里岔黑猪和巴里杂交猪母猪100kg体重日龄校正方法的比较

【目的】比较3种达100 kg体重日龄(D_(100kg))的校正系数CF的校正效果,为种猪场根据自身实际情况选择合适的D_(100kg)校正系数CF提供参考。【方法】以里岔黑猪群体及其与巴克夏杂交1代(巴里1代)和2代(巴里2代)共1344头猪只为研究对象,利用其生长肥育期体重和日龄的数据,以始测体重≥25 kg、终测体重在80-125 kg、过始测点和终测点直线的斜率在群体平均斜率±2个标准差之内等标准进行质控,然后按照下面描述的三种方法估计里岔黑猪、巴里1代、巴里2代以及它们混合群体达100 kg校正系数CF,并评估它们的校正效果。一是回归校正系数(CF_(reg)):利用测定期间个体i的体重和日龄数据,拟合体重对日龄的一元回归方程,把其斜率记b_(1i);然后利用它终测点和原点(日龄和体重均为0)作一条直线,把其斜率记为b_(2i);b_(1i)/b_(2i)的平均数就是CF_(reg)。二是两点校正系数(CF_(2point)):利用个体i初测点和终测点作一条直线,得到斜率b_(1i),斜率b_(2i)及CF_(2point)计算方法与CF_(reg)计算方法相同。三是单点校正系数(CF_(1point)):拟合所有个体的终测体重对终测日龄的一元回归方程,得到斜率b_(1);第二条直线斜率与CF_(reg)相同;b_(1)/b_(2i)的平均数就是CF_(1point)。分别将CF_(reg)、CF_(2point)和CF_(1point)代入校正公式,计算出相应的D_(100kg.CF.reg)、D_(100kg.2point)和D_(100kg.1point)。根据前面拟合的日龄对体重的一元回归,计算个体达100kg的回归日龄(D_(100kg.reg)),并计算它与其他D_(100kg)的相关系数和离差。根据相关系数和离差的大小,评估3种方法的优劣。为比较3种校正系数的群体适用性,用某个群体的CF去校正其他3个群体的D_(100kg),并根据其校正日龄与该群体D_(100kg.reg)相关系数的高低来评估其群体适用性的优劣。通过分析终测体重和校正误差之间的关系,探究终测体重对D_(100kg)的影响。考虑单点校正误差与终测体重之间存在很强的线性关系,利用终测体重对D_(100kg.1point)进行二次校正,以提高单点校正的准确性。【结果】质控后共1181头母猪用于后续分析。在同一群体中,CF_(reg)和CF_(2point)的值相近,它们极显著大于CF_(1point)。D_(100kg.CF.reg)和D_(100kg.2point)与D_(100kg.reg)很接近,相关系数均大于0.98,说明这两种方法的校正效果很好。D_(100kg.1point)与D_(100kg.reg)的差异较大,相关系数仅为0.89,校正效果较差。CF_(reg)和CF_(2point)的群体适应性很好,均可用于其他群体D_(100kg)的校正。CF_(1point)的群体适应性较差,不宜用于其他群体D_(100kg)的校正。4个群体中,终测体重离目标体重(100 kg)越远,D_(100kg.CF.reg)校正误差越大,D_(100kg.2point)校正误差没有明显的变化。D_(100kg.1point)的误差与终测体重均存在极显著的负相关,r分别为-0.9812、-0.9627、-0.9786和-0.9352。经过二次校正后,CF_(1point)校正效果有显著提升,但与CF_(reg)校正效果仍有较大差距,优先选择CF_(reg)。【结论】CF_(reg)和CF_(2point)的校正效果和群体适应性都很好,可用于生产实践。单点校正系数(CF_(1point))的校正效果不理想,不宜用于生产实践。在校正D_(100kg)时,可以根据猪只的数据量,采用合适的方法,以提高估计准确性,降低估计误差。

