一起副溶血性弧菌引起的群体性食物中毒事件溯源分析

目的 对一起副溶血性弧菌引起的群体性食物中毒事件进行溯源分析,为避免类似食物中毒事件发生提供依据。方法 对采自该食物中毒事件现场的接触者肛拭子、食物样本、环境涂抹样本进行病原学检测,并对分离出的副溶血性弧菌进行毒力基因鉴定、血清学分型和脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型。结果 采集的38份样本中,有21份(19份肛拭子、2份环境涂抹样本)检出副溶血性弧菌,检出率为55.3%。分离出的21株副溶血性弧菌血清型均为O3:K6,其tlh/tdh毒力基因为阳性,PFGE分子分型显示高度同源(同源性在98.7%~100.0%之间)。结论 综合流行病学调查结果和实验室检测结果判定,引起该群体性食物中毒事件的病原菌为携带tlh/tdh基因的O3:K6型副溶血性弧菌。建议监管部门加强卫生监管力度,避免类似事件的发生。

福建省首例输入性基孔肯雅热病例的调查与实验室诊断(英文)

目的通过实验室诊断及流行病学调查证实福建省首例输入性基孔肯雅热病例。方法调查病例的流行病学史及临床表现,采用病毒核酸检测、测序等方法进行实验室诊断。结果该病例临床表现符合基孔肯雅热特征,荧光PCR、RT-PCR和测序均证实为基孔肯雅病毒感染。流行病学调查表明,该病例的感染地点在东南亚一带,与扩增的部分病毒序列比对的结果一致。结论证实福建省首例输入性基孔肯雅热病例,在流行季节亟需加强对重点人群的监测。

多重套式RT-PCR检测患者凝血块中登革病毒RNA(英文)

目的建立简便、灵敏、适合于全部血清型登革病毒核酸检测的多重套式RT-PCR体系,检测临床样品中登革病毒RNA,作为实验室辅助诊断的依据。方法利用登革病毒标准株核酸,建立多重RT-PCR检测方法。提取患者凝血块总RNA,分别用一步法RT-PCR及多重套式RT-PCR检测。结果通过对检测体系进行优化,多重RT-PCR能够同时检测4种血清型登革病毒核酸。采用多重套式RT-PCR方法,从8例登革热患者凝血块中有4例检测到病毒RNA,而其它核酸检测方法仅检出1例阳性。结论多重套式RT-PCR的方法能够从临床凝血块样品中检测到登革病毒核酸,并同时进行血清学分型,简化了登革病毒核酸检测步骤,有利于对临床样品开展病毒核酸检测。

泉州市2008年与2010年手足口病流行特征研究

目的探讨泉州市手足口病流行病学特征描述及其病原学变化,为制定有效防控措施提供依据。方法采用描述性流行病学方法对2008年与2010年泉州市手足口病流行特征进行分析,并采用非条件logistic回归法计算泉州市手足口病不同病原相对风险因素。结果①2010年疫情呈"双峰型"流行,分别于5、9月达高峰;②2008年、2010年手足口病构成比都是以人口高密度区组最高;③手足口病发病集中在1-岁～4-岁组,并且好发于男孩;④散居儿童的患儿构成比由2008年的78.30%逐渐降为2010年的73.39%,而幼托儿童的比例则从2008年18.16%上升为2010年23.24%;⑤从病原体的构成比来看,2008～2010年CoxA16由14.29%降到8.52%,而EV71则由43.13%升到73.32%;⑥EV71与CoxA16感染呈季节性差异,相对于冬春季节,夏秋季节感染EV71风险是CoxA16的2.8倍;⑦手足口病重症病例病原体以EV71为主。结论手足口病仍然是威胁泉州市1～5岁小儿身心健康的传染病,呈春秋双峰型流行,易于在人口密度区组、散居儿童流行,特别是男童居多。重症病例以EV71感染为主,EV71与CoxA16感染呈季节性差异。

伪狂犬病病毒HS株tk基因的PCR扩增与克隆

参照伪狂犬病病毒（Ｐｓｅｕｄｏｒａｂｉｅｓｖｉｒｕｓ，ＰＲＶ）ＮＩＡ－３株ｔｋ基因序列，设计并合成１对长２２ｍｅｒ的引物，引物间距１．５ｋｂ，其内包含完整的ＰＲＶｔｋ基因。以ＢＨＫ２１细胞繁殖的ＰＲＶ湖北地方强毒株（ＨＳ－９３０４）基因组为模板进行ＰＣＲ扩增。琼脂糖凝胶电泳检测显示扩增主带清晰，长约１．５ｋｂ，符合设计要求。扩增片段克隆至由ｐＵＣ１８质粒改制而成的Ｔ载体中，限制性内切酶ＢａｍＨＩ、ＳｍａⅠ、ＸｈｏⅠ、ＨｉｎｄⅢ酶切分析证实，扩增片段的酶切位点与ｔｋ基因一致，说明扩增和克隆片段包含ＰＲＶｔｋ基因。

