利用基因组重测序技术鉴定黑安格斯牛的纯度

[目的]基于10头黑安格斯牛和60头对照组牛的全基因组重测序数据,分析黑安格斯牛的纯度、遗传多样性及群体结构。[方法]全基因组重测序技术和生物信息学方法。[结果]通过对10头黑安格斯牛全基因组数据进行分析,共检测到15,064,459个SNP位点,其核苷酸多样性(pi)为0.0015,观测杂合度(Ho)为0.2381,期望杂合度(He)为0.2430,表明黑安格斯牛的遗传多样性较低;主成分分析和群体遗传结构分析发现,黑安格斯牛与欧洲普通牛聚为一类,其中有4头黑安格斯牛存在偏离情况,表明这4头牛主要与中国瘤牛与东亚普通牛韩牛之间存在杂交。[结论]10头黑安格斯牛中,6头为纯种黑安格斯牛,4头为杂种牛。

全基因组关联分析与转录组学联合分析静原鸡蛋壳颜色的调控机制

【目的】利用全基因组关联分析与转录组学联合分析筛选调控静原鸡蛋壳颜色的候选基因,探究静原鸡蛋壳颜色调控机制。【方法】选择180日龄产绿壳蛋和产粉壳蛋静原鸡母鸡各50只,采集血液并进行简化基因组测序,通过全基因组关联分析筛选候选基因;采集300日龄产绿壳蛋和产粉壳蛋母鸡的蛋壳腺组织进行转录组测序,筛选差异表达基因并进行GO功能与KEGG通路富集分析;通过全基因组和转录组学联合分析,筛选调控蛋壳颜色相关基因并进行蛋白互作网络分析。【结果】简化基因组测序结果显示,从产粉壳蛋和产绿壳蛋静原鸡中分别筛选到232465和241008个SNPs标记,利用全基因组关联分析共筛选出溶质载体有机阴离子转运蛋白家族成员1A2(SLCO1A2)、SLCO 1 C 1和磷脂酰肌醇-4-磷酸3-激酶催化亚基2型γ(PIK3C2G)等54个与蛋壳颜色相关的候选基因。转录组测序筛选到277个差异表达基因,其中85个上调,192个下调。GO功能和KEGG通路富集分析发现,差异表达基因主要在亚油酸新陈代谢、亚麻酸代谢和花生四烯酸代谢、酪氨酸代谢、黑色素生成、黏着斑以及钙信号等相关通路中显著富集。全基因组和转录组学联合分析鉴定到内皮素3(EDN3)和锌指蛋白831(ZNF831)2个与蛋壳颜色显著相关的基因。【结论】通过全基因组关联分析与转录组学联合分析发现EDN 3、ZNF 831基因可能是调控蛋壳颜色的候选基因。研究结果为蛋壳颜色调控机制研究提供理论基础,为静原鸡蛋壳颜色选育提供分子遗传标记。

宁夏南部黄土丘陵区生态退化与恢复——以彭阳县为例

分析了彭阳县生态环境退化的原因。结果表明,自然因素与人为因素的共同作用导致了该区生态环境的退化。介绍了彭阳县当前生态环境建设中采取的恢复措施:工程措施(拦截坝、“88542”整地措施、鱼鳞坑)与生物措施(物种选择、生物配置)相结合。为宁夏南部黄土丘陵区生态恢复提出了几点建议。

宁夏南部黄土丘陵区生态退化与恢复探析

以彭阳县为研究对象,结合自然概况,对县内生态环境退化的原因进行了分析,同时,介绍了彭阳县当前生态环境建设具体的措施与方法,提出了几点建议。

静原鸡AK1基因序列分析及真核表达载体的构建

【目的】探究宁夏地方品种静原鸡前期转录组测序筛选出的AK1基因编码蛋白的结构与功能,构建其真核表达载体。【方法】根据GenBank上已公布的原鸡AK1基因序列,针对其CDS区设计特异性引物,通过克隆测序对AK1基因CDS区SNPs进行快速筛查,构建AK1基因的真核表达载体,并进行编码区生物信息学功能分析。【结果】AK1基因编码区全长585 bp,编码194个氨基酸;AK1蛋白无跨膜结构域,存在2个CpG岛,18个磷酸化位点,10个抗原表位,为稳定的水溶性蛋白,空间结构以α–螺旋和无规则卷曲为主。亚细胞定位结果显示,AK1蛋白主要位于细胞质内;GO富集分析发现,AK1基因同样富集在细胞质中,与亚细胞定位结果一致。基因共表达分析发现,在与AK1互作的基因中,AK1与AMPD1、PKM2基因存在共表达,共表达系数分别为0.116和0.063。成功构建出AK1-pEGFP-N1载体。【结论】该研究结果为后续AK1蛋白功能以及AK1作为肌苷酸相关基因的深入研究提供了科学依据。

