2016年福建省单核细胞增生李斯特菌临床病例及食品来源菌株的分子特征分析

目的研究福建省单核细胞增生李斯特菌感染病例的临床特征及分离菌株的分子型别,为食源性疾病溯源和防控提供参考依据。方法通过监测网报告的感染病例进行个案访谈调查;对2016年临床病例和即食食品来源的单核细胞增生李斯特菌分离株进行血清分型和PFGE分子分型。结果感染病例均为免疫力低下的孕妇和新生儿,3株病例分离株血清型为2株1/2a和1株4b。8株食品分离株血清型为5株1/2a、2株4b和1株1/2b。11株PFGE分为10个型别。结论 2016年福建存在散发的单核细胞增生李斯特菌病例,PT型各异,无同源性。应加强监测、流行病学调查和饮食卫生宣教,保护孕妇和新生儿等高危人群。

GB/T 18204.3-2013《公共场所卫生检验方法 第3部分:空气微生物》中有关嗜肺军团菌检验存在的问题及修订建议

对已经正式实施三年的GB/T 18204.3-2013《公共场所卫生检验方法第3部分:空气微生物》的范围、术语和定义、仪器和设备、试剂和培养基、采样、检验步骤等逐条进行分析,讨论了标准存在的其他问题,对检验机构正确实施使用该标准提出了技术性建议。

经福州海关关区输入的境外新型冠状病毒基因组特征分析

目的 对经福州海关关区输入的境外新型冠状病毒感染者标本进行全基因组测序,了解关区范围内输入性新型冠状病毒全基因组特征及变异情况,为新冠疫情防控中的新冠病毒溯源提供参考。方法 采用靶向扩增方法结合二代测序技术获得新型冠状病毒全基因组,应用在线分析平台及序列分析软件,判断病毒型别,分析病毒突变位点;构建系统发育树,并结合病例流行病学资料进一步证实病毒的来源。结果 获得30株2021年5月至2022年4月期间输入性新型冠状病毒感染者的SARS-CoV-2全基因组序列。Pangolin分型显示30株病毒分别属于R.1进化分支、Alpha变异株(B.1.1.7)、Beta变异株(B.1.351)、Delta变异株(B.1.617.2)和Omicron变异株(B.1.1.529),2022年1月之后的毒株均为Omicron变异株,分别属于BA.1和BA.2两种进化分支。全基因组核苷酸突变位点分析显示,与武汉参考株(NC_045512.2)相比30个SARS-CoV-2基因组序列核苷酸突变为24~71个,核苷酸突变位点在全基因组中分布不一致,突变位点数较多的分别是S基因、ORF1a基因、ORF1b基因和N基因。在氨基酸水平上,30株病毒S蛋白存在8个非特征性突变位点,其余突变位点均为相应谱系的特征性突变位点(75%以上同谱系流行株共有的突变位点)。核苷酸系统进化树分析显示,输入性病毒与来源地区流行毒株相似度较高。结论 对福州海关关区输入的新冠肺炎感染者标本进行病毒全基因组测序,获得30个SARS-CoV-2序列。分析表明输入病毒株存在多种不同谱系,核苷酸突变差异导致了氨基酸的特征性突变和非特征性突变,可以为新冠疫情防控中的病毒溯源提供了依据。

2000—2018年福建省单核细胞增生李斯特菌分离株血清型及脉冲场凝胶电泳分型

目的分析福建省食品、临床病例和环境中单核细胞增生李斯特菌分离株的血清型和脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型,为食源性疾病的暴发识别和溯源提供参考依据。方法采用多重聚合酶链式反应(PCR)血清学分型、免疫血清凝集和PFGE方法对2000—2018年分离的单核细胞增生李斯特菌进行分型。结果117株单核细胞增生李斯特菌分为4组血清型,包括1/2a(3a)、1/2b(3b)、1/2c(3c)和4b(4d,4e),占比分别为67.5%(79/117)、23.1%(27/117)、5.1%(6/117)和4.3%(5/117)。9株病例分离株血清型为1/2a(6株)、4b(2株)和1/2b(1株)。采用Asc I限制性内切酶将117株单核细胞增生李斯特菌分为83种不同PFGE型别,其中10株具有独特单一的型别。9株病例分离株分为8种不同PFGE型别。结论福建省食品和病例中分离的单核细胞增生李斯特菌,1/2a血清型占主导地位,4b血清型应引起关注。

