进行初步探索。方法收集349例VSD组患儿和345例健康对照组儿童血液样本,通过聚合酶链反应扩增目的片段并进行测序,确定HAND2基因启动子区的罕见变异位点。使用双荧光素酶检测进行变异位点功能分析,并通过电泳迁移率变动分析进行分子机制研究,同时使用TRANSFAC和JASPAR数据库预测转录因子。结果通过测序发现3个变异位点(g.173530852A>G、g.173531173A>G和g.173531213C>G)只出现在10例VSD患儿的HAND2基因启动子上,其中4例患儿仅有1个变异位点。双荧光素酶检测显示g.173531213C>G降低了HAND2基因启动子转录活性。电泳迁移率变动分析和转录因子预测提示g.173531213C>G产生了1个转录因子结合位点。结论HAND2基因启动子区的罕见变异g.173531213C>G可能通过影响转录因子的结合,进而参与VSD的发生发展。

自噬-溶酶体标记基因LC3B和LAMP2调控序列变异与退行性心脏瓣膜病的关联性

目的探索自噬-溶酶体标记基因LC3B和LAMP2调控序列变异与退行性心脏瓣膜病(DHVD)的关联性。方法对212例DHVD患者组与390例健康对照组的自噬-溶酶体系统标记基因LC3B和LAMP2调控序列(启动子)进行统计分析。采集研究对象的外周静脉血白细胞,提取基因组DNA,应用聚合酶链反应(PCR)扩增基因LC3B和LAMP2的启动子序列,Sanger测序法直接检测序列变异。运用卡方检验对单核苷酸多态性(SNPs)进行分析,TRANSFAC数据库预测序列变异改变与启动子相结合的转录因子。结果共发现29个序列变异,包含13个SNPs。其中,6个LC3B基因启动子序列变异仅发现于DHVD患者,1个LAMP2基因启动子序列变异只存在于DHVD女性患者,其他序列变异在健康对照组和患者组共有。对SNPs的基因型和等位基因进行卡方检验和logistic回归分析显示,rs35227715的等位基因G与DHVD相关联,是DHVD的独立危险因素,致病风险是1.36倍;rs42900基因型CC和等位基因C与DHVD存在关联,两者的致病风险均为0.56倍,具有保护性作用。利用TRANSFAC数据库预测仅在DHVD患者中发现的序列变异位点相结合的转录因子,结果表明序列变异可改变与之结合的转录因子。结论自噬-溶酶体系统标记基因LC3B和LAMP2启动子序列变异可能影响与之结合的转录因子,改变其表达水平,引起自噬-溶酶体系统的功能失调,从而导致DHVD的发病。

1个Danon病家系的分子诊断及产前诊断

目的对1个Danon病家系进行基因突变检测,并对该家系中的1例高危胎儿进行产前诊断。方法采集该家系先证者和其他家庭成员的外周血标本,利用Sanger测序检测该家系其他成员是否存在先证者的溶酶体相关膜蛋白2(LAMP2)基因突变(c.257_258delCC)。获得胎儿母亲基因检测结果后采集羊水标本,并对高危胎儿进行产前诊断。结果该家系多名成员存在LAMP2基因c.257_258delCC突变,胎儿携带与先证者相同的LAMP2基因c.257_258delCC突变。结论利用Sanger测序技术可对Danon病家系进行分子诊断,并成功对1例胎儿进行了产前诊断。

TBX20基因启动子区的单核苷酸多态性与扩张型心肌病的相关性分析

目的:探讨TBX20基因启动子区的单核苷酸多态性(SNP)与扩张型心肌病(DCM)的相关性。方法:采用病例-对照研究方法,收集136例DCM患者和210例健康对照。采用PCR和Sanger测序的方法获得TBX20基因启动子区的SNPs。通过细胞转染和电泳迁移率变动分析(EMSA)对TBX20基因启动子区的SNPs进行遗传功能分析。采用卡方检验和两独立样本t检验对数据进行统计学分析。使用SNPStats在线软件进行相关性分析。结果:校正混杂因素后,rs73099190在共显性遗传模型和超显性遗传模型中的TC基因型和显性遗传模型中的TC+CC基因型均与DCM显著相关(OR=1.96,95%CI:1.20~3.20,P=0.019;OR=1.98,95%CI:1.22~3.24,P=0.006;OR=1.86,95%CI:1.15~3.03,P=0.012)。转染结果显示,TBX20基因启动子区的SNPs显著改变了TBX20基因启动子的转录活性(P<0.01)。进一步EMSA实验表明,rs1191745927和rs73099190影响了TBX20基因启动子与转录因子的结合。结论:DCM患者TBX20基因启动子的变异可能影响转录因子的结合,进而改变了TBX20基因的转录活性,可能作为罕见的低频危险因素促进DCM的发生发展。