静原鸡let-7a-5p的靶基因预测及组织表达分析

【目的】了解let-7a-5p的生物学信息,初步探索其在静原鸡肌肉组织中的功能作用。【方法】利用生物信息学方法对转录组测序获得的静原鸡let-7a-5p的成熟序列进行保守性分析,使用miRDB、TargetScan和miRanda在线软件预测let-7a-5p的靶基因,取其交集进行GO功能和KEGG通路富集分析,并利用实时荧光定量PCR检测let-7a-5p在静原鸡公鸡和母鸡各组织中的表达水平。【结果】let-7a-5p的成熟序列在各物种间高度保守,共预测得到38个基因集合。在生物过程、细胞组分和分子功能中靶基因富集较多的GO条目有细胞过程、生物调节、细胞、结合和催化活性;靶基因显著富集于聚酮糖单元生物合成、AGE-RAGE信号通路在糖尿病并发症中的作用、泛素介导的蛋白水解、TGF-β信号通路和加压素调节的水重吸收信号通路,且富集最多的是代谢途径、AGE-RAGE信号通路在糖尿病并发症中的作用、泛素介导的蛋白水解和MAPK信号通路。let-7a-5p-靶基因互作主要通过作用于靶mRNA的3′-UTR抑制表达或使其降解。组织表达发现,let-7a-5p在静原鸡公、母鸡的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、胸肌和腿肌组织中均有表达,且在胸肌和腿肌中表达量均较高。【结论】let-7a-5p可能靶向调节靶基因的表达,从而参与静原鸡肌肉生长发育,为进一步探究let-7a-5p的功能和作用机制提供理论依据。

基于RAD-seq静原鸡保种群体的遗传变异分析

旨在分析静原鸡白羽、麻羽、黑羽保种群之间的遗传变异,挖掘调控特征性状的关键候选基因。本研究利用RAD-seq技术对180日龄特征明显、发育正常且健康的白羽、麻羽、黑羽静原鸡(每个羽色选取60个个体,40只母鸡,20只公鸡)进行测序,基于SNP标记计算观察杂合度(Ho)、群体内核酸多态性(Pi)、群体的平均近交系数(Fis)等指标,分析静原鸡3个类群的遗传多样性和群体结构,并通过选择性清除分析和全基因组关联分析(GWAS)筛选出候选基因,利用KOBAS对候选基因进行KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路富集,最终筛选出调控静原鸡羽色的候选基因。测序结果表明,静原鸡180个样品共产生198.83 Gb Clean Data,Q30达到93%以上。遗传多样性分析表明,白羽、麻羽、黑羽静原鸡分别鉴定出238533、233562和240820个SNPs标记,Ho、Pi和Fis分别在0.2732~0.2782、0.3049~0.3096和0.0961~0.1098之间。群体结构分析表明,静原鸡根据不同羽色分为不同类群。通过选择性清除分析和全基因组关联分析共筛选出11个(FZD4、WNT16、EDNRB、TYR、KRAS、CTNNB1、DDC、MC1R、CAMK2A、PRKCB、PRKCA)与静原鸡羽色相关的候选基因,富集结果显示这些基因主要与黑色素生成、酪氨酸代谢和Wnt信号传导等通路相关。综上所述,本研究利用SNPs标记信息可以全面地评价静原鸡的保种现状,为静原鸡的遗传资源保护奠定理论基础。同时,筛选出了与静原鸡羽色性状相关的候选基因,为静原鸡不同羽色的品系化培育提供新的遗传标记和基因靶点。

