弗氏枸橼酸杆菌中发现介导bla_(KPC-2)传播的新型质粒及比较基因组学分析

目的探讨来自弗氏枸橼酸杆菌的产碳青霉烯酶的新型不相容群组质粒pNY2385-KPC的耐药机制及基因结构特征。方法从宁波市医疗中心李惠利医院急诊病房的发热患者尿液样本中获得1株多药耐药菌。采用16S rRNA基因扩增和平均核苷酸一致性(ANI)进行菌种鉴定;采用全自动细菌鉴定及药敏分析系统检测细菌MIC值;通过“三代”测序方法获得基因组序列,然后通过BLASTP/BLASTN、RefSeq、ConservedDomains、ResFinder、Isfinder等对基因功能进行详细注释及比较基因组学分析。结果弗氏枸橼酸杆菌NY2385携带的质粒pNY2385-KPC为一种新型不相容群组质粒,包含bla_(KPC-2),具有接合转移(Ⅳ型分泌系统)基因,可发生接合转移。NCBI中共检索到同型质粒15个,来源于弗氏枸橼酸杆菌、黏质沙雷菌、大肠埃希菌、阴沟肠杆菌、肺炎克雷伯菌和植生拉乌尔菌等细菌,为泛宿主质粒。通过对来自弗氏枸橼酸杆菌中6个该新型质粒进行序列比较分析,发现该新型质粒结构具有一定的保守性,具有携带bla_(KPC-2)的Tn6296变体结构,而且质粒pCF1807-3同时具有repApNY2385-KPC和repAIncX8。结论弗氏枸橼酸杆菌中的pNY2385-KPC型质粒均携带bla_(KPC-2)耐药基因,分为repApNY2385-KPC单复制子和repApNY2385-KPC/repAIncX8双复制子两种亚型,属于泛宿主质粒,作为可移动遗传元件促进了bla_(KPC-2)的传播。