基于SNP和ROH的泰山黑猪群体遗传结构分析

旨在从分子水平解析泰山黑猪群体的遗传多样性与家系结构,为泰山黑猪选育和保护提供科学理论依据。本研究利用“中芯一号”SNP芯片对130头核心群泰山黑猪进行群体遗传结构分析。结果发现,泰山黑猪育种群体平均期望杂合度(He)为0.367,平均观察杂合度(HO)为0.397,有效群体含量(Ne)为5.0,泰山黑猪育种群体平均多态性信息含量(PIC)为0.285,IBS平均遗传距离为0.277,G矩阵结果与IBS矩阵一致,表明泰山黑猪群体之间亲缘关系中等。130头泰山黑猪共检测到2777条ROHs,单个ROH平均长度为6.21Mb,所有ROH范围在1.54M~187.61Mb,基于ROH的近交系数(F_(ROH))平均为0.054。将130头泰山黑猪划分为1~4个家系,母猪额外划分1个其他家系。上述结果表明,泰山黑猪群体内家系数量适中,个体亲缘关系呈中等程度,近交系数较低,群体的遗传多样性较高。个别家系公猪数量偏少,后期应注意后代的选育,避免造成血统流失;选择与母猪亲缘关系较远的个体交配的后代进行留种,逐渐降低群体近交系数。