基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱法对金黄色葡萄球菌的鉴定效果

目的评价基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)技术对金黄色葡萄球菌的鉴定效果。方法按照质谱操作手册,对2016年福建省食品安全风险监测检出的13株金黄色葡萄球菌进行检测,并与数据库中的图谱进行验证和比较。结果对13株葡萄球菌属、血浆凝固酶为阳性的菌株进行质谱鉴定,通过MALDI-TOFMS鉴定软件分析,金黄色葡萄球菌的图谱与数据库中的图谱匹配程度高,鉴定结果均为金黄色葡萄球菌。结论MALDI-TOF-MS技术鉴定结果可信度高,有快速、简便和准确等优点,可实现对金黄色葡萄球菌的快速鉴定。

一起肠炎沙门菌食源性疾病暴发事件调查与溯源分析

目的通过1起食源性疾病暴发事件的调查与溯源分析,为明确事件起因提供依据。方法对2019年三明市某餐厅发生的食源性疾病暴发事件采集到的食物样品与患者标本,进行食源性致病菌的分离鉴定及血清分型,用脉冲场凝胶电泳(PFGE)法对菌株聚类分析。结果调查显示有统计学意义关联的中毒食品是蛋糕(OR=5.33,P<0.01)和寿司(OR=4.55,P<0.05);共检出11株肠炎沙门菌,来自蛋糕2株、牛排原料2株、患者7株,但寿司未检出常见致病菌;所有菌株经聚类分析显示100.0%同源性。结论该事件是食用肠炎沙门菌污染的蛋糕引起,不排除牛排原料污染蛋糕的可能。流行病学与卫生学调查结合PFGE技术,可有效溯源。

福建省一起经货轮输入的新冠肺炎病毒全基因组测序分析

目的应用高通量测序和生物信息学分析技术,从一起经货轮输入的新冠肺炎(COVID-19)聚集性病例标本中直接测定新型冠状病毒(2019 novel coronavirus,2019-nCoV)全基因组序列,并从全基因组水平分析2019-nCoV的基因组变异特征,追溯病毒的潜在来源。方法采用2019-nCoV全基因组靶向扩增结合Ion S5二代测序的技术,对来源于同一艘货轮的8例COVID-19确诊病例咽拭子标本进行病毒全基因组测序。应用在线分析平台,判断病毒型别,分析病毒突变位点。利用进化分析软件,构建系统发育树,结合病例流行病学资料,推测病毒的来源。结果成功测序获得8条长度为29822~29865 bp的2019-nCoV全基因组序列,平均测序深度为11928×~33588×,基因组覆盖度为99.73%~99.87%;Pangolin分型结果显示8个2019-nCoV基因组均属于VOC/Delta(B.1.617.2)进化分支;全基因组突变分析显示,与武汉参考株(NC_045512.2)相比,8个2019-nCoV基因组序列核苷酸突变的中位数为35个(31个~38个),氨基酸突变的中位数为26个(24个~28个),突变位点分布于8个编码区(ORF1a、ORF1b、S、ORF3a、M、ORF7a、ORF8、N);进一步分析发现8个2019-nCoV基因组中含有23个属于2019-nCoV Delta(B.1.617.2·AY.2)变异株的特征性突变位点;但因8个2019-nCoV基因组间的突变位点并非完全重合,且流调报告显示货轮中途经停多个口岸且有人员更替,故推测该起聚集性COVID-19疫情可能有不同传播来源;进化分析显示,8个2019-nCoV序列共同处于B.1.617.2进化分支的AY.2子分支上,同Pangolin分型及突变分析结果一致。结论本研究从一起经货轮输入的COVID-19聚集性疫情病例标本中测序获得8个Delta变异株全基因组序列,本研究所构建的测序方法和分析结果可在COVID-19防控中为2019-nCoV的变异分析和病例溯源提供参考。

2020年福建省生禽肉中沙门菌污染状况及病原学特征分析

目的了解2020年福建省生禽肉中沙门菌污染状况、血清分型和耐药情况。方法采集2020年福建省生禽肉样品178份,按照GB 4789.4—2016的方法分离出沙门菌后进行血清分型,并对分离出来的沙门菌进行药敏实验。结果共检出沙门菌40株,检出率为22.5%(40/178),通过血清分型,鼠伤寒沙门菌占比最高,检出率为22.5%(9/40),其次分别是肯塔基沙门菌和肠炎沙门菌,检出率分别为17.5%(7/40)、15.0%(6/40)。药敏实验结果表明,40株沙门菌对四环素耐药程度最高,耐药率为77.5%(31/40),其次是萘啶酸和氨苄西林,耐药率分别为62.5%(25/40)、52.5%(21/40)。多重耐药率(MDR>3)为52.5%(21/40)。结论2020年福建省生禽肉中存在一定程度沙门菌污染,以鼠伤寒沙门菌为主。菌株耐药状况严重,且存在较高的多重耐药率,应加强食品安全风险监测,预防食源性疾病暴发。