泉州市6例布鲁菌病的微生物生化鉴定及分子生物学确认

目的验证布鲁菌的微生物鉴定和PCR检测结果的一致性。方法利用全自动细菌鉴定仪对血(骨髓)培养阳性的标本进行微生物鉴定,提取细菌DNA,应用布鲁菌通用引物BCSP31进行PCR扩增,产物进行测序。结果 6例培养阳性的病原菌经鉴定为布鲁菌。经荧光PCR检测、测序结果在线blast分析确认为布鲁菌。结论细菌的分离培养结合PCR方法可以提高布鲁菌的检测。

泉州市2022-2023年新冠病毒Omicron变异株基因组特征及S蛋白突变位点动态分析

本研究旨在了解泉州市新型冠状病毒(Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)流行株的基因型别分布及全基因组特征,动态研究S蛋白关键结构域的突变规律。采用纳米孔测序获取2022年3月至2023年6月泉州市新冠病毒监测病例毒株的全基因组序列,对数据过滤后的641条优质序列进行基因型别鉴定、序列比对及突变位点统计,通过聚类热图动态分析S蛋白关键结构域的氨基酸突变规律,借助VarEPS系统完成变异对病毒传播和适应性影响评估。监测期间泉州地区流行株均为Omicron变异株,总体呈BA.2-BA.5-XBB谱系顺序更替,与同期全国流行趋势基本一致;核苷酸与氨基酸突变位点数分别为81个(79~84个)、57个(55~62个)且逐步增加;S蛋白RBM区有氨基酸变异更替现象,如G446V到G446S、T478K到T478R/N、F486I/V到F486S/P;近期在非BA.2.75流行期间频繁检出BA.2.75于NTD区的高频突变位点,如W152R、F157L、I210V且有上升趋势;不同时期在Furin裂解点或S2亚基区可检出不同的氨基酸突变,与同期流行株基因型别更替相关。这些氨基酸突变均可一定程度上降低S蛋白与中和抗体的稳定性,但对其与ACE2的结合状态改变不大,多为中性突变。从基因层面开展新冠病毒变异动态监测,可以帮助我们掌握区域基因型别特征及病毒变异进化规律,探索变异对病毒传播和适应性影响,及时预警关键变异。

TaqMan探针法实时荧光定量PCR快速检测沙门菌的探讨

为建立一种快速、灵敏、特异的实时荧光定量PCR法用于沙门菌的检验,根据GenBank上登录的编号为AE016841的沙门菌序列,应用生物学软件在fimY基因的保守区设计引物和TaqMan探针,同时应用BLAST程序进行网上序列比对,并进行筛选、优化。用鼠伤寒标准菌和60份食品样本进行本检测方法的特异性、敏感性和重复性试验,并与常规法和科玛嘉平板分离法做比较。本方法对沙门菌的检测具高度的特异性,检测的灵敏度达102CFUml,从增菌至完成检测仅需24h左右,是一种快速检测沙门菌的敏感、特异的新方法。

食源性致病菌中沙门氏菌检测方法的探讨

目的 通过在食品污染物监测中分离沙门氏菌的经验,探讨一种可在常规微生物实验室应用的快速诊断方法。方法 利用沙门氏菌的专有酶和酶的荧光底物以及五种简单但有效的生化进行快速鉴定,克服传统方法中分离、培养与鉴定需时较长,程序复杂、所需试剂繁多等缺点以及难以适应大批量检测的需要。结果 对170份生肉、海产品冻肉的检测,检出各种血清型的沙门氏菌共28株,检出率为16.5%。而按国标方法同时作对照,结果仅检出24株,检出率为14.1%。结论 该方法操作简便,灵敏度有较大的提高,可对沙门氏菌快速检测。可在基层实验室广泛推广使用。