环状RNA的生物学功能及其在家禽中的研究进展

近年来随着高通量测序和生物信息学的发展,环状RNA(circular RNA,circRNA)在生物学领域作为新起之秀备受关注。circRNAs是一种内源性的非编码RNA(non-coding RNA,ncRNAs),通常是由pre-mRNA的反向剪接(back-splicing)而来,形成一个共价闭合环。circRNA在真核细胞中没有自由表达的3′和5′末端,这种特殊的结构使其对核酸外切酶高度不敏感。本文综述了circRNAs的研究简史、种类、可变剪接、生物学功能及在家禽中最新研究进展,为家禽的遗传改良提供新视野。

宁夏固原地区肉母牛三种疫病免疫抗体监测分析

为了及时掌握宁夏固原地区肉母牛口蹄疫、布鲁氏杆菌病、牛传染性鼻气管炎三种疫病免疫后的免疫效果,为后期制订更加合理的免疫程序提供理论依据,试验在2018-2020年间采集宁夏回族自治区固原市西吉县马沟村(A)和杨坪村(B)两地区共计6140份基础母牛血清,利用ELISA检测方法对血清样本进行免疫抗体监测。结果表明:2018-2020年固原市两地区肉牛口蹄疫、布鲁氏杆菌、牛传染性鼻气管炎的整体抗体阳性率均在89%以上,各年度的抗体阳性率均达到了农业农村部要求的免疫抗体合格率≥70%的标准。

反刍动物无浆体病的诊断与防制

无浆体病是由无浆体引起反刍动物的慢性和急性传染病，其特征为高热、贫血、消瘦、黄疸和胆囊肿大。本病广泛分布于世界热带和亚热带地区，在南北美洲、非洲、南欧、澳大利亚、中东等地流行。我国也有发生。 1 病原 本病的病原是无浆体，对牛、羊有致病力的无浆体有边缘无浆体边缘亚种、边缘无浆体中央亚种和绵羊无浆体。

静原鸡肌肉组织肌苷酸特异性沉积相关LNC_003828-gga-miR-107-3p-MINPP1的关联分析

【目的】探究静原鸡肌肉组织肌苷酸沉积过程中关键调控因子的调节作用,利用lncRNA-miRNA-mRNA关联分析鉴定与肌苷酸特异性沉积相关的LNC_003828、gga-miR-107-3p和MINPP1,其作为肉质研究的候选基因,为分子辅助育种提高肌肉品质提供理论基础。【方法】测定15只静原鸡胸肌和腿肌的肌苷酸含量,筛选高肌苷酸含量的胸肌和低肌苷酸含量的腿肌各3个样本提取总RNA,质量检测合格后构建cDNA文库、PCR扩增,利用Agilent 2100对文库质量进行评价,库检合格后送Illumina-Hiseq平台进行转录组测序。利用生物信息学方法筛选出静原鸡肌肉组织不同部位差异表达的MINPP1、gga-miR-107-3p和LNC_003828,进行GO注释和蛋白互作网络分析MINPP1的功能。采用qRT-PCR方法检测LNC_003828、gga-miR-107-3p和MINPP1在静原鸡胸肌和腿肌组织中的表达情况,并分析其与肌苷酸含量的相关性。【结果】测序样品间基因表达水平相关性R2>0.9,即试验样本之间基因表达可用于后续的差异基因分析。参与肌苷酸合成和代谢的糖酵解/糖异生途径中检测出3个差异表达基因MINPP1、PKM和ALDH9A1。互作分析发现lncRNA-miRNA-mRNA网络图中共有17个miRNA(9个上调,8个下调)、44个mRNA(16个上调,28个下调)和155个lncRNA(68个上调、87个下调),核心节点gga-miR-107-3p互作的靶基因有MINPP1、靶lncRNA有LNC_003828。GO富集分析发现MINPP1基因具有磷酸酶活性、双磷酸甘油酸酯磷酸酶活性等功能;蛋白互作网络中MINPP1基因与参与糖酵解/糖异生和氨基酸生物合成通路中的PGAM1、ENO1、BPGM基因均有互作关系。qRT-PCR结果表明,静原鸡胸肌LNC_003828和gga-miR-107-3p的相对表达量低于腿肌,但差异不显著;胸肌MINPP1的相对表达量显著低于腿肌(P<0.05)。静原鸡胸肌和腿肌组织中gga-miR-107-3p的表达量与LNC_003828表达量均呈正相关,与MINPP1的表达量均呈负相关。胸肌和腿肌组织中LNC_003828、gga-miR-107-3p的表达量与肌苷酸含量均呈正相关,且差异均不显著;胸肌MINPP1表达量与肌苷酸含量呈负相关,腿肌MINPP1表达量与肌苷酸含量呈显著负相关(P<0.05)。综上所述,推测静原鸡肌肉组织中gga-miR-107-3p作为核心调节因子吸附LNC_003828,影响MINPP1基因调控肌肉肌苷酸特异性沉积,从而改善肉质。【结论】筛选出LNC_003828、gga-miR-107-3p和MINPP1为影响肌苷酸特异性沉积的候选调控因子。