中国地方猪种利用现状与展望

中国拥有丰富的猪种质资源,约占全球现有猪种资源的1/3。随着杜长大等快大型猪种的引入,中国地方猪种的市场占有率急剧下降。为了应对外来猪种的冲击,地方猪种的利用也作了多方面的尝试,取得了丰硕的成果。地方猪种除与外来品种直接杂交利用外,还用于新品种和配套系培育,并培育出一批新品种和配套系,有的地方猪种甚至培育成医学研究的模型猪。中国地方猪种肉质好,这是快大型猪种无法比拟的。随着人们生活水平不断提高,优质猪肉的市场份额会越来越大,中国地方猪种也将迎来非常有利的发展契机。利用地方猪种肉质好的特点,通过新品种和配套系培育、杂交利用等方式开发适合市场需求的优质猪肉产品是我国地方猪种开发利用的主要出路。

猪F_2代资源家系的群体结构对QTL定位的影响

【目的】研究猪F2代资源家系的群体结构对数量性状座位(quantitative trait loci,QTL)定位的影响,为QTL定位群体的构建提供参考。【方法】通过模拟的方法,模拟了18种不同的群体结构,研究F0代(亲本)、F1代和F2代群体大小、F0代和F1代公母比例以及祖代QTL基因频率等6种因素对QTL定位的影响。【结果】随着F2代群体的增大,QTL检测的效率明显提高,加性效应的估计值逐渐偏低,95%置信区间显著减小。造成加性效应降低的主要原因是QTL在两亲本群体中没有纯合。随着F0代母畜比例的增加,QTL 95%置信区间也明显降低;随着祖代QTL基因频率差异的增加,QTL检测的效率和准确性都显著提高。【结论】F2代群体大小、F0代母猪比例和祖代QTL基因频率对QTL定位有显著影响,而F1代的群体大小、F0代的群体大小和F1代公母比例对QTL定位的影响不显著。

H-FABP基因型对二花脸猪相关性状影响的初步分析

利用21窝不同日龄的二花脸猪共97头,根据日龄分布,分成1组(日龄阶段)—49天,2组—58～60天,3组—61～70天,4组—71～80天,5组—81～90天,6组—228天六个日龄组;采用索氏脂肪抽提法和石蜡组织切片图像分析法对其背最长肌及半腱肌的肌肉组织学特性进行了测定。根据心脏脂肪酸结合蛋白(HeartFatty Acid Binding Protein,H FABP)基因的PCR RFLP多态性,对其与二花脸猪相关性状初生重、20日龄体重、断奶重及肌肉组织学特性的关系进行了分析。所有二花脸猪均表现为AADD型。邓肯氏(Dancans)差异显著性检验结果表明:(1)二花脸猪H FABP基因HH与Hh、hh基因型间20日龄体重差异显著(P<0 05),但对初生重及断奶重无显著影响;三性状值均表现为HH>Hh>hh。(2)在不同的基因型间,没有一个日龄组内的肌肉组织学性状值表现为差异显著,从侯选基因角度分析H FABP基因对肌肉粗脂肪含量的影响,发现趋向于HH>Hh>hh。

猪a1-岩藻糖转移酶基因(FUT1)在26个中外猪种中的遗传变异研究(英文)

肠毒素大肠杆菌F18(ECF18)是引起仔猪断奶后水肿和腹泻病的主要病原菌 ,a1 岩藻糖转移酶基因(FUT1)是ECF18侵染猪小肠的受体蛋白候选基因。通过采用PCR RFLP方法检测了 5个西方商业猪种以及 2 1个中国地方猪种 (群 ) 14 5 8个个体在FUT1基因开放阅读框架的 30 7核苷酸位点的G A点突变 (M30 7G A)遗传变异。结果表明 :5个外来猪种以及中国地方猪种中的临高猪在该FUT1基因位点存在多态性 ,其他中国地方猪种均表现为极端的单态分布 ,只有易感的GG基因型 ,没有多态性。由此提示 :1)如果猪FUT1M30 7G A 点突变是决定猪小肠上ECF18受体表达与否的关键因素 ,则绝大部分中国地方猪种均不具备抵抗ECF18的遗传基础 ,这除了表明ECF18抗性基因有可能起源于西方猪种外 ,同时也表明对中国地方猪种中在这个位点惟一存在多态性的海南临高猪的品种资源保存具有非常重要的意义。 2 )一般而言 ,在中国的养猪生产实践中 ,中国地方猪种的仔猪抗水肿与腹泻病能力普遍强于外来猪种 ,研究的结果提示有必要对中国地方猪种所具备的上述遗传抗性做更深入的研究 ,寻找、定位其相应的QTL或 和抗性基因。

