2019—2021年西安市手足口病的病原学特征分析

目的分析2019—2021年西安市手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)的病原构成及其流行病学特征, 为防控HFMD提供科学依据。方法收集临床诊断为HFMD的肛拭子或粪便标本, RT-PCR法检测肠道病毒(enterovirus, EV), 鉴别出肠道病毒71型(enterovirus 71, EV71)、柯萨奇病毒A组16型(coxsackievirus A16, CVA16)、柯萨奇病毒A组6型(CVA6)、柯萨奇病毒A组10型(CVA10)。使用Excel 2007和SPSS18.0软件进行数据收集和统计学分析, 对HFMD进行描述性流行病学分析和病原学特征分析。下载CVA6各基因型代表株的VP1区序列, 用MEGA X软件构建基因进化树, 分析其基因特征。结果共收集到1 531例HFMD病例, EV的阳性率为89.16%(1 365/1 531), EV71、CVA16、CVA6、CVA10和其他EV的检出率分别为1.31%(20/1 531)、32.46%(497/1 531)、38.47%(589/1 531)、5.09%(78/1 531)和11.23%(172/1 531)。HFMD的病原构成在不同临床分型(χ^(2)=46.14, P<0.01)、不同职业(χ^(2)=34.65, P<0.01)、不同年份(χ^(2)=462.86, P<0.01)差异有统计学意义。HFMD患者中, CVA16感染者的年龄比CVA6和CVA10感染者的年龄大(F=6.00, P<0.01)。2019年西安市HFMD的主要病原是CVA16, 2020年和2021年HFMD的主要病原是CVA6。EV阳性病例春夏季主高峰(5—7月)的优势病原为CVA16, 秋季次高峰(9—11月)的优势病原为CVA6。西安市8个区县的优势病原为CVA6, 6个区县的优势病原为CVA16, 1个区县CVA16和CVA6共同流行。基因进化分析表明西安市CVA6为D3a亚型, 分为2个进化分支。结论 2019—2021年西安市HFMD的主要病原是CVA6和CVA16, CVA6的基因型为D3a亚型, 病原构成呈现出明显的人群、时间和地区分布差异。

西安市4起急性胃肠炎疫情中诺如病毒的分子特征分析

诺如病毒(Norovirus,NoV)属于杯状病毒科诺如病毒属,能造成急性肠胃炎暴发,在全球流行广泛,但其在西安市的流行情况不明。为明确2018年10月西安市4起幼儿园急性肠胃炎疫情的病原及其基因特征,本研究采集了患者肛拭子,用实时定量PCR检出诺如病毒阳性核酸,对其扩增部分多聚酶区和衣壳区基因并测序。将所得序列上传分型网站以明确基因型,并用软件分析系统进化、重组位点和正选择位点。共检出GII组阳性核酸31份,测序成功25份。4起疫情均由GII.2[P16]型诺如病毒引起。疫情株扩增序列全长、部分多聚酶区和衣壳区的序列与2018年美国流行株(MK773571)的核苷酸同源性分别为99.8%、99.5%和100%。疫情株与GII.2[P16]型中国参考序列(KY421122、KY806296和MG763377)的核苷酸同源性为99.6%,氨基酸同源性为100%。重组位点约在基因组的5 075bp。疫情株基因组的1 613~1 790aa没有正选择位点。及时的流行病学、分子流行病学研究和全基因组测序对控制诺如病毒相关疫情是必要的。

2019年西安市甲型H3N2亚型流感病毒血凝素基因特征分析

目的了解西安市甲型流感病毒H3N2亚型血凝素基因特征及抗原变异情况。方法对2019年西安市分离到的流感毒株7株进行HA基因扩增及序列测定,同时获取WHO推荐的疫苗株HA基因序列,利用MEGA 6.0、BioEdit 7.2.5和NetNGlyc 1.0 Server在线分析软件对HA基因序列进行进化分析和抗原变异分析。结果 2019年3月西安市2株H3N2分离株的HA基因与2018—2019年疫苗株核苷酸序列同源性为98.7%~98.8%,与疫苗株相比共发生了13处氨基酸位点变异,其中位于E区的E78G变异发生在抗原决定簇,且未发生糖基化位点改变,10—11月5株H3N2分离株的HA基因与2019—2020年疫苗株核苷酸序列同源性为96.5%~96.8%,与疫苗株相比共发生了24个氨基酸位点变化,其中有6个发生在受体结合位点和抗原决定簇,分别为N137K、A144T、K160S、N187K、E78G、S153F,同时出现糖基化位点的增加或消失现象。结论 2019年上半年西安市H3N2流行株与WHO推荐2018—2019年疫苗株相比变异较少,下半年H3N2流行株与WHO推荐的2019—2020疫苗株匹配度程度降低,发生了抗原漂移现象,应加强流感病毒的分子变异监测。

