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大鼠软骨生成过程表达的小分子RNA生物信息学分析
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作者 邵世滨 闵自信 +4 位作者 郭源旭 王权成 孙梦瑶 韩燕 孙健 《西安交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期462-466,共5页
目的:分析大鼠软骨形成过程中小分子 RNA(sRNA)表达谱变化及其基因功能,探讨软骨细胞增殖与分化的机制。方法取新生、断乳、性成熟3个时间节点的雌性 SD 大鼠股骨头软骨构建 sRNA 文库,Solexa 测序平台鉴定软骨组织全部 sRNA 序列表... 目的:分析大鼠软骨形成过程中小分子 RNA(sRNA)表达谱变化及其基因功能,探讨软骨细胞增殖与分化的机制。方法取新生、断乳、性成熟3个时间节点的雌性 SD 大鼠股骨头软骨构建 sRNA 文库,Solexa 测序平台鉴定软骨组织全部 sRNA 序列表达,所得的全部清洁序列与 SD 大鼠基因组信息比对,并做生物信息学分析。结果3个文库筛选出与基因组序列完全匹配序列,分别对应着217921条(41.23%)、196650条(38.74%)、245436条(41.54%)unique sRNA 序列。长度为20~24 nt 的 sRNA 占比:d 0为71.94%、d 21为72.85%、d 42为86.39%;其中,长度为22 nt的 sRNA 约占清洁序列的一半。文库序列分布特征,符合高质量 sRNA 文库的特征。超过总数62%的清洁序列来自于成熟 miRNA 序列,但在3个文库中的占比却仅仅只有0.69%、0.78%和0.63%。约60%的unique sRNA 序列无法与 miRBase 20.0和 Rfam9.1匹配。结论3个 sRNA 文库的 miRNA 这种分布模式,可能暗示着有功能不同或者来源各异的 miRNA,参与了对骨骼发育和骨形成关键阶段软骨细胞增殖与分化的调控。 展开更多
关键词 SRNA 生物信息学 软骨生成 大鼠 Solexa测序
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硒对人肾小球系膜细胞硒蛋白表达的影响 被引量:4
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作者 黄芙萌 郭源旭 +7 位作者 付荣国 王莉 陈钊 卢家美 高洁 赵莉 吕社民 田李芳 《临床和实验医学杂志》 2018年第21期2245-2249,共5页
目的体外模拟低硒(Se)条件,检测Se对人肾小球系膜细胞硒蛋白的表达影响。方法低硒条件(0.5%胎牛血清)处理人肾小球系膜细胞系(HMCs)5 d,紧接着以不同浓度(0、10 nM、25 nM、50 nM、100 nM、250 nM)亚硒酸钠刺激细胞不同时间(0 h、1 h、... 目的体外模拟低硒(Se)条件,检测Se对人肾小球系膜细胞硒蛋白的表达影响。方法低硒条件(0.5%胎牛血清)处理人肾小球系膜细胞系(HMCs)5 d,紧接着以不同浓度(0、10 nM、25 nM、50 nM、100 nM、250 nM)亚硒酸钠刺激细胞不同时间(0 h、1 h、3 h、6 h、12 h、24 h),建立HMCs低硒及补硒细胞模型。低硒培养HMCs 0~9 d,使用细胞谷胱甘肽过氧化物酶检测试剂盒检测细胞谷胱甘肽过氧化物酶活性。RT-PCR法检测标准培养条件下HMCs25种硒蛋白表达谱。实时定量PCR法及western-blotting法检测补硒实验中硒蛋白表达变化。结果人体25种硒蛋白中的21种可被检测到,仅有4种硒蛋白(GpX2,GpX3,GpX6和DIO1)的表达未达到可被检测到的水平。低硒培养条件下,9种硒蛋白的表达显著下调,包括:GpX1、TrxR2、DIO2、DIO3、SelH、SelN、SelR、SelT、SelW。其中,GpX1、SelN、SelW的表达对浓度梯度和时间梯度的补硒敏感。结论 HMCs的硒蛋白GpX1、SelN、SelW的表达受浓度梯度和时间梯度补硒的影响。进一步的研究需要集中在Se对硒蛋白表达的调控和其在CKD进展中的作用上。 展开更多
关键词 人肾小球系膜细胞系 低硒 硒蛋白
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大鼠关节软骨发育不同阶段12种硒蛋白的表达
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作者 王一清 郭东贤 +6 位作者 赵益童 郭源旭 孙梦瑶 黄璜 袁莹 韩燕 孙健 《西安交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期680-684,共5页
目的获得大鼠骨软骨发育不同阶段关节软骨细胞硒蛋白表达谱。方法选择出生后7个不同发育时间点各10只近交系DA大鼠的关节软骨细胞,RT-PCR方法检测12种硒蛋白的表达差异,RT-qPCR定量。免疫组化验证表达结果。结果所选定的骨软骨发育不同... 目的获得大鼠骨软骨发育不同阶段关节软骨细胞硒蛋白表达谱。方法选择出生后7个不同发育时间点各10只近交系DA大鼠的关节软骨细胞,RT-PCR方法检测12种硒蛋白的表达差异,RT-qPCR定量。免疫组化验证表达结果。结果所选定的骨软骨发育不同阶段关节软骨细胞中Gpx1、Gpx2、Gpx3、Gpx4、Dio2、SelS呈现不同程度的差异表达,且RT-qPCR显示Gpx1和Dio2随着软骨生成而表达升高(P<0.05),Gpx2和Gpx4稳定表达。免疫组化结果证实GPX1在性成熟大鼠股骨骺板特异高表达。结论 6种硒蛋白可能在大鼠骨软骨发育的增殖与分化过程中发挥着重要的作用。 展开更多
关键词 骨软骨发育 硒蛋白 表达谱
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肿瘤干细胞鉴定方法
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作者 郭源旭 夏海滨 《生命的化学》 CAS CSCD 2012年第1期72-78,共7页
肿瘤干细胞假说是近年来提出的关于肿瘤发生的新理论,该理论认为肿瘤组织中仅有一小部分细胞可以产生肿瘤并且维持肿瘤生长。在体内外如何鉴定这种具有启动以及保持肿瘤生长的细胞类型,成为肿瘤基础及应用研究的关键问题。目前已经在白... 肿瘤干细胞假说是近年来提出的关于肿瘤发生的新理论,该理论认为肿瘤组织中仅有一小部分细胞可以产生肿瘤并且维持肿瘤生长。在体内外如何鉴定这种具有启动以及保持肿瘤生长的细胞类型,成为肿瘤基础及应用研究的关键问题。目前已经在白血病、乳腺癌、神经胶质瘤等肿瘤中成功鉴定并分离出肿瘤干细胞,这对于肿瘤的临床治疗具有重要意义。本文主要从肿瘤干细胞的鉴定及其在临床研究中的应用等方面进行综述。 展开更多
关键词 肿瘤干细胞 细胞表面标志分子 鉴定 肿瘤靶向治疗
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