猪MyoG基因的PCR-RFLP多态性分析

以杜洛克、长白、大约克、南昌白、二花脸、梅山猪、玉山黑猪、乐平花猪、金华两头乌及上高两头乌等中外10个猪种共计561头猪为研究材料,采用3对引物(PCR1、PCR2、PCR3)分别扩增猪肌细胞生成素(MyoG)基因的不同区域,扩增产物经限制性核酸内切酶MspⅠ酶切后发现:(1)在PCR1MspⅠ-RFLP位点上,外来品种杜洛克、长白、大约克及培育品种南昌白中极大多数个体表现为AA型,个别为BB型;而6个中国地方猪种除乐平花猪外均以BB型居多。(2)在PCR2MspⅠ-RFLP位点上,6个中国地方猪种除一头玉山黑猪表现为MN型外,其余均为MM型;而外来品种以NN型占大多数,培育品种南昌白更趋向于外来品种。(3)在PCR3MspⅠ-RFLP位点上,所有猪种均可得到扩增产物,但无MspⅠ酶切位点。(4)在梅山猪及与其亲缘关系较近的二花脸猪中,没有发现Soumillion等(1997)报道的梅山猪特异性MspⅠ多态性酶切位点。

MC4R基因主效位点在中外猪种中的遗传多样性及其与生长肥育性状的关联性分析

采用PCR-TaqI-RFLP技术,检测了9个中国地方猪种、3个外来猪种和1个培育猪种的612个个体及白色杜洛克×二花脸资源家系418头F2个体在MC4R基因D298N主效位点的遗传变异,统计分析了MC4R基因型与日增重、腹脂率及肩、胸、腰、臀部膘厚等生长肥育性状的关联性。结果表明:(1)G等位基因在中国地方猪种、长白和杜洛克中呈高频分布,而大白和南昌白猪具有高频率的A等位基因;(2)GG基因型个体的胸、腰、臀部膘厚较AA基因型和AG基因型个体厚,GG基因型个体的240日龄重、至240日龄平均日增重大于AA基因型个体,GG基因型个体的腹脂率高于AA基因型个体,差异显著。试验结果进一步验证了MC4R基因对猪生长肥育性状的影响效应。

鸡SCD和Sirt1基因的SNP搜寻及其遗传多样性分析

硬脂酰辅酶A去饱和酶(Stearoyl-CoA desaturase,SCD)和Sirt1基因是位于鸡6号染色体的两个与脂肪代谢相关的功能基因。本研究以泰和丝毛乌骨鸡、杏花鸡、隐性白洛克鸡为研究材料,利用DNA池比较测序技术对鸡SCD和Sirt1基因的整个编码区进行SNPs搜寻,共检测出鸡SCD基因SNPs 13个,其中5个编码区SNPs(cSNPs),2个为错义突变,10个为新发现的SNPs;检测出鸡Sirt1基因SNPs 35个,其中10个cSNPs,2个为错义突变,18个为新发现的SNPs,另外有3处插入/缺失多态。对SCDc.492G>A和Sirt1 c.1753G>A位点在隐性白洛克鸡、杏花鸡、泰和丝毛乌骨鸡、白耳黄鸡、康乐鸡、南城黑鸡等271个个体中进行了PCR-SSCP检测,发现它们具有丰富的多态性,为这个染色体区域进一步的关联性分析提供了新的标记。

