2014-2016年海口市手足口病流行特征及病原体分析

目的分析2014-2016年海口市手足口病流行病学特征情况,了解引起手足口病的常见病原体及其他肠道病毒的特征,为不同型别手足口病病例监测和防控提供参考依据。方法收集海口市2014年1月至2016年12月各哨点监测医院的疑似手足口病病例及疑似暴发疫情标本,使用实时荧光定量聚合酶链反应法检测病毒核酸。结果 3年内共采集疑似及确诊病例的咽拭子、肛拭子标本1 836例,经检测确诊的总肠道病毒阳性1 234例,总发病率为67.21%(1 234/1 836);2015年发病率最高,为73.26%(463/632)。海口市手足口病的高发期为4-8月;0～5岁年龄组儿童确诊为手足口病患者的人数最多,共1 204例,占97.57%(1 211/1 234),该年龄组中肠道病毒71型(EV71)、柯萨奇病毒A16型(Cox A16)的男性患者均比女性多。2014年手足口病病原体以EV71型为主,但在2015、2016年,EV71型和Cox A16型相比其他年份均出现下降,而其他肠道病毒所占比例呈现明显上升。结论手足口病主要病原体有以EV71型为主转变为其他肠道病毒为主的趋势;男性及5岁以下儿童更易感染。建议在手足口病高发期,应加强对其他肠道病毒的检测,掌握病原体的流行规律,以分析手足口病病原谱的变化。

2020年海南省人源沙门菌耐药性及携带耐药基因分析

目的了解海南省人源沙门菌耐药性及携带耐药基因情况,并对耐药基因与耐药表型一致性关系进行初步评价。方法对2020年收集自海南省腹泻患者粪便中分离的63株沙门菌,开展血清学鉴定、药物敏感性检测以及全基因组测序,使用ResFinder数据库对耐药基因进行注释和分析,并对耐药表型及耐药基因进行关联分析。结果63株沙门菌对氨苄西林、复方新诺明的耐药率较高,达50.00%以上,对三代头孢的耐药率达15.00%以上,多重耐药现象明显,多重耐药率达44.44%。菌株携带多种类型的耐药基因,特别是氨基糖苷类耐药基因,携带率达100.00%。耐药基因与耐药表型关联分析发现:β-内酰胺类药物耐药基因与氨苄西林和头孢噻肟耐药表型一致好,耐药基因预测耐药表型的准确率分别为88.89%和98.41%。在去除单独parC基因突变的情况下,喹诺酮类耐药基因预测结果与表型一致性较好,Kappa值达0.50以上。结论海南省人源沙门菌对多种抗菌药物耐药水平高,存在多重耐药现象。菌株携带多种类型的耐药基因,其中,β-内酰胺类药物耐药基因的存在能准确地预测耐药表型,而喹诺酮类耐药基因的预测准确性相对较弱。本研究为这两类药物耐药基因检测替代药敏实验提供了初步依据,但尚需扩大菌株数量进行更准确细致的关联研究。

海口市2008--2015年手足口病流行病学特征分析

目的 分析2008-2015年海口市手足口病流行病学特征。方法 用描述性流行病学方法对2008-2015年海口市手足口病发病资料和病原学检测情况资料进行统计分析。结果 2008-2015年海口市共报告手足口病71 611例，其中报告重症病例728例，重症百分比为1.02%。年平均发病率为 458.89/10万，年发病率总体呈上升趋势。死亡11例，年均死亡率为0.07/10万。发病高峰在4-7月和9-11月。病例以≤5岁儿童为主，占总病例数的95.78%；1～岁组发病率（12 881.24/10万）最高；男性报告发病率高于女性。全市4个区均有病例报告，病例主要为散居儿童，占报告总病例数的79.89%。引起手足口病流行的病原为肠道病毒71型（EV71）、柯萨奇病毒A组16型（Cox A16）及其他肠道病毒，2011年后呈现交替流行态势。结论 海口市是我国手足口病高发地区，近年发病率呈现上升趋势，应加强监测、传染源管理、健康教育以及重点人群的综合防控。