ATG5基因启动子区域单核苷酸多态性与急性心肌梗死的相关性分析

目的探讨自噬相关蛋白5(autophagy-related protein,ATG5)基因启动子序列单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)与急性心肌梗死(acute myocardial infarction,AMI)的关系。方法采用PCR和Sanger基因测序法检测ATG5基因启动子序列SNPs;通过卡方检验、Logistic回归分析及单倍型分析法对378例AMI患者和374例健康对照人群的SNPs进行分型和关联分析。结果发现ATG5基因启动子序列中的2个SNPs:rs506027[OR=1.4,95%CI(0.6～3.0),P=0.411]和rs510432[OR=1.6,95%CI(0.7～3.4),P=0.275]并未增加AMI的易感性,且未发现该2个SNPs与AMI相关的单倍型。结论ATG5基因启动子多态性与AMI易感性无关。

健康成人白细胞中LC3基因表达水平的年龄相关性研究

目的自噬是真核细胞内的一种主要消化降解途径。动物实验研究表明细胞的自噬功能随年龄增长逐渐下降,但在人体内尚未见系统性研究报道。因此,我们对健康成人外周血白细胞的自噬活性与年龄相关性进行了探讨。方法 LC3基因是自噬过程中的关键基因之一,其编码蛋白经过修饰后形成的耦合蛋白LC3-Ⅱ是自噬体和自噬溶酶体的膜标记蛋白。在该研究中,我们在基因表达和蛋白水平上,检测健康成人外周血白细胞中LC3基因的表达水平,并在不同年龄组之间,以及同一年龄组不同性别之间进行了比较和分析。结果外周血白细胞中LC3基因的表达水平随年龄增长呈现逐渐下降趋势。其中,70岁以上年龄组LC3基因表达水平显著低于40～49岁年龄组(P<0.05)。与之相反,70岁以上年龄组的LC3-Ⅱ蛋白水平显著高于40～49岁年龄组(P<0.05)。在同一年龄组中男性和女性之间,LC3基因表达水平和LC3-Ⅱ蛋白水平未见显著性差异。结论本研究结果提示健康成人外周血白细胞自噬体的形成和自噬功能随年龄增长逐渐下降。LC3-Ⅱ蛋白水平随年龄增长逐渐升高提示细胞消化降解该蛋白的能力下降,导致其在细胞内沉积而致。因此,应用药物等手段增强细胞LC3的基因表达水平,可延缓细胞的衰老过程。

SCN5A基因启动区+495bp～+584bp片段的克隆与功能分析

目的为了研究大鼠心肌SCN5A基因启动区+495bp^+584bp区域内的顺式作用元件对转录调控的影响。方法应用聚合酶链反应扩增大鼠心肌SCN5A基因启动区+495bp^+584bp片段,与荧光素酶报告基因载体pGL3-promoter重组,以pGL3-promoter空载体为对照,瞬时转染人胚肾母细胞(HEK293)和小鼠胚胎心肌细胞(H9C2),检测荧光素酶活性。结果成功构建的pGL3-P1重组载体的荧光素酶活性与pGL3-promoter对照载体相比,在HEK293细胞无明显差别(P>0.05),在H9C2细胞荧光活性增高(22.5±5.4)倍(P<0.01)。结论大鼠心肌SCN5A基因启动区+495bp^+584bp区域存在对基因的转录调控活性具有增强作用的组织特异性顺式作用元件。

功能复合型城市生态园地下空间开发控制——以青岛中德生态园为例

青岛中德生态园是一个既具有城市产业功能,又具有城市园林绿化功能以及城市居住、商业、文化等功能的复合型生态园区,在高端、生态、环保的总体目标下,中德生态园的地下空间开发尤为迫切。中德生态园的建设背景、规划定位、总体空间布局等对地下交通设施系统、地下公共服务设施、地下市政设施、地下物资储备设施、地下防灾与防护设施等系统提出了较高的规划建设要求。为满足中德生态园地下空间开发的有序性与科学性,有必要在地下空间使用与开发容量控制、空间组合及建造控制、配套设施控制、行为活动控制、开发建设管理控制以及开发控制指标体系基本框架等方面进行前瞻性的研究,为中德生态园园区地下空间利用提供开发建设依据,有利于园区实现可持续发展的规划目标。

