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基于GEO数据库分析类风湿关节炎及骨关节炎的关键基因
被引量:
2
1
作者
王辰飞
姚雪婷
+1 位作者
邵同聚
刘波
《风湿病与关节炎》
2020年第10期6-11,共6页
目的:探讨类风湿关节炎及骨关节炎中的共同关键基因及其功能意义。方法:通过GEO数据库分析类风湿关节炎及骨关节炎的差异基因,并使用DAVID数据库对差异基因进行通路富集分析和功能注释,通过STRING数据库构建差异基因的蛋白-蛋白相互作用...
目的:探讨类风湿关节炎及骨关节炎中的共同关键基因及其功能意义。方法:通过GEO数据库分析类风湿关节炎及骨关节炎的差异基因,并使用DAVID数据库对差异基因进行通路富集分析和功能注释,通过STRING数据库构建差异基因的蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,并下载结果进一步分析。结果:GEO数据库分析表达谱数据集GSE55235和GSE55457共得到112个差异基因,DAVID数据库富集分析表明,这些差异基因主要富集在免疫应答、整合在质膜、DNA序列特异性结合以及IgA生成的肠道免疫网络。STRING数据库分析显示,共有72个基因存在于PPI网络中,而JUN、MYC、VEGFA、ATF3、CD19、EGR1、CXCL10、TLR7、TLR8和NR4A1为网络中的关键基因。结论:JUN、MYC、VEGFA、ATF3、CD19、EGR1、CXCL10、TLR7、TLR8和NR4A1在类风湿关节炎及骨关节炎中表达失调,有望成为类风湿关节炎及骨关节炎的生物标志物及治疗靶点。
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关键词
关节炎
类风湿
骨关节炎
GEO数据库
DAVID数据库
STRING数据库
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职称材料
题名
基于GEO数据库分析类风湿关节炎及骨关节炎的关键基因
被引量:
2
1
作者
王辰飞
姚雪婷
邵同聚
刘波
机构
晋城大医院
温州医科大学
北京市监狱管理局清河分局医院
出处
《风湿病与关节炎》
2020年第10期6-11,共6页
文摘
目的:探讨类风湿关节炎及骨关节炎中的共同关键基因及其功能意义。方法:通过GEO数据库分析类风湿关节炎及骨关节炎的差异基因,并使用DAVID数据库对差异基因进行通路富集分析和功能注释,通过STRING数据库构建差异基因的蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,并下载结果进一步分析。结果:GEO数据库分析表达谱数据集GSE55235和GSE55457共得到112个差异基因,DAVID数据库富集分析表明,这些差异基因主要富集在免疫应答、整合在质膜、DNA序列特异性结合以及IgA生成的肠道免疫网络。STRING数据库分析显示,共有72个基因存在于PPI网络中,而JUN、MYC、VEGFA、ATF3、CD19、EGR1、CXCL10、TLR7、TLR8和NR4A1为网络中的关键基因。结论:JUN、MYC、VEGFA、ATF3、CD19、EGR1、CXCL10、TLR7、TLR8和NR4A1在类风湿关节炎及骨关节炎中表达失调,有望成为类风湿关节炎及骨关节炎的生物标志物及治疗靶点。
关键词
关节炎
类风湿
骨关节炎
GEO数据库
DAVID数据库
STRING数据库
Keywords
arthritis,rheumatoid
osteoarthritis
GEO database
DAVID database
STRING database
分类号
R593.22 [医药卫生—内科学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于GEO数据库分析类风湿关节炎及骨关节炎的关键基因
王辰飞
姚雪婷
邵同聚
刘波
《风湿病与关节炎》
2020
2
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职称材料
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参考文献
引证文献
统计分析
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