深圳市龙华区2019年札如病毒基因分型以及进化分析

目的分析2019年深圳市龙华区札如病毒的基因型别,掌握辖区内札如病毒的流行情况。方法采用实时荧光定量PCR对283份龙华区感染性腹泻疫情样本进行轮状病毒、诺如病毒和札如病毒核酸检测,对札如病毒阳性样本核酸采用RT-PCR(反转录–聚合酶链式反应)扩增,并对扩增产物进行序列测定和遗传进化分析。结果 2019年龙华区共发生感染性腹泻聚集性疫情24起,共采集283份样本。其中由诺如病毒引起15起(占62.5%),札如病毒引起4起(占16.6%),札如和诺如病毒共同引起1起(占4.1%),未检测出病原体4起(占16.6%)。283份感染性腹泻疫情样本中,诺如病毒检测阳性率为17.7%(50/283);札如病毒阳性率为8.1%(23/283),轮状病毒未检出,所有病例无混合感染情况。23例札如阳性样本有5例VP1条带扩增成功,扩增效率为21.7%,基因亚型鉴定分析结果表明2株为GII.3型,3株为GII.4型。结论在2019年龙华区腹泻疫情方面,GⅡ.3和GⅡ.4型是札如病毒的主要型别。诺如依然是龙华区感染性腹泻中引起散发和暴发的首要病原体,星状,轮状,腺状仅在散发病例中发现,而札如已成为引起急性腹泻病的重要病原体,应尽快开展龙华区对札如病毒的常规检测和进一步的分子分型工作。

深圳市龙华区2018年手足口病病原学特征

目的分析2018年深圳市龙华区手足口病病原学特点,为辖区手足口病预防和控制策略的制定和调整提供科学依据。方法采用荧光定量RT-PCR方法对哨点医院送检的223份手足口病临床诊断病例的肛拭子样本进行肠道病毒(Enteroviurs,EV)、肠道病毒A组71型(Enteroviurs A71,EV-A71)、柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus A16,CV-A16)、柯萨奇病毒A组6型(Coxsackievirus A6,CV-A6)、柯萨奇病毒A组10型(Coxsackievirus A10,CV-A10)核酸检测,并对EV核酸阳性样本进行VP1区序列测定、同源性分析、亚型鉴定和系统进化分析。结果实验室确诊病例有166例,阳性率为74.44%,构成比前3位的病毒亚型依次为CV-A6(43.37%),CV-A16(31.33%),CV-A10(13.86%);2018年深圳市龙华区流行的主要肠道病毒中,EV-A71属于C4a进化分支;CV-A16(n=18)核苷酸同源性为89.0%~99.9%,氨基酸同源性为98.3%~99.7%,属于B1a(38.89%,7/18)和B1b(61.11%,11/18)进化分支;CV-A6(n=45)核苷酸同源性为95.1%~99.9%,氨基酸同源性为98.1%~99.0%,均属于D3进化分支;CV-A10(n=12)核苷酸同源性为93.5%~99.8%,氨基酸同源性为97.6%~99.7%,均属于C进化分支。结论深圳市龙华区应进一步加强辖区手足口病监测,持续关注病原谱构成和重要病原体进化情况。

2016-2017年深圳市龙华区诺如病毒疫情流行特征及病原学特点

目的分析深圳市龙华区诺如病毒疫情流行特征及病原学特点。方法选取2016年10月-2017年9月期间深圳市龙华区共6个街道（观湖、民治、龙华、大浪、福城和观澜）29起聚集性胃肠炎疫情中的317例疑似病例作为研究对象。收集研究对象肛拭子标本，共计317份，采用荧光定量PCR方法对样品进行诺如病毒检测，阳性样本进一步用逆转录PCR法同时对聚合酶区-衣壳区进行基因扩增，并进行测序和进化分析以鉴定其基因型。结果317例疑似病例中，实验室确诊156例，其中5岁以下儿童99例（63．46％，99／156）。29起聚集性胃肠炎疫情报告单位主要为幼儿园，占75．9％（22／29）。在317份标本中，156份为诺如病毒GII核酸阳性，阳性率为49．21％。未检出诺如病毒GI。对156份诺如病毒GH核酸阳性的标本进行聚合酶区-衣壳区序列逆转录PCR扩增，共82份阳性，获得82株毒株序列。系统发生树构建结果发现，2016年10月—2017年9月期间，引起深圳市龙华区诺如病毒疫情的基因型有4种，包括GII．P16-G11．2、GII．Pe-GII．4Sydney2012、GII．P17-GII．17和GH．P12-GII．3。其中，GII．P16-GII．2引起的有18起，占62．1％（18／29）。结论深圳市龙华区应进一步加强诺如病毒聚集性疫情监测，重点关注幼儿园5岁及以下儿童，并且要重点监测是否有变异株出现。