鸡的免疫抑制原因、机理及应对措施

鸡的免疫抑制是鸡免疫过程中因免疫应激而引起的以免疫系统损伤和干扰免疫应答的最严重现象。 1病因分析 1．1疫苗本身因素 根据报道，新城疫、传染性喉气管炎、法氏囊、马立克氏病、病毒性关节炎、减蛋综合特油乳剂灭活苗等疫苗都可造成免疫抑制。

影响仔猪成活率的因素

1母猪的饲养管理1．1保证妊娠期营养需要 母猪妊娠期良好的饲养管理有利于胎儿在母体的正常发育，防止流产。妊娠20天左右是受精卯附植到子宫形成胎盘的时期，此期间胚胎与胎盘结合不牢，比较脆弱，易发生流产。应注意饲料的全价性，不宜喂得过饱，可多喂青粗料。母猪妊娠最后1个月胎儿生长发育迅速，应注意满足蛋白质、维生素和矿物质营养的需要。此外，应注意防暑防寒，不喂发霉、变质、冷冻饲料，减少应激。

猪巴氏杆菌和附红细胞体混合感染的诊治报告

2008年9月以来，宁夏彭阳县周边一些乡镇饲养的猪，不分品种、日龄大小，均发生了以高烧、咳嗽、呼吸困难，而后贫血为主要症状的疾病。单纯用抗生素治疗疗效不佳。仔猪死亡率高，架子猪和成年猪一般能耐过。现将该疫情的诊治情况报告如下。

功能性非编码RNAs在鸡肉肌内脂肪沉积中的调节作用

非编码RNAs(non-conding RNAs,ncRNAs)是一类没有编码蛋白质功能的RNAs,在基因转录、翻译过程中起重要调控作用。肌内脂肪(intramuscular fat,IMF)对鸡肉的风味、嫩度和多汁性具有重要影响,其含量与肌肉品质呈正相关,直接影响家禽肉品质。近年来,利用微小RNAs(microRNAs,miRNAs)、长链非编码RNAs(long non-coding RNAs,lncRNAs)和环状RNAs(circular RNAs,circRNAs)研究鸡IMF沉积的调控机制取得了一定进展,为表观遗传标记应用于动物遗传育种奠定了基础。笔者介绍了IMF形成与沉积的生物学过程、ncRNAs的生物学特点及作用模式,着重阐述了miRNAs、lncRNAs和circRNAs调控鸡肉IMF沉积的研究进展,为进一步研究miRNAs、lncRNAs和circRNAs在家禽肉品质调控方面的作用提供理论依据。