福建省泉州市水产品中副溶血性弧菌的质谱鉴定和聚类分析

目的 了解福建省泉州市水产品中分离的副溶血性弧菌的毒力基因分布及同源性关系。方法 采用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS),对2020年分离自福建省泉州市水产品的59株疑似副溶血性弧菌菌株进行鉴定,利用MALDI-Biotyper数据库软件进行同源性聚类分析;采用荧光PCR法对毒力基因进行检测。结果 59株可疑菌株中只有46株鉴定为副溶血性弧菌,经同源性分析46株菌株之间蛋白组分特征差异比较大,可分为6大类别;经毒力基因鉴定,不耐热溶血素基因(tlh)检出率为100%,耐热性溶血素基因(tdh)和耐热性溶血素相关溶血基因(trh)均未检出。结论 MALDI-TOF MS质谱仪可用于副溶血性弧菌属水平的快速鉴定,福建省泉州市水产品存在一定程度的非致病性副溶血性弧菌污染,菌株同源性较低。

2013-2020年福建省泉州市食源性疾病沙门氏菌血清型及耐药分析

目的分析2013-2020年福建省泉州市食源性疾病病例监测中所检出的沙门氏菌血清型,并分析耐药性。方法选择2013-2020年福建省泉州市食源性疾病监测哨点医院采集的从腹泻患者生物标本中分离的沙门氏菌株115株,采用玻片凝集方法进行沙门氏菌血清型鉴定,采用微量肉汤稀释法进行药敏试验。结果血清型鉴定表明分属于5个血清群,包括B群(73.04%)、C1群(3.48%)、C2群(4.35%)、D群(15.65%)及E1群(2.61%);包含24种血清型,以B群血清型检出最多(9种,占37.50%),其中主要血清型为圣保罗沙门氏菌(27.83%)、鼠伤寒沙门氏菌(26.09%)以及阿雷查瓦莱塔沙门氏菌(9.57%)。分离的菌株对12种抗生素产生耐药,其中对头孢唑林、阿米卡星、庆大霉素、妥布霉素4种抗生素全部耐药。结论2013-2020年福建省泉州市食源性疾病监测哨点分离的沙门氏菌血清型分布呈多态性,对多种抗生素产生较高的耐药性。

泉州市儿童非流感急性呼吸道感染病例病毒病原谱分析

目的了解泉州市儿童非流感急性呼吸道感染(ARI)病例病毒病原谱特征。方法以2021年2月至2022年1月于泉州市儿童医院就诊的非流感儿童ARI病例为研究对象,采用实时荧光定量聚合酶链式反应法(qPCR)检测7种常见呼吸道病毒,包括鼻病毒(HRV)、呼吸道合胞病毒(RSV)、副流感病毒(HPIV)、腺病毒(HAdV)、人偏肺病毒(HMPV)、冠状病毒(HCoV)和人博卡病毒(HBoV),并对阳性标本基因分型,分析病毒病原谱分布特征。结果192例非流感ARI儿童病例病毒检出率45.3%(87例,至少检出1种病毒),7种病毒检出率由高到低:HRV(14.6%,28例)、RSV(14.1%,27例)、HPIV(13.5%,26例)、HAdV(4.7%,9例)、HCoV(1.6%,3例)、HBoV(1.0%,2例)和HMPV(0.5%,1例)。病毒总检出率以夏秋季较高(χ^(2)=10.99,P<0.05);不上学儿童病例检出率(51.8%)较上学高(36.6%,χ^(2)=4.40,P<0.05)。基因分型显示,27例RSV中,RSV-A占59.3%(16例)、RSV-B占33.3%(9例),分型阴性占7.4%(2例);26例HPIV中,HPIV-3检出占42.3%(11例)、HPIV-1占23.1%(6例)、HPIV-4占15.4%(4例)、HPIV-2占7.7%(2例),HPIV亚型间的双重感染占11.5%(3例);此外3例HCoV分型结果为2例OC43型、1例NL63型;1例HMPV分型为B型。87例阳性病例中单重感染占86.2%(75例),双重感染13.8%(12例),检出混合感染病毒有HCoV、HPIV、HRV、HAdV、RSV。结论泉州市非流感感染儿童ARI病例病毒病原谱分布广泛且各病毒分布存在差异,应加强该人群病毒多病原监测,逐步完善监测系统及预警机制。