2016年西安市疱疹性咽峡炎的流行特征和病原学分析

目的分析西安市疱疹性咽峡炎的流行特征和病原感染情况,为防控疱疹性咽峡炎提供科学依据。方法收集西安市哨点医院上报的疱疹性咽峡炎病例,采用荧光定量PCR(Real-Time PCR)和巢式PCR扩增、测序对标本进行肠道病毒的检测和分型,用Excel和SPSS 18.0软件进行统计学分析。结果2016年西安市哨点医院共报告疱疹性咽峡炎病例421例,男女性别比为1.54∶1,患儿年龄范围为3个月~13岁,其中3岁以下婴幼儿占所有患者的90.50%,4~10月份病例占总发病数的87.17%,6月份报告病例数最多(23.75%,100/421)。152份标本中检出肠道病毒阳性108例,阳性率为71.05%,共检测出8种肠道病毒,包括肠道病毒71型(Enterovirus A71,EV-A71)、柯萨奇病毒A组4型、5型、6型、10型、12型、16型(Coxsackievirus A,CV-A)和柯萨奇病毒B组3型(Coxsackievirus B,CV-B),其中CV-A10和CV-A6的构成比分别为23.15%(25/108)和6.48%(7/108)。结论2016年西安市疱疹性咽颊炎6月份病例最多,3岁以下男性儿童为主,明确病原中以CV-A6和CV-A10多见。

2017—2018年西安市手足口病病原构成及肠道病毒71型分子特征分析

目的了解2017—2018年西安市手足口病病原谱构成情况以及肠道病毒71型(enterovirus 71,EV-A71)VP1的基因特征。方法采集2017—2018年西安市手足口病哨点医院HFMD患者肛拭子标本1735例,采用实时荧光定量PCR鉴别EV-A71、柯萨奇病毒A组16型(coxsackievirus 16,CV-A16)和其他肠道病毒。分离培养部分EV-A71毒株,采用一步法逆转录-聚合酶链反应对VP1区进行基因扩增及测序,与本地区既往毒株进行同源性比对及遗传进化分析。结果共检测到肠道病毒核酸阳性样本1565例,阳性率为90.20%(1565/1735),其中EV-A71核酸阳性占24.79%(388/1565),CV-A16核酸阳性占21.85%(342/1565),其他肠道病毒核酸阳性则占53.36%(835/1565)。2017年与2018年的主要病原分别是EV-A71(45.08%)与其他肠道病毒(73.38%),病原构成差异有统计学意义(χ^(2)=370.57,P<0.001)。EV-A71所致手足口病集中在4~7月份,占总病例的73.97%(287/388)。EV-A71 VP1区同源性分析显示,分离到的20株EV-A71毒株均属于C4a亚型,核苷酸与氨基酸同源性分别为94.4%~96.1%、99.4%~100%,与以往西安市分离到的EV-A71同源性在91.5%以上。EV-A71 VP1区遗传进化分析结果显示,西安市2008—2018年EV-A71毒株与C4a亚型代表株处于同一分支,形成多个流行簇,且随着时间推移VP1区变异程度增大。结论其他肠道病毒为2017—2018年西安市手足口病主要病原,C4a亚型EV-A71仍在西安市持续流行,应加强对于HFMD病原谱及分子流行病学的监测,为进一步有效防治HFMD提供工作依据。

新型冠状病毒肺炎住院和出院后不同标本中病毒核酸的检测

目的分析COVID-19确诊病例住院期间和出院后不同类型标本中病毒核酸的检出情况。方法调查定点医院收治的COVID-19确诊病例,住院期间采集其鼻咽拭子、粪便、尿液和血液标本,出院后进行随访,采集其鼻咽拭子和粪便标本,采用实时荧光RT-PCR方法进行核酸检测。结果共调查25例COVID-19确诊病例,在住院期间采集其鼻咽拭子、粪便、尿液和血液标本各25份,共100份标本,经检测鼻咽拭子均为病毒核酸阳性,住院期间9例患者粪便中检出核酸阳性,阳性率为36.00%(9/25),尿液和血液未检出病毒核酸。25例患者出院后进行随访,在第7天和第14天采集其鼻咽拭子和粪便标本各25份,第7天2例患者检出鼻咽拭子核酸阳性,复阳率为8.00%(2/25),粪便中未检出病毒核酸,出院后第14天鼻咽拭子和粪便中均未检出病毒核酸。结论COVID-19确诊病例住院治疗期间粪便中可检出病毒核酸,出院后部分患者鼻咽拭子病毒核酸复阳。