静原鸡胸肌和腿肌肌苷酸特异性沉积相关circRNA的联合分析

旨为分析静原鸡胸肌和腿肌中circRNA的表达模式与肌苷酸(Inosine monphosphate,IMP)在肌肉组织特异性沉积的关系。利用RNA-seq技术对选取的具有相同遗传背景180日龄静原鸡胸肌和腿肌进行全转录组测序,对获得的测序数据进行拼接、比对、注释和差异分析等,并对差异表达的circRNA和mRNA进行GO功能和KEGG信号通路富集分析,使用qRT-PCR对转录组结果进行表达量验证。结果表明:共筛选到circRNA 3283个,组织特异性表达circRNA 242个。以|log2Fold change|≥1,P<0.05为筛选条件,共得到差异circRNA 446个,DEGs 1100个,差异miRNA 36个;对差异表达的circRNA和mRNA进行GO功能和KEGG信号通路富集分析,两者都显著富集于糖酵解/糖异生通路和心肌细胞的肾上腺素信号传导,并且差异circRNA显著富集于嘌呤代谢通路,DEGs显著富集于氨基酸的生物合成、磷酸戊糖途径、丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢等与IMP合成高度相关的通路。对差异circRNA进行靶基因预测,构建circRNA-miRNA-mRNA可视化共表达网络,筛选到以novelcirc0013580、novelcirc0012931、novelcirc0011886、novelcirc0013588、novelcirc0007737和novelcirc0008274为核心的转录后调控因子和以PKM2、GART为核心的靶基因,靶向基因分析发现IMP合成关键调控因子可能来源于同一亲本基因的novelcirc0013580和novelcirc0013588,两者能够同时结合novel409作用于靶基因GART。对6个circRNA和6个miRNA qRT-PCR检测结果与全转录组测序结果趋势一致。综上,circRNA在静原鸡胸肌和腿肌中的差异性表达与IMP的特异性沉积具有相关性,为研究地方鸡种IMP在肌肉组织中特异性沉积的分子机制提供参考信息。

静原鸡胸肌与腿肌肌苷酸特异性沉积相关基因的生物信息学分析

旨在筛选影响静原鸡胸肌与腿肌中肌苷酸(Inosine monphosphate,IMP)特异性沉积相关关键差异蛋白。基于课题组前期利用高效液相色谱法测定IMP和肌苷含量,并且采用液相色谱-质谱(LC-MS/MS)技术对选取的具有相同遗传背景180日龄静原鸡胸肌和腿肌进行蛋白质组测序,本研究运用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)技术对相关基因进行表达量分析,并利用蛋白质组测序数据筛选出IMP合成相关关键差异表达蛋白,对其进行生物信息学分析,以及差异表达蛋白对应基因与IMP相关性分析。结果表明:1)差异蛋白对应基因表达量与蛋白质组测序数据结果一致。2)通过KEGG通路富集分析发现,嘌呤代谢通路中筛选出差异表达蛋白PKM2和PGM1。3)同时对差异表达蛋白PKM2和PGM1参与的GO功能富集分析显示,PKM2主要参与ADP产生ATP、嘌呤核苷代谢和糖酵解等生物学过程,细胞内的细胞器和细胞质等细胞组分,镁离子结合、丙酮酸激酶活性和磷酸转移酶活性等分子功能;PGM1参与碳水化合物代谢和有机物代谢等生物学过程,其分子功能涉及镁离子结合和异构酶活性等。4)蛋白网络互作分析进一步发现,PKM2与ENO4、GAPDH等11个蛋白相互作用,PGM1与PGM2、TKT等10个蛋白相互作用。5)PKM2和PGM1与静原鸡胸肌和腿肌IMP的相关性分析显示,胸肌PKM2mRNA表达量与IMP含量呈负相关性(r=-0.1710),但腿肌PKM2 mRNA表达量与IMP含量呈极显著正相关(r=0.7350)(P<0.01);胸肌和腿肌PGM1 mRNA表达量与IMP含量均呈极显著负相关(r=-0.5362和-0.5125)(P<0.01)。本研究为提高静原鸡肉风味,促进地方品种资源的开发利用提供科学依据。

基于RNA-seq技术对静原鸡ADSSL1基因的筛选及其表达量的分析

利用RNA-seq技术筛选影响肉质鲜味的相关差异基因,运用实时荧光定量PCR(realtime quantita tive PCR,RT-qPCR)技术对宁夏地方品种静原鸡胸肌和腿肌组织中已筛选的与肉质鲜味相关基因的m RNA表达量进行测定,结果表明:静原鸡胸肌和腿肌之间的显著差异表达基因为666个,其中显著上调的基因有256个(P<0.05),显著下调的基因有410个(P<0.05);GO功能注释和KEGG通路分析显示,在嘌呤代谢、丙氨酸、天门冬氨酸和谷氨酸代谢通路中筛选出与肌苷酸相关的差异表达基因腺苷琥珀酸合成酶同工酶1基因(adenylosuccinate synthetase isozyme 1,ADSSL1),且ADSSL1在胸肌中mRNA表达量极显著高于腿肌(P<0.01)。本试验结果为研究肌苷酸相关候选基因的筛选提供了科学依据,同时为后续深入了解ADSSL1基因提供了理论参考。