基于生物信息学数据库分析IER2在肿瘤中高表达及其作用机制

人即刻早期反应基因2(immediate early response 2,IER2)可能参与肿瘤的发生发展,但它在此过程中的作用及表达调控的机制仍不清楚。本研究通过在线数据库GEPIA2与Kaplan-Meier Plotter分析发现:TNF和IER2基因在食管癌组织和宫颈癌组织中高表达。而且IER2基因高表达的食管癌病人的预后显著较差。通过UCSC基因组数据库分析发现,在宫颈癌细胞和淋巴细胞内,TNFα(由TNF基因编码)诱导激活NF-κB结合IER2基因区。qRT-PCR检测证明,在食管癌和宫颈癌等细胞内,TNFα诱导NF-κB在转录水平上调IER2基因的表达。本文据此提出,TNFα诱导NF-κB上调IER2基因的表达可能是其在食管癌和宫颈癌等肿瘤中高表达的调控机制。本研究还通过在线数据库GeneMANIA和String分析发现11个与IER2具有关联性的基因。通过在线数据库Oncomine分析发现了88个基因在食管癌细胞内与IER2基因共表达。其中,包含7个与IER2具有关联性的基因ATF3、DUSP1、EGR1、EGR2、FOSB、JUN、NR4A1。本研究通过Oncomine数据库分析证明,在前列腺癌组织细胞内,这7个基因也与IER2共表达。并通过qRT-PCR检测验证这7个基因在食管癌细胞内与IER2基因共表达。GO注释表明,IER2可能通过与ATF3、EGR1、JUN相互作用,协同参与细胞增殖等生物学过程。CCK8检测证明,IER2基因过表达促进食管癌细胞生长增殖。总之,本研究初步揭示了IER2在食管癌和宫颈癌中高表达的调控机制及其作用,为深入研究该基因功能提供了线索。

基于生物信息学数据库研究肿瘤组织细胞表达KIAA0146的机制及意义

KIAA0146通过直接参与细胞DNA损伤修复过程在肿瘤的发生及治疗中起重要作用.NF-κB通过调控其靶基因在肿瘤细胞DNA损伤修复中发挥作用.但是KIAA0146基因在肿瘤组织细胞中的表达情况以及NF-κB是否调控该基因表达至今并不清楚.文章发现:KIAA0146在宫颈癌细胞中显著高表达.在TNFα处理的淋巴母细胞检测中发现KIAA0146基因区内包含5个NF-κB结合区.在TNFα处理的宫颈癌细胞内检测发现KIAA0146基因区内包含12个富集倍数超过20的NF-κB结合峰.而且这些NF-κB结合峰内均包含NF-κB结合位点(κB位点).此发现表明,TNFα诱导NF-κB通过κB位点结合KIAA0146基因.文章还发现:在宫颈癌细胞内TNFα诱导NF-κB在转录水平上调KIAA0146及2个已知NF-κB靶基因(IL6和NFKBIA)的表达.而且NF-κB特异性抑制剂Bay11-7082阻止TNFα诱导NF-κB在转录水平上调KIAA0146和NFKBIA的表达.因此TNFα诱导NF-κB在转录水平上调KIAA0146的表达可能是该基因在宫颈癌中高表达的分子机制.文章最后发现,KIAA0146基因高表达的宫颈癌、膀胱癌、头颈鳞状细胞癌和肺腺癌患者五年生存率显著提高.