珍稀植物日本荚蒾遗传多样性的ISSR分析

日本荚蒾是浙江省重点保护野生植物,种群数量极为稀少,仅零星分布于部分海岛。在野外调查的基础上,对8个居群共125份日本荚蒾样品进行了ISSR遗传多样性分析。从100条ISSR通用引物中筛选出7条引物用于ISSR-PCR,共扩增得到240个谱带,其中多态性谱带232个。在物种水平上,日本荚蒾的多态性位点百分比(PPB)达96.67%,Nei’s基因多样性指数(H)为0.2273,Shannon’s信息指数(I)为0.3581,具有较高的遗传多样性;在居群水平上,日本荚蒾的PPB为32.61%,H为0.0731~0.1363,均值为0.1088;I为0.1092~0.2051,均值为0.1642;居群间基因分化系数(Gst)为0.5271,基因流(Nm)为0.4487,遗传距离为0.0982~0.2540;聚类分析结果表明,同一地理来源的日本荚蒾大多聚为一类,呈一定的地域分布规律。日本荚蒾遗传多样性水平高,但主要存在于居群间,岛屿之间的地理隔离可能是遗传分化的主要原因。

一株甘蓝内生枯草芽孢杆菌16S rDNA序列的克隆与分析

台州学院生命科学学院实验室前期从甘蓝健康植株中分离到一株内生细菌GL06,为甘蓝内生枯草芽孢杆菌GL06的功能研究和生产应用奠定基础,利用PCR法克隆其16S rDNA序列,并进行生物信息学分析。结果表明:以27F/1492R为PCR引物,扩增到长度为1 510bp的16S rDNA序列,序列的GC含量为54%;GL06 16S与枯草芽孢杆菌16S的相似性最高,达99%,仅存在3个碱基差异;GL06与枯草芽孢杆菌、解淀粉芽孢杆菌的系统发育树聚为一组。

绿萝叶腐病病原菌16S rDNA序列的克隆与分析

为绿萝叶腐病病原菌菌株LR12的分子鉴定和应用研究提供参考,利用PCR法克隆其16S序列,并借助生物信息学方法进行分析,明确其16S rDNA序列特征。结果表明:以YFUP/YFDN为PCR引物,扩增到大小约为1700 bp的条带;LR12的16S rDNA全长为1551 bp,GC为53.9%;LR12与胡萝卜软腐果胶杆菌胡萝卜亚种的16S rDNA相似性最高,达100%,与巴西亚种的相似性次之,为99.9%,两者存在2个碱基的差异;15种细菌在发育树上可分为5组,其中LR12与胡萝卜软腐果胶杆菌巴西亚种的关系最近,处于同一分支,支持率达100%,并与其他2种果胶杆菌属细菌聚在同一组。

日本荚蒾ITS序列的克隆与分析

为日本荚蒾的分子鉴定及遗传多样性研究提供参考,在克隆日本荚蒾rDNA ITS全长的基础上,利用生物信息学手段明确其序列特征和系统发育关系。结果表明:日本荚蒾的ITS全长为617bp,ITS1、ITS2和5.8S序列长度分别为226bp、227bp和164bp;荚蒾属18种植物的ITS全长为607~617bp,其中ITS1为224~230bp,ITS2为219~227bp;ITS1和ITS2的变异位点各有86个和74个,其中信息位点分别为41个和29个;荚蒾属植物的平均遗传距离为0.062,日本荚蒾和宜昌荚蒾之间的遗传距离最小,在系统发育树上处于同一分支,支持率达99%。