深圳市龙华区疱疹性咽峡炎病原学特点

目的分析深圳市龙华区疱疹性咽峡炎病原学特点,为辖区疱疹性咽峡炎预防和控制策略的制定和调整提供科学依据。方法采用荧光定量RT-PCR方法对手足口病哨点医院送检的疱疹性咽峡炎临床诊断病例的肛拭子样本进行肠道病毒(enteroviurs,EVs)、肠道病毒71型(enteroviurs-A71,EV-A71)和柯萨奇病毒A组16型(coxsackievirusA16, CV-A16)核酸检测,并对非EV-A71非CV-A16的其他肠道病毒的VP1区序列进行测定,亚型鉴定和系统进化分析。结果临床诊断病例肛拭子样本38份中实验室确诊病例29例,确诊率为76.32%(29/38),病原谱监测共发现有9种人肠道病毒(EV-A71、CV-A16、CV-A6、CV-A10、CV-A2、CV-A4、CV-A5、Echo9和CV-B4),其中构成比占前3位的病原体分别CV-A2(24.14%,7/29)、CV-A10(20.69%,6/29)和CV-A6(17.24%,5/29)。实验室确诊病例中,男性有19例(65.52%,19/29),女性有10例(34.48%,10/29);3岁以下儿童25例(86.21%,25/29)。病例发病时间主要集中在4—6月份,有23例(占79.31%,23/29)。系统进化树分析结果显示,CV-A6属于D3进化分支,CV-A10(66.67%)属于C进化分支,CV-A2属于D进化分支。结论深圳市龙华区应开展疱疹性咽峡炎常规监测,重点关注3岁以下儿童,并关注病原谱构成及重要病原体进化情况。

2017年深圳市龙华区手足口病病原学特征分析

目的 分析2017年深圳市龙华区手足口病（hand,foot,and mouth disease,HFMD）病原学特点.方法 采用实时荧光PCR方法对哨点医院送检的242份HFMD临床诊断病例的肛拭子样品进行肠道病毒（enteroviurs,EV）、肠道病毒A组71型（EV71）和柯萨奇病毒A组16型（coxsackievirus A16,CV A16）核酸检测,并对非EV71非CV A16的其他肠道病毒和EV71的VP1区序列进行测定,亚型鉴定和系统进化分析.结果 实验室确诊病例有190例,阳性率为78.51％（190/242）,其中,EV71感染32例（16.84％,32/190）、CV A16感染11例（5.79％,11/190）、CV A6感染126例（66.32％,126/190）.实验室确诊病例中,男性占57.9％ （110/190）,女性占42.1％（80/190）;3岁以下儿童占78.95％（50/190）.系统进化树分析结果显示,2017年深圳市龙华区流行的EV71属于C4a进化分支,CV A6属于D3进化分支,CV A10属于C进化分支.结论 深圳市龙华区应进一步加强辖区HFMD监测,重点关注3岁以下儿童及病原谱构成和重要病原体进化情况.

2015-2017年深圳市龙华区病毒性腹泻监测结果

目的了解深圳市龙华区2015-2017年病毒性腹泻病原体的流行及诺如病毒系统进化特征。方法收集辖区哨点医院监测门诊腹泻病例(排除细菌性感染)的粪便标本,开展诺如病毒(GⅠ/GⅡ组)、轮状病毒(A/B/C组),星状病毒和肠腺病毒核酸检测,对诺如病毒(GⅠ/GⅡ组)核酸阳性的标本进行衣壳区(Region B)和聚合酶区(Region C)基因扩增,测序和系统进化分析。结果共采集临床病例粪便标本362份,病毒核酸检测阳性共138份,阳性率38.12%;其中以诺如病毒和轮状病毒A组感染为主,病毒性感染的阳性率分别为14.64%(53/362)和19.89%(72/362);诺如病毒GⅡ组引起急性胃肠炎的基因型有2种,包括GⅡ.P16-GⅡ.2(n=1)和GⅡ.Pe-GⅡ.4 Sydney 2012(n=10),其中GⅡ.P16-GⅡ.2为2016-2017年度流行株;诺如病毒和轮状病毒的感染病例在男性中检出均略高于女性,差异无统计学意义(P=0.528 7,P>0.05);主要感染5岁以下儿童,阳性率为24.03%(87/362),构成比为63.04%(87/138)。结论深圳市龙华区应进一步加强病毒性腹泻监测,重点关注5岁及以下人群,密切关注诺如病毒变异株出现。

