水稻水溶性环氧化合物水解酶的生物信息学分析

水溶性环氧化合物水解酶(Soluble Epoxide Hydrolase,SEH)是一组催化环氧化合物水解为相应邻位二醇的酶类,在哺乳动物、植物、昆虫和微生物体内广泛存在。通过BLAST对水稻基因组的蛋白质数据库进行搜索,获得10个水溶性环氧化物水解酶(Soluble Epoxide Hydrolase SEH)sEH蛋白的同源序列。经分析发现这些基因在水稻不同胁迫处理下各个部位都有所表达,而且不同成员之间的表达模式存在较大的差异。水稻sEH蛋白主要参与角质层形成,应激反应,以及病原防御等生理过程,特别在脱毒过程中扮演着重要的角色。对蛋白质多序列联配和三级结构预测结果表明:水溶性环氧化合物水解酶的核心结构域由3个催化残基Asp、His和Asp形成三位一体的催化活性构象。这类基因的表达受抗逆环境诱导,其功能与抗逆性有关,为基因工程抗逆育种提供了参考。

木薯EST资源的SSR信息分析

为了进一步利用现有木薯EST-SSR资源,笔者从NCBI公共数据库下载了38411条木薯EST,去除低质量的和冗余的的序列后,得到全长为4.16×103kb的无冗余序列5401条。在无冗余序列中发现含有SSR的EST序列595条,共691个SSR,平均相隔6.02kb出现一个SSR。这些SSR的出现频率和平均长度分别是11.02%和18.89bp。在1～6bp的重复基元中,二核苷酸重复基元出现频率最高(36.03%),其次是三核苷酸重复基元(31.84%)、单核苷酸重复基元(30.10%)。出现较多的重复基元是A/T(29.23%),其次是AG/CT(24.75%)。结果说明,木薯的EST-SSR出现频率较高、类型较丰富、多态性潜能较高,具有较高的利用价值。

基于RefSeq的人类基因荧光定量PCR引物库的构建

利用NCBI提供的RefSeq序列,通过BLAT、Sim4和自主开发的剪接比对程序Ealter1.0对人类RefSeq转录本进行外显子预测,根据预测的外显子信息,采用自主开发SYBR Green I Real Time PCR引物设计程序E-qPCR-Design1.0高通量设计21,118对SYBR Green I Real Time PCR引物,同时选取5000条基因进行SYBR Green I Real Time PCR引物验证,95.92%的基因引物取得良好效果,1.64%的基因引物产生引物二聚体,1.08%的基因引物有非特异性扩增,通过生物信息技术分析与实验验证,建立了基于RefSeq的人类基因荧光定量PCR引物库。