ATG16L1基因启动子单核苷酸多态性可增加急性心肌梗死的易感性

目的探讨ATG16L1基因启动子序列单核苷酸多态性(SNP)与急性心肌梗死(AMI)的相关性。方法采用病例-对照研究方法,对285例AMI患者和296例对照人群的ATG16L1基因启动子采用聚合酶链反应扩增片段并测序,结合DNA测序后的序列及比对SNP数据库后进行数据统计和分析。运用Hardy-Weinberg平衡检验后,应用χ2检验和t检验进行相关分析。采用Logistic回归对多种危险因素以及3个SNP位点与AMI易感性进行关联性分析。用Haploview 4.2软件和SHEsis在线软件进行连锁不平衡及单倍型分析。TRANSFAC数据库用于预测可能受SNP影响的转录因子的结合位点。结果多因素Logistic回归分析结果显示男性、吸烟史、高血压是AMI的独立危险因素(P<0.05),而高密度脂蛋白胆固醇是AMI的保护因素(P<0.05)。在ATG16L1基因启动子序列中的3个SNP(rs1816753、rs12476635、rs2289477)中,rs1816753的TC基因型与AMI间存在关联,可明显增加AMI的患病风险(OR=2.519,95%CI:1.130~5.615,P=0.024)。通过Haploview 4.2软件分析显示3个SNP之间呈强连锁。结论ATG16L1基因启动子SNP可能与AMI易感性相关,rs1816753的TC基因型可能是AMI的遗传危险因素。

GATA6基因启动区多态性与急性心肌梗死患者易感性和临床特征的相关性分析

目的探讨GATA6基因启动区-493(rs144923558)G/A、-172(rs146748749)G/A2个位点单核苷酸多态性(SNP)与急性心肌梗死(AMI)之间的关系及其相关的危险因素。方法采用病例-对照研究方法,收集328例AMI患者和344例正常对照;应用聚合酶链反应-限制性内切酶片段长度多态性技术结合DNA测序后的序列比对进行数据统计;运用Hardy-Weinberg平衡检验后,应用χ^2检验进行相关分析;利用Logistic回归对多种危险因素以及2个SNP位点与AMI发病进行关联性分析;利用Haplovview4.2软件和SHEsis网站进行连锁不平衡及单倍体分析。结果2个SNP位点共检测出3种基因型为GG、GA和AA,其基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05),同时在AMI组与对照组间差异无显著性(P>0.05)。多因素Logistic回归分析:增龄、高血压病、吸烟、低密度脂蛋白胆固醇(LDLC)和甘油三酯(TG)升高是AMI发病的独立危险因素(P<0.05),HDLC为保护因素(P<0.05)。在显性、隐性和加性3种不同遗传模式下进行Logistic回归分析发现,2个SNP位点与AMI发病无关联性。进行连锁不平衡和单倍型分析提示,该2个SNP位点处于同一个连锁不平衡区域(D′=1.000,r2=1.000),单倍型GG和AA均未增加AMI易感性(P>0.05)。结论GATA6基因启动区-493(rs144923558)G/A与-172(rs146748749)G/A两个SNP位点为完全连锁不平衡,其中GG为主要单倍型。该2个SNP位点及其单倍体型与AMI发病无相关性,但提供了GATA6基因启动区多态性的群体遗传学资料。