一起由诺如病毒GⅠ.5型引起胃肠炎聚集性疫情的分子流行病学分析

目的对2018年深圳市龙华区发生的一起由诺如病毒GⅠ.5型引起的胃肠炎聚集性疫情进行分子流行病分析。方法对诺如病毒GⅠ组核酸阳性的样本进行聚合酶-衣壳区序列测定,同源性和系统进化分析。结果成功获得3份样本的聚合酶-衣壳区序列,样本编号分别为18JB00186、18JB00187和18JB00190,长度552 bp,核苷酸和氨基酸的同源性为100%,与2018年成都分离株MK121731.1同源性最高,相似度(Per.Ident)99.07%。衣壳区的系统发生树构建分析结果显示,它们属于GⅠ.5进化分支,与2013年济南、2014年上海和2018年成都的部分分离株同属于一个进化分支,为GⅠ.5.1分支。聚合酶区的系统发生树构建分析结果显示,它们属于GⅠ.P4进化分支。结论应进一步加强辖区诺如病毒不同型别监测,持续关注不常见型别进化情况。

2018年深圳市龙华区诺如病毒基因型特征

目的分析2018年深圳市龙华区诺如病毒基因型特征,为辖区诺如病毒预防和控制策略的制定和调整提供科学依据。方法采用荧光定量RT-PCR方法对哨点医院送检的105份急性胃肠炎临床诊断病例的粪便样本和22起聚集性疫情采集的252份肛拭子样本进行诺如病毒、轮状病毒、星状病毒、肠腺病毒和札如病毒核酸检测,并对诺如病毒核酸阳性样本进行聚合酶-衣壳区序列测定,同源性和系统进化分析。结果哨点监测结果显示,阳性率为21.9%(23/105),单一病原感染中,诺如病毒GⅡ组构成比为47.8%(11/23),GⅠ组构成比为4.4%(1/23),轮状病毒A组构成比为26.1%(6/23),混合感染中,诺如病毒GⅠ和GⅡ组混合构成比17.4%(4/23),诺如病毒GⅡ组和轮状病毒A组混合构成比4.4%(1/23);疫情检测结果显示,由诺如病毒GⅠ组感染引起有1起(4.5%),GⅡ组感染引起的有15起(68.2%),由腺病毒感染有1起(4.5%),未检出的有5起(22.7%);诺如病毒基因特征分析显示,2018年深圳龙华区诺如病毒流行的基因型包括了GⅠ.P1-GⅠ.1,GⅠ.Pd-GⅠ.3,GⅠ.P4-GⅠ.5,GⅡ.P17-GⅡ.17,GⅡ.P16-GⅡ.2,GⅡ.P21-GⅡ.13,GⅡ.P12-GⅡ.4,GⅡ.P12-GⅡ.17和GⅡ.P12-GⅡ.3和GⅡ.P7-GⅡ.6。2018年深圳市龙华区诺如病毒聚集性疾情主要聚集于3月和9-11月。结论诺如病毒是深圳市龙华地区2018年引起急性胃肠炎主要病原,必须持续诺如病毒流行株监测及流行规律研究,为诺如病毒防控策略制定和疫苗株提供数据支持。

5种常见念珠菌反向斑点杂交技术的研究

目的建立白色念珠菌、光滑念珠菌、克柔念珠菌、近平滑念珠菌、热带念珠菌的反向斑点杂交诊断技术。方法针对念珠菌ERG11保守基因设计引物和杂交探针,对探针进行标记然后固定在尼龙膜形成一种杂交膜,将PCR产物点样在杂交膜进行斑点杂交,显色。结果通过通用引物扩增五种常见念珠菌DNA片段,大小为350bp。构建了5种念珠菌的反向斑点杂交膜,与其PCR产物反应特异性好,灵敏度高。结论本研究建立的反向斑点杂交技术可快速、准确地鉴定临床常见念珠菌,有望在临床微生物诊断中广泛应用。