基于重测序技术的塔河马鹿特异性SNP位点筛选

【目的】筛选出塔河马鹿高质量的单核苷酸多态性位点(SNP),构建特异性分子遗传标记,为塔河马鹿的纯种鉴别提供参考。【方法】对国家特种经济动物资源共享平台1999年收集整理的32份塔河马鹿血液DNA样本进行全基因组重测序,与梅花鹿染色体级别的参考基因组进行比对,统计比对率、覆盖度和测序深度。用SNPEff统计每条染色体上SNP位点的分布,用SNPhylo基于位点构建分子进化树,用VCFTOOLS计算遗传分化指数(Fst),按降序排序并设定阈值Fst≥0.25,淘汰不符合条件位点,用R语言进行主成分分析(PCA),统计33条染色体排名前1500的SNPs位点,提取前100个SNPs集合的特征值,分别进行主成分分析。【结果】全基因组重测序结果表明,32份质检合格的塔河马鹿血液基因组DNA有效数据量为868791354600 bp,测序质量均符合后续数据分析要求。32份样品测序数据的平均比对率为98.06%,平均覆盖度为97.66%,平均深度为6.787。过滤后得到20139122个高质量的SNPs位点,其中4号染色体上SNPs分布最多,90%以上的变异位于基因间和外显子区域。建树后候选特异性SNPs位点数为12050781个。使用VCFTOOLS筛选得到544717个SNPs位点。选取每条染色体排名前1500的SNPs位点进行主成分分析,主成分分析结果显示,当SNPs从49500降至100时区分效力没有下降,最终筛选出100个特异性强、稳定性高的塔河马鹿SNPs位点。【结论】通过全基因组重测序技术和生物信息学分析得到了100个塔河马鹿特异性SNPs位点,为塔河马鹿的纯种鉴别以及核心种质的筛选工作提供了理论依据。

塔河马鹿三杈茸鲜茸重和茸尺的相关性分析

为了研究新疆塔河马鹿三杈茸鲜茸重与茸尺的相关关系,为准确估测鲜茸重以及合理收茸提供科学依据,本研究通过对780支塔河马鹿标准三杈茸鲜茸重和8个茸尺指标(主干长度、主干围度、眉枝长度、眉枝围度、中枝长度、冰枝长度、嘴头长度和嘴头围)的相关性和回归分析,以鲜茸重为因变量,茸尺性状为自变量利用回归分析方法建立了鲜茸重预测模型,并进行F检验。通过统计分析表明,塔河马鹿左右侧茸各项指标均无显著差异,其中茸重与主干长、主干围、冰枝长和嘴头围显著正相关(P<0.01),嘴头长和主干长及中枝长显著正相关(P<0.01),其左侧三杈茸鲜茸重估测模型:YL=3.446+0.035X_(1)+0.016X_(2)+0.011X_(3)+0.032X_(4)+0.022X_(5)+0.026X_(6)0.014X_(7)+0.109X_(8)右侧三杈茸鲜茸重估测模型:YR=3.969+0.025X_(1)+0.150X_(2)+0.030X_(4)+0.023X_(5)+0.015X_(6)+0.067X_(8)其复相关系数分别为0.839和0.799。经F检验表明,两个预测模型的回归系数、回归方差和复相关系数均呈极显著差异(P<0.01)。经F检验表明,两个预测模型的回归系数、回归方差和复相关系数均呈极显著差异(P<0.01),模型可靠性较高,嘴头围是影响三杈茸鲜茸重的主要茸尺因子,可作为塔河马鹿选育的重点。