泉州地区2014-2017年活禽相关外环境禽流感病毒监测及遗传进化特征

目的分析泉州地区2014—2017年活禽相关外环境中H5、H7、H9亚型禽流感病毒的分布情况和分子生物学特点,为本地区人感染禽流感的防控和预警提供参考依据。方法采集泉州地区活禽监测场所标本,采用实时荧光定量PCR方法检测甲型流感病毒以及H5、H7、H9亚型禽流感病毒,然后对检测结果进行统计学分析;并对4株代表性H7N9禽流感病毒毒株的HA和NA基因进行核苷酸序列测定和同源性分析,用DNAstar和MEGA7.0软件进行序列分析。结果外环境标本甲型流感病毒核酸阳性率为29.04%(377/1289),其中H5、H7、H9亚型的阳性率分别为3.80%、13.34%、12.02%。各监测年份中,H7N9阳性率均高于其它亚型,其中2017年最高(21.88%)。不同类型标本中,案板的H7N9阳性率最高(65.4%)、污水次之(59.3%)、禽类饮水最低(29.6%)。采集场所中,最高的是农贸市场(61.7%)和活禽交易市场(52.8%)。对4株H7N9病毒的HA和NA基因序列分析显示,外环境和人源病毒分别属于珠江三角洲和长江三角洲谱系。HA蛋白的裂解位点均为PKGR/G,没有发生高致病性突变;NA蛋白292位氨基酸都为R,没有出现奥司他韦耐药突变;PB2蛋白中,627位氨基酸从E突变为了K,526位和701位氨基酸没有出现突变。结论泉州地区活禽相关外环境存在H7N9禽流感病毒污染,特别是农贸市场和活禽交易市场是人感染H7N9亚型的高风险场所,需要加强监测。

2014—2017年泉州地区急性胃肠炎暴发疫情中诺如病毒的病原特征

目的分析泉州地区2014—2017年急性病毒性胃肠炎疫情的病原学特征.方法收集泉州地区2014—2017年15起急性病毒性胃肠炎暴发疫情期间的患者标本,采用实时荧光定量PCR方法检测诺如病毒GⅠ/GⅡ型、扎如病毒、星状病毒及轮状病毒,对检测结果进行统计学分析;诺如病毒检测阳性的标本,对其多聚酶和衣壳蛋白基因VP1区进行PCR扩增并测序,并用DNAstar和MEGA7.0软件进行序列分析.结果本研究共采集96份来源于15起急性病毒性胃肠炎暴发疫情的患者临床标本,共检出诺如病毒30份,阳性率为31.25%,其中GⅡ型23份、GⅠ型7份;随机选择10份阳性标本进行核酸序列分析,其中9份为GⅡ.P16/GⅡ.2亚型,1份GⅠ.6亚型.系统进化树分析表明该GⅡ.P16/GⅡ.2亚型诺如病毒新重组株与近期国内外暴发流行的GⅡ.P16/GⅡ.2亚型高度同源.结论引起泉州地区2014—2017年急性病毒性胃肠炎暴发疫情的主要病原为诺如病毒GⅡ.P16/GⅡ.2亚型和GⅠ.6亚型;其中GⅡ.P16/GⅡ.2亚型在泉州地区首次出现,为近期优势毒株.

不同标本EV71和CoxA16检测对于手足口病重症患者的临床意义分析

目的:了解泉州市2008年儿童手足口病重症病例不同标本中肠道病毒EV71和CoxA16的感染情况,为我市手足口病的治疗和防控提供依据。方法:采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)及实时荧光RT-PCR方法,对泉州市36例重症病例的咽拭子、疱疹液及脑脊液标本共104份(咽拭子35份,疱疹液32份,脑脊液36份)进行EV7I和CoxA16的检测,并对部分标本进行基因分型。结果:36例重症病例均只检出肠道病毒EV71,阳性率为100%,咽拭子、疱疹液、脑脊液的检出率分别为97.2%、100%、2.8%,基因分型为C4基因亚型,与国内其他省检出的基因型相同。结论:RT-PCR和实时荧光RT-PCR是手足口病快速、敏感、特异的检测方法。咽拭子和疱疹液的检出率无显著差异,所有重症病例均为C4基因亚型的EV7I感染,只有1例脑脊液检出EV7I,并且预后较差。

泉州地区2014～2017年H7N9禽流感病毒感染患者的临床和病毒特点分析

本研究对福建省泉州地区2014~2017年12例H7N9禽流感病毒感染患者的临床特点和病毒基因特点进行了分析。结果显示,泉州市实验室确诊H7N9禽流感病毒感染患者的总体病死率（2/12,17%）低于全国平均水平,其流行病学特征与临床特点（C反应蛋白和低密度脂蛋白升高以及淋巴细胞减少症较常见）与中国其他地区报道的人感染H7N9疫情中感染患者的结果一致;不同的是,谷草转氨酶、谷丙转氨酶、肌酸激酶升高的患者以及出现白细胞减少症的患者比例较低。所获得的三个患者的HA和NA基因序列分析显示,泉州地区患者感染的H7N9禽流感病毒都属于长江三角洲谱系,且亲缘关系近;3株病毒HA蛋白的裂解位点均为PKGR/G,没有出现高致病性突变,NA蛋白292位氨基酸也没有出现奥司他韦（达菲）耐药突变,但PB2蛋白中都出现了与毒力相关的E627K突变。泉州地区H7N9禽流感病毒患者的临床特点和病毒基因特征可为人感染H7N9病毒的病原学监测及疫情的科学防控和风险评估提供参考依据。

