蓖麻miR396基因家族及其靶基因GRF生物信息学分析及鉴定

MiR396-GRF在调控植物的生长发育和生物胁迫及非生物胁迫过程中发挥着重要作用,目前关于蓖麻miR396和GRF的研究还很少。本研究中利用BLASTP和Pfam在蓖麻基因组中鉴定到4个miR396和11个GRF成员。分析发现,RcGRFs转录因子蛋白长度在318-619aa之间,理论等电点在5.54-9.34之间,分子量最小为35179.57 Da,最大值则为67639.97 Da。保守结构域和基序分析发现,所有RcGRFs均包含QLQ和WRC保守结构域。系统进化分析发现,RcGRFs在进化上与同样是双子叶植物的大豆、木薯、毛果杨存在着相似的进化模式,并且通过对RcmiR396与RcGRFs作用位点的分析发现,所有的RcGRFs均包含RcmiR396靶位点,并大部分位于外显子和3'UTR区。一些RcGRF具有组织表达特异性,因此,RcmiR396与RcGRF可能相互作用,调节蓖麻生长发育的不同阶段。