巴克夏和里岔黑猪不同杂交组合生产性能的比较研究

旨在测定巴克夏和里岔黑猪这两个猪种的杂交性能,筛选出较为理想的杂交组合。本研究设计了巴克夏×陆川猪(巴陆,2 224头)、巴克夏×里岔黑猪(巴里,18 555头)、巴克夏×玉山黑猪(巴玉,660头)、巴克夏×圩猪(巴圩,366头)、里岔黑猪×陆川猪(里陆,2 689头)、里岔黑猪×玉山黑猪(里玉,706头)和杜洛克×里岔黑猪(杜里,1 026头)7种杂交组合,并通过生长肥育、体尺和繁殖3大类16个性状的生产性能测定来比较它们的优劣。生产性能测定结果表明,杜里综合性能最好,除产仔数和臀宽表现一般外,其余性状都表现较好;巴里其次,除产仔数、肥育期的料肉比和100kg背膘厚表现一般外,其余性状表现较好;剩余5种杂交组合的综合性能较差,目前没有商业化应用价值。由于杜里和巴里猪综合性能较好,为了进一步了解它们的产肉性能,分别对杜里和巴里猪进行屠宰测定。巴里猪的产肉性能总体比杜里猪要好,除大理石纹和肌内脂肪含量不如杜里猪外,其余性状均优于杜里猪,尤其是胸椎数,巴里比杜猪里多1.33根,差异达到极显著水平(P=0.003)。除了生产性能外,商品猪体型外貌也很重要,尤其是毛色。巴里猪的毛色均为黑色,杜里猪有部分发生毛色分离。综合比较,配合力测定结果提示,巴里和杜里综合性能优于其它5种组合,巴里的市场前景比杜里更好。

不同品种猪α1-岩藻糖转移酶基因遗传变异初析

本实验采用PCR RFLP方法对 5个瘦肉型猪种杜洛克、长白猪、大白猪、汉普夏猪和皮特兰猪共计 2 5 0头猪的α1 岩藻糖转移酶基因 (FUT1)进行多态性分析。结果表明 :本研究中的 5个猪种在该FUT1基因座位存在多态性 ,均分布着三种基因型 (AA ,AG和GG) ,抗性基因型AA分布频率为 0 .0 2 8,易感基因型AG与GG分布频率分别为0 .2 4 4和 0 .72 8。卡方检验结果表明 ,长白猪与大白猪基因型频率差异极显著 (P <0 .0 1) ,与皮特兰猪之间差异显著(P <0 .0 5 ) ,其它猪种之间差异均不显著。

在白色杜洛克×二花脸资源家系中定位影响猪肉滴水损失的QTL

【目的】通过全基因组扫描,鉴别影响猪肉滴水损失数量性状位点(QTL)。【方法】采用EZ-滴水损失测定法和袋测定法,测定了白色杜洛克×二花脸资源群体884头F2代个体的背最长肌和半膜肌在采样后24和48 h的滴水损失。利用SAS软件分析了6个滴水损失性状间的相关性,以及滴水损失与其它肉质性状的相关性。检测了3个世代个体在19条染色体上194个微卫星的基因型。据此,应用QTL Express在线进行了影响滴水损失QTL的定位分析。【结果】滴水损失在两种肌肉间或两种测定方法间有较高的相关性(r=0.50—0.58,P<0.01),而在两个连续测定时间点间相关性更高(r=0.72,P<0.01)。滴水损失与24 h的pH、肉的亮度(Minolta L),肉色评分、大理石纹、水分含量及肌内脂肪含量呈中等或较低的显著相关(r=0.09—0.35,P<0.05)。QTL分析共检测到9个影响滴水损失相关性状的QTL,6个背最长肌滴水损失QTL,分别位于SSC1、SSC10和SSC12,其中SSC10上的QTL达到5%基因组显著水平;影响半膜肌滴水损失的3个QTL分别位于SSC2、SSC6和SSC17上。【结论】在SSC6、SSC10、SSC12及SSC17上首次检测到滴水损失QTL。多个滴水损失QTL与早先定位的pH QTL或肌内脂肪含量QTL的置信区间重叠。检测到的QTL无一个既影响背最长肌滴水损失,又影响半膜肌滴水损失。大部分QTL有利等位基因(减少滴水损失)源自二花脸猪。