泉州市流感疫情实验室检测及H3N2亚型基因特性分析

目的 了解2009年泉州地区流感流行及病毒株的变异情况,探讨流感病毒基因的变异与流感流行的关系.方法 对泉州市198例流感患者的咽拭子采用MDCK细胞培养进行病毒分离,经血清学试验鉴定分型和实时荧光RT-PCR方法检测病毒核酸.对其中4株毒株提取病毒RNA,采用RT-PCR扩增病毒HA1基因,纯化产物进行核苷酸序列测定,用DNAstar megalign软件分析基因.结果 198份咽拭子中有98份为H3N2亚型流感病毒核酸阳性,分离到62株H3N2亚型流感病毒,HA1基因经核苷酸序列测定显示,其基因特性更接近于A/Ningbo/333/2008,核苷酸同源性为98.7%,与A/Xiamen/70/2004的同源性为96.8%,由HA1基因核苷酸序列推导的氨基酸系列与疫苗株A/Brisbane/10/2007相比,有7个氨基酸位点发生变异,其中有1个位点位于抗原决定簇A区（144）,有2个位点位于抗原决定簇B区（158、189）,种系发生树分析也证实HA1基因存在一定差异.结论引起2009年泉州市流感在部分集体单位流行的病毒为H3N2亚型,其基因特性和抗原性与疫苗株相比均发生了一定变异.

泉州市2009年甲型H1N1流感基因特性分析

目的了解福建省泉州市2009年甲型H1N1流感病毒的HA和NA基因特征,探讨该病毒的遗传变异及分子特性。方法采集泉州市甲型H1N1流感患者咽拭子,采用实时荧光聚合酶链反应方法检测病毒核酸及MDCK细胞培养进行病毒分离、鉴定,提取其中2株代表性毒株病毒核糖核酸(RNA),采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒HA和NA基因,纯化产物进行核苷酸序列测定,用DNAstar megalign软件进行序列分析。结果 1020份咽拭子检出甲型H1N1流感病毒核酸阳性200份;季节性流感病毒核酸阳性70份,其中H3N2亚型53份,H1N1亚型14份,B型3份,并分离到29株甲型H1N1流感病毒株;HA基因核苷酸序列测定显示,该毒株与北美流行株高度同源,由HA基因核苷酸序列推导的氨基酸系列与疫苗株A/Brisbane/59/2007比较,有22个位于抗原决定簇的氨基酸位点发生变异,但受体结合特异性仍为人样受体,NA基因耐药性位点分析显示,对达菲药物依然敏感。结论 2009年泉州市甲型H1N1流感流行毒株与北美流行株高度同源,相对于疫苗代表株出现了HA蛋白抗原性漂移。

无菌性脑膜炎暴发中病原学检测及埃柯30型肠道病毒的基因特征和分子进化分析

目的了解引起福建省泉州地区2011年无菌性脑膜炎暴发疫情的埃柯30型肠道病毒(echovirus 30,ECHO30)病原及基因特征,分析基因变异情况及进化来源。方法对泉州市2011年无菌性脑膜炎暴发疫情中的临床样本采用实时荧光定量反转录-聚合酶链反应(rRT-PCR)方法进行肠道病毒通用型、肠道病毒71型(EV71)和柯萨奇病毒A组16型(Cox A16)核酸检测,随机选5份阳性样本进行肠道病毒VP1区核苷酸序列测定,将测序所得VP1序列用BLAST程序在GenBank上序列搜寻比对,确定其基因型,并通过构建进化树分析其遗传进化规律。结果 47份样本经rRT-PCR检测,有39份非EV71和Cox A16的其他肠道病毒核酸阳性,5份阳性样本的肠道病毒VP1区核苷酸序列均为876 bp,且同源性最高,均大于98.9%,最高仅相差一个核苷酸,与它们具有较高同源性的均是ECHO30。与本次分离株亲缘关系最近的一组ECHO30分别是2008年河南省和浙江省的分离株,与中国台湾2001年无菌性脑炎分离株以及印度2011年分离株则距离较远;原型株Bastianni和20世纪90年代美国分离株和本次分离到的ECHO30毒株距离最远。结论 2011年ECHO30在泉州地区发生一定程度的传播流行,并导致无菌性脑膜炎疫情的局部暴发流行,进化树分析表明本次分离株与国内近年ECHO30分离株亲缘关系较近,而与国外分离株则相对较远。