基于简化基因组测序分析云南小桐子遗传多样性

为深入了解云南省热带能源植物小桐子的遗传多样性和亲缘关系,本研究以云南省9个种源地的小桐子群体为材料展开联合分析。为了研究群体多态性,以MISA程序开发了8对SSR分子标记,PCR扩增后选取多态性较好的4对引物以9个居群95个材料DNA进行了扩增,发现JC01引物多态性最好,达0.711。聚类分析表明保山地区和西双版纳地区可能作为云南省小桐子的亲本或起源,各居群间亲缘关系和地理位置有一定相关性。本研究对各采集地种子和幼苗时期生物学性状的综合考察发现地下部分鲜重(UFW)性状群体变异系数最大,分离明显。选择UFW极端差异的2个居群(版纳勐海和楚雄元谋)以BSA分离法进行RAD简化基因组测序,基因组组装分别得到2783和3033条contigs,利用GenomeScope对基因组组装数据分析发现2份材料均为二倍体,GWAS分析在全基因组水平挖掘到有效SNPs 22756个,其中UFW高频SNPs集中于9号染色体,有3个候选蛋白与UFW性状连锁。研究结果表明云南省不同地区小桐子居群具有较高的遗传多样性,初步明确了云南本地小桐子种质的独特性。

云南省马铃薯早疫病病原及毒性特点分析

【背景】早疫病是马铃薯主要病害之一,其病原为链格孢属(Alternaria)真菌,组成具有种复杂性和毒性差异性。【目的】明确云南省马铃薯早疫病两个致病种毒性特点和功能基因差异。【方法】以云南省大理州鹤庆县马铃薯主产区采集、分离和纯化的Alternaria solani(TA-0410)和Alternaria alternata(TB-1129)两株菌为材料,进行孢子形态观察、毒性测定、全基因组测序和比较分析研究。【结果】发现TA-0410为大孢子种,分生孢子褐色或黄色,孢子大小为[37.4-151.9(±28.1)]μm×[4.3-22.9(±4.1)]μm,喙长;TB-1129为小孢子种,分生孢子灰褐色,大小为[18.6-42.6(±9.3)]μm×[6.1-15.3(±2.3)]μm,喙短。毒性测定表明TA-0410为唯一致病种,TB-1129不能直接侵染引起马铃薯早疫病,但A.alternata在有伤接种条件下能产生并扩大病斑。两株菌测序分析发现TA-0410基因组大小为32.26 Mb,contig N_(50)为1158607 bp,含177个特有基因,TB-1129基因组大小为33.30 Mb,scaffold N_(50)为2338721 bp,含600个特有基因。此外,对唯一致病菌TA-0410进行全基因组分泌蛋白特征RxLx[EDQ]挖掘,共得到12个候选分泌蛋白,同源注释均为假定蛋白。结构域分析发现2个分泌蛋白ASR_2859和ASR_19579中分别包含和致病相关的BID_1和UBA结构域。【结论】A.solani和A.alternata均能引起马铃薯早疫病,A.alternata仅在有伤条件下侵染;两个菌株侵染和病斑扩展阶段的表型主要由孢子活力及生物毒性相关蛋白控制。