基于线粒体Cyt b基因的龙头鱼群体遗传结构分析

在我国黄海、东海和南海海岸带上,选取青岛、南通、舟山、三门、宁德、泉州和湛江共7个群体164尾龙头鱼(Harpadon nehereus)为研究对象,通过PCR扩增共获得长度为1112 bp的线粒体DNA细胞色素b(Cyt b)基因序列,共检测到32个变异位点,其中单变异位点27个,简约信息位点1个。164条序列定义了29个单倍型,平均单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)分别为0.3026±0.0479和0.000371±0.000379,其中泉州群体的单倍型多样性和核苷酸多样性均最低。分析比较了不同龙头鱼群体间遗传变异情况,发现群体间平均遗传距离为0.00035,遗传分化指数FST值均小于0.05,群体间没有发生明显的遗传分化。AMOVA分析结果显示龙头鱼群体遗传差异主要来源于群体内个体间的变异。中性检验的Tajima’s D和Fu’s Fs统计值均为负值且显著偏离中性,核苷酸不配对分布图呈现明显的单峰分布,表明龙头鱼历史上经历了群体扩张事件,参考已知海洋鱼类Cyt b基因2%每百万年的进化速率,估算群体扩张发生的时间大约在0.08—0.32百万年前的第四纪更新世中晚期。

基于线粒体ND2基因序列的少鳞鱚遗传多样性研究

以莱州、胶南、舟山、厦门、汕头和北海6个群体119尾少鳞鱚(Sillago japonica)为研究对象,采用PCR扩增测序获得长度为450 bp的线粒体DNA NADH脱氢酶亚基2(ND2)基因片段,共检测到77个变异位点,其中简约信息位点30个,单变异位点28个,无碱基缺失。119条序列定义了61个单倍型,平均单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)分别为0.945 3±0.015 5和0.009 718±0.005 445。6个群体间的平均遗传距离为0.008 3,遗传分化指数FST均小于0.05,各群体间无显著遗传分化。AMOVA分析得出少鳞鱚的遗传变异主要来自于种群内个体间(99.96%)。中性检验的Tajima's D和Fu's Fs统计值均为负值且显著偏离中性,核苷酸不配对分布图呈现明显的单峰分布,表明少鳞鱚历史上经历了群体扩张事件,估算扩张时间大约在(0.12~0.29)百万年前的第四纪更新世晚期。

基于线粒体COⅠ基因序列的2种仿对虾遗传差异

哈氏仿对虾和细巧仿对虾是东海经济虾类资源中主要的仿对虾属种类,为调查研究浙江省舟山市近海这2种虾类种质资源现状及亲缘关系,通过PCR扩增获得2种仿对虾线粒体DNA细胞色素氧化酶亚基Ⅰ,基因长度为632 bp的序列片段,共检测到101个变异位点,其中简约信息位点99个,哈氏仿对虾有4种单倍型,细巧仿对虾有3种单倍型。统计碱基组成发现,二者在目的片段上的A+T含量分别为62.0%、62.9%,均显著高于C+G含量。细巧仿对虾的单倍型多样性与核苷酸多样性均高于哈氏仿对虾,采用邻接法构建分子系统树,并基于木村双参数遗传距离计算2种仿对虾的分化时间约在5.93百万年前。初步摸清了哈氏仿对虾和细巧仿对虾遗传多样性现状并比较了两者间的遗传差异,研究结果以期为仿对虾属经济物种的遗传信息和系统发育提供分子生物学参考依据。

基于线粒体Cytb基因的龙头鱼及其近缘物种分子系统发育研究

测定了长度为1092bp的龙头鱼(Harpadonnehereus)线粒体细胞色素b(Cyt b)基因序列片段,并分析探讨了龙头鱼及其近缘种分子系统发育关系。研究结果表明,4种碱基平均含量分别为29.9%(胸腺嘧啶T)、31.2%(胞嘧啶C)、22.9%(腺嘌呤A)、16%(鸟嘌呤G)。碱基替换多发生在密码子第三位点,且分布呈明显偏倚现象,约占总变异的70.1%。碱基转换数略高于颠换数,二者比值为2.03,碱基替代饱和度检验显示碱基突变率尚未达到饱和。以哲罗鱼和河鳟为外群构建邻接系统发育树分成两支,灯笼鱼科鱼类聚为一支,龙头鱼属和蛇鲻属亲缘关系较近。基于非同义突变率(Ka)和同义突变率(Ks)的选择压力分析结果表明,灯笼鱼目鱼类经历了正选择,这与其在长期进化过程中适应深海栖息环境有关,而龙头鱼属和蛇鲻属不同位点似然比率检验未检测到正选择位点,推测与这两种类群的鱼类分布的水深较浅有关。