GATA5基因启动子序列单核苷酸多态性可增加急性心肌梗死的易感性

目的:通过病例-对照研究,探讨GATA结合蛋白5(GATA binding protein 5,GATA5)基因启动子序列单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)与急性心肌梗死(acute myocardial infarction,AMI)的相关性。方法:通过χ~2检验、logistic回归、单倍型分析、细胞转染及电泳迁移率变动分析(electrophoretic mobility shift assay,EMSA)对SNPs进行遗传及功能分析。结果:校正混杂因素后,rs80197101位点GA和GA+AA基因型与AMI显著相关(OR=2.280,95%CI:1.027~5.061,P=0.043;OR=2.312,95%CI:1.045~5.116,P=0.039)。rs77067995位点CT和CT+TT基因型也与AMI显著相关(OR=2.280,95%CI:1.027~5.061,P=0.043;OR=2.312,95%CI:1.045~5.116,P=0.039)。rs80197101和rs77067995呈完美连锁不平衡,两者形成的单倍型AT在AMI组的频率显著高于对照组(χ~2=6.960,P=0.008)。EMSA及转染结果表明,这些SNPs通过影响转录因子与GATA5基因启动子的结合,显著增加GATA5基因启动子在HEK-293细胞和H9c2细胞中的转录活性(P<0.001)。结论:GATA5基因启动子序列中的rs80197101与rs77067995可显著增加AMI的易感性。rs80197101的等位基因A和rs77067995的等位基因T可能是AMI的危险等位基因,单倍型AT可能是AMI的危险单倍型。

TRF1、TRF2和POT1基因mRNA在前列腺癌组织中的表达

目的:探究端粒重复序列结合蛋白质1(TRF1)、TRF2和端粒保护蛋白(POT1)基因mRNA在前列腺癌(PCa)组织中的表达。方法:收集46例PCa患者肿瘤中心组织(中心组织组)和35例前列腺增生(BPH)患者BPH组织(BPH组织组),提取总RNA,逆转录成cDNA,采用定量PCR测定TRF1、TRF2和POT1在中心组织组和BPH组织基因mRNA的表达,采用基因mRNA所得CT值与β-actin mRNA所得CT值之差(△CT值)表示,并进行差异性分析。结果:中心组织组TRF1的△CT值高于BPH组织组,差异有统计学意义(Z=-3.469,P=0.001);TRF2的△CT值分别为8.49(5.75,10.21)和8.16(6.28,9.75),差异无统计学意义(Z=-1.719,P=0.086);中心组织组POT1的△CT值高于BPH组织组,差异有统计学意义(t=-18.48,P=0.000)。结论:TRF1和POT1在PCa肿瘤组织中的表达升高,说明TRF1和POT1的高表达可能与PCa的发生和发展有关,但TRF2在PCa肿瘤中心组织和BPH组织中的表达没有表现出差异,有待进一步研究。

沉默信息调节因子1基因启动子区域单核苷酸多态性与老年退行性心脏瓣膜病的相关性分析

目的探讨沉默信息调节因子1(SIRT1)基因启动子序列单核苷酸多态性(SNPs)与老年退行性心脏瓣膜病(SDHVD)的相关性。方法对236例SDHVD组成员(2012年2月至2016年10月济宁医学院附属医院确诊为SDHVD的患者)与285名健康对照组成员(同期于济宁医学院附属医院体检中心体检的健康体检者)的SIRT1基因启动子序列进行统计分析。Sanger测序法检测SIRT1基因启动子序列SNPs;χ^2、Logistic回归对SNPs进行基因型、等位基因分析和相关性分析,Haploview 4.2软件对SNPs进行连锁不平衡分析,SHEsis程序进行单倍型分析,凝胶迁移率变异实验(EMSA)分析SNPs对转录因子与SIRT1基因启动子相结合的影响,Transfac程序预测受多态性影响的与SIRT1基因启动子相结合的转录因子。结果rs3740051位点GG基因型与SDHVD的发生具有相关性,校正年龄后,其致SDHVD效应是AA基因型的3.079倍(OR=3.079,95%CI:1.156~8.201,P=0.024)。SIRT1基因启动子中,5个SNPs位点间呈强连锁不平衡(均D′>0.8),共形成11种P<0.05的单倍型,其中*A**C、AA**C、*AG*C、AAG*C、AA*AC、*AGAC和AAGAC在SDHVD组中具有更高的频率(均P<0.05,OR>1,95%CI不包含1)。EMSA示正常序列探针与核蛋白所孵育出的结合条带较突变序列探针与核蛋白所孵育出的结合条带颜色深。结论rs3740051位点GG基因型与SDHVD具有相关性且可能是SDHVD发生的危险性基因型。单倍型AC(跨rs932658和rs2394443)可能是SDHVD发生的危险性单倍型。rs3740051可能通过干扰FOXC蛋白与SIRT1基因启动子的结合影响SDHVD的发生发展。