海口市2009~2011年流感流行特征分析

目的对2009-2011年海口市流感监测结果进行分析,了解海口市流感样病例中流感病毒的感染情况,为海口市的流感防控工作提供科学依据。方法采集流感样病例的咽拭子标本,以荧光定量PCR方法检测病毒核酸,并对流感病毒感染情况进行流行病学分析。结果共采集流感样病例的咽拭子样本3280份,检测出流感阳性样本592例,检出率为18%。男性病例1963例,阳性数379例,阳性率19.31%;女性病例1317例,阳性数213例,阳性率16.17%。从年龄构成比上看,流感病毒感染主要在0-岁,5-岁,15-岁这三个年龄段,构成比分别为32.43%、39.7%、14.7%。结论海口市2009-2011年流感病例以青少年儿童为主,甲型H1N1流感发病人群与性别无关,流行型别以甲型H1N1和A型季节性流感病毒为主,B型季节性流感持续维持在低流行水平。

环境水体中霍乱弧菌的二次PCR检测方法

目的建立环境水体中霍乱弧菌的二次PCR检测方法。方法对霍乱弧菌的外环境水监测样本进行PCR检测;确定弱电泳条带或无电泳条带的稀释度,将第一次PCR的产物梯度稀释后进行二次PCR。采用琼脂凝胶糖电泳进行分析。结果对378件环境水样分别进行一次、二次PCR检测,有4件水样经两种方法检测均为阳性,有6件水样二次PCR检测为阳性。一次PCR检测霍乱弧菌的阳性率[1.06%(4/378)]低于二次PCR[2.65%(10/378)],差异有统计学意义(P<0.05)。结论二次PCR操作简便快速、检出率高、费用低廉,适用于环境水样中霍乱弧菌的快速监测。

2022年海南省新型冠状病毒奥密克戎(BA.1.1)变异株基因特征分析

为进一步积累和完善海南省新型冠状病毒(Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)奥密克戎(Omicron)变异株病原学特点的认识,本研究对2022年海南省14例感染奥密克戎(BA.1.1)变异株病例进行新冠病毒基因特征分析。应用Illumina公司MiSeqDX深度测序平台进行全基因组序列测定,Nextclade在线分析平台和DNASTAR 7.0.1生物信息学软件进行多序列比对和基因组特征分析,采用MEGA 10.1.8邻位归并法(Neighbour-joining)绘制系统进化树,结合流行病学调查进行回顾性溯源分析。海南省14例病例感染的奥密克戎(BA.1.1)变异株基因组高度相似,同武汉参考序列(GenBank No.NC_045512)相比,存在63或64个核苷酸突变位点,39个核苷酸位点缺失,22204位点有9个核苷酸插入,引起43个氨基酸突变和16个氨基酸位点缺失。刺突(Spike,S)蛋白存在32个氨基酸突变位点,S1蛋白RBD区R346K是VOC/Omicron(BA.1.1)变异株特征性突变位点。14例病例分布在三亚市及外溢到周边陵水、儋州等市县,均为外省来琼感染者引发后续本地传播。海南省因输入病例引起本土新冠疫情的风险较大,应继续加强新冠病毒重要流行变异株的研究,持续开展新冠病毒基因型变异监测。

2021年海南省2例轻型新冠肺炎病例相关新冠病毒德尔塔变异株的分子特征分析

本文对2021年海南省2例感染引起本土轻型新冠肺炎病例的新冠病毒进行全基因组测定和序列分析,研究该病毒的分子特征和分子进化规律。通过荧光定量RT-PCR法检测ORF1ab和N靶基因,应用Illumina公司的MiSeq深度测序平台进行全基因组序列测定,使用MEGA 10.1.8和DNASTAR 7.0.1生物信息学软件进行多序列比对和分析,并采用邻位归并法(Neighbour-joining)绘制系统进化树。2例新冠病毒(HN0801和HN0802)均属于德尔塔变异株,与武汉参考序列(NC_045512)基因序列相似性分别为99.7%和99.8%,系统进化树显示它们位于同一进化分支(B.1.617.2)的不同簇上,共有45个核苷酸突变位点,引起38个氨基酸位点改变,其中34个错义突变、6个同义突变、4个氨基酸位点缺失;刺突(S)糖蛋白发现B.1.617.2谱系共同突变特征L452R、T478K,以及T19R、G142D、D614G、P681R、D950N、R158G关键变异位点。HN0801同2021年7月江苏省南京市代表株基因序列100%相似,而HN0802与南京市疫情代表株基因组相似性较低。结合流行病学调查和基因组序列分析,这2例新冠病毒均属于新冠病毒德尔塔变异株,2例确诊病例之间没有明确的流行病学关联,为两条不同的传播链引起的相互独立的散发病例。本研究为海南省新冠病毒变异株的监测和新冠疫情防控提供了基础数据。