新型冠状病毒肺炎确诊病例不同病程的新型冠状病毒核酸检测分析

目的分析新型冠状病毒肺炎(Coronavirus Disease 2019,COVID-19)确诊病例不同病程的核酸检测结果。方法选择COVID-19确诊病例,采集患者不同病程的鼻咽拭子标本,在患者治愈出院后进行随访,实时荧光RT-PCR方法检测病毒核酸。结果2020年1月23日至2月20日西安市累计报告120例COVID-19本土确诊病例,初检病毒核酸阳性率为70.83%(85/120)。COVID-19包括连续性核酸阳性和间歇性核酸阳性,患者在潜伏期即可检出核酸阳性,检出核酸阳性的最长发病时间是第26天。COVID-19确诊病例在发病初期病毒核酸阳性率较高,发病第6天的阳性率最高,为84.21%,核酸阳性率随时间推移逐渐降低,患者出院后第7天随访到105人,复阳率为2.86%(3/105)。结论COVID-19确诊病例在发病初期核酸阳性率较高,在潜伏期和发病后较长时间内可检出核酸阳性。

西安市EV71疫苗接种前健康人群IgG抗体水平调查

目的调查西安市2016年健康人群血清中EV71的IgG抗体水平,掌握EV71疫苗接种前人群的易感性、免疫水平的变化规律和EV71感染情况。方法采用分层随机抽样,按照地理位置分为城区和郊县两层,抽取西安市2个区县7个年龄组的健康人群,收集人口社会学资料,采集健康人群血液标本,酶联免疫吸附实验(ELISA)检测血清中EV71 IgG的抗体水平,采用χ^(2)检验比较阳性率。结果 485名健康人群中,EV71 IgG抗体阳性265例,EV71疫苗接种前西安市健康人群EV71 IgG抗体阳性率为54.64%。不同年龄段人群EV71 IgG抗体阳性率在38.00%(<0.5岁)到64.06%(≥25岁)之间(P<0.01)。244名男性中123名EV71 IgG抗体阳性,阳性率为50.41%,241名女性中142名EV71 IgG抗体阳性,阳性率为58.92%,差异无统计学意义(P>0.05)。294例城区人群176例EV71 IgG抗体阳性,阳性率为59.86%,191例郊县人群89例EV71 IgG抗体阳性,阳性率为46.60%,差异有统计学意义(P<0.01)。结论健康人群EV71 IgG水平与年龄和地区有关,5岁以下儿童EV71 IgG抗体阳性率较低,是EV71的易感人群,应加强儿童EV71疫苗的接种。

2016—2020年西安市手足口病中柯萨奇病毒A组6型感染的流行特征

目的了解2016—2020年西安市手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)中柯萨奇病毒A组6型(coxsackievirus group A type 6,CV-A6)的流行病学特征,为HFMD防控提供科学依据。方法Real-time RT-PCR方法检测肠道病毒(enterovirus,EV),从传染病报告信息管理系统中获取病例的个案资料,采用描述性流行病学方法分析CV-A6感染HFMD的流行特征,Excel 2007和SPSS 18.0软件进行统计学分析。结果2016—2020年在4034例HFMD病例中,肠道病毒A组71型(enterovirus group A type 71,EV-A71)、柯萨奇病毒A组16型(coxsackievirus group A type 16,CV-A16)和其他EV的检出率分别为17.85%(720/4034)、23.92%(965/4034)和47.79%(1928/4034)。随机抽取2571例HFMD病例,其中其他EV阳性1268例,CV-A6在HFMD病例中的检出率为34.73%(893/2571),CV-A6在其他EV阳性病例中的构成比为70.43%(893/1268)。CV-A6感染HFMD的男女性别比为1.47∶1,≤5岁患儿占到所有病例的95.18%,发病高峰集中在4~6月份。CV-A6感染HFMD与EV-A71和CV-A16感染HFMD相比较,在临床分型上差异有统计学意义(χ^(2)=139.55,P<0.001),在年龄(F=2.74,P=0.065)和性别比(χ^(2)=2.43,P=0.297)上差异没有统计学意义。结论2016—2020年西安市HFMD的优势病原是其他EV,其中CV-A6在其他EV阳性病例中的检出率最高,应开展HFMD多种病原检测,加强CV-A6感染HFMD的防控。

新型冠状病毒肺炎患者周围环境中病毒的监测

目的分析新型冠状病毒肺炎(COVID-19)确诊病例周围环境中病毒的分布。方法采集COVID-19病例的周围环境标本,包括床扶手、门把手、马桶及洗手池、桌子、储物柜、呼叫器、手机、水杯和衣物,采用实时荧光RT-PCR方法检测病毒。结果共采集到30例COVID-19确诊病例的150份环境标本,新型冠状病毒核酸阳性6份,检出率为4.00%,14个手机表面上3个检出病毒阳性;30例COVID-19确诊病例中6人外环境标本检出新型冠状病毒,检出率为20.00%。结论COVID-19患者周围环境中能检出病毒,存在潜在的传播风险。