FUT1基因新cSNPs的鉴别及其对仔猪抗大肠杆菌F18侵染的影响

【目的】鉴别影响中国地方猪种仔猪抗水肿与腹泻病的关键基因位点。【方法】采用比较测序法对位置候选基因a1-岩藻糖转移酶基因(FUT1)进行cSNPs搜寻、鉴别,使用PCR-SSCP在10个中、西方猪种共计539个样本中开展SNPs遗传多态性检测;采用小肠上皮细胞体外显微黏附实验在白色杜洛克×二花脸资源家系的479个F2代个体中开展大肠杆菌F18ab黏附表型测定;使用SAS软件包分析SNPs基因型与黏附表型间的相关性。【结果】在FUT1基因中鉴别到两个新的cSNPs位点(M229C/T和M714T/C),其中M714T/C为同义突变,M229C/T引起亮氨酸转变为苯丙氨酸;遗传多态性分析表明FUT1 M229C/T等位基因频率在中国地方猪群与西方商业猪群间差异显著而在中国地方猪群间差异不显著;在白色杜洛克×二花脸资源群体中,进一步对FUT1 M229C/T位点分析其与黏附表型的相关性,结果显示FUT1 M229C/T基因型与黏附表型之间呈显著相关(P<0.05)。【结论】FUT1 M229C/T位点可能是决定中国地方猪水肿与腹泻病的变异位点,该位点在中国地方猪抗水肿与腹泻病选育中具有重要潜在的应用价值。

白色杜洛克×二花脸F_2资源群体中催乳素(PRL)和催乳素受体(PRLR)基因与母猪杀婴行为和产仔数关联性研究

【目的】研究PRL、PRLR基因在白色杜洛克×二花脸F2资源群体中的遗传变异及其与母猪杀婴行为和产仔数的关联性。【方法】PRL基因的g.1317T>A、g.8905C>T、g.9056C>T位点,PRLR基因的g.1217C>T、g.1283C>A、g.1439G>A、g.1528G>A和g.1600T>A位点采用SNaPshot法对资源群体所有F0、F1和288头F2母猪进行基因型判定,分别利用传递不平衡检测(TDT)和最小二乘法分析这些位点与母猪杀婴行为和产仔性状的关联性。【结果】TDT分析发现,PRL和PRLR基因所有检测SNP位点,无论基因型还是单倍型均与母猪杀婴行为无显著相关。与母猪产仔数相关性分析表明:PRLR基因5个SNP位点的基因型及单倍型与总产仔数、产活仔数、产死胎数、断奶仔猪数和断奶窝重均未达到显著相关;PRL基因的3个SNP位点与母猪的总产仔数和产活仔数达到显著相关(P<0.05),单倍型ACC个体的总产仔数(P=0.0005)和产活仔数(P=0.001)极显著低于其它单倍型个体;单倍型TTT个体的产活仔数显著高于其它单倍型个体(P=0.003)。【结论】白色杜洛克×二花脸F2资源群体中,PRL、PRLR基因与母猪杀婴行为无关联性,PRL基因与母猪总产仔、产活仔数显著相关。

猪前列腺素内过氧化物酶2(PTGS2)基因的遗传变异及其与繁殖性状相关性研究(英文)

前列腺素内过氧化物酶2是花生四烯酸合成前列腺素的限速酶,在包括排卵、受精、着床、分娩等一系列生殖过程中起着重要作用,因而编码该酶的基因是影响繁殖性状的重要候选基因。通过PCR-RFLP分析前列腺素内过氧化物酶2 基因在15个中外不同繁殖性能猪种中的遗传变异,结果表明,不同类型中国地方猪种和外来商业猪种在此基因位点上存在丰富的多态性,繁殖性能相对较好的江海型、华北型和华中型猪种中A等位基因表现为优势等位基因,卡方检验显示其基因频率分布与西方商业猪种及繁殖性能较低的高原型藏猪和华南型猪种差异均极为显著(P<0．001)。利用二花脸×杜洛克资源家系F2群体分析该基因与繁殖性状的相关性,在180头F2代母猪群体中,未能进一步证实该基因位点对总产仔数、产活仔数和死胎数3个繁殖性状存在显著影响(P=>0．05),但携带优势等位基因A的个体趋向于拥有较高的总产仔数、产活仔数和偏低的死胎数,鉴于该基因的重要作用,基于全基因序列的SNP扫捕和大样本群体的相关性分析仍很有必要。

泰和丝毛乌骨鸡耐热性AFLP标记鉴别研究

通过热应激试验,将45羽泰和丝毛乌骨鸡分为3个耐热性差异极显著的组(强、中、弱),用25对AFLP(Amplifiedfragmentlengthpolymorphism)引物组合对这3个组的池DNA进行了AFLP分析,结果发现,25对引物组合共检测到1800余条AFLP扩增带。8对引物扩增结果表现为单态,17对引物组合扩增结果有多态现象,其中E32/T32、E32/T38、E32/T49、E42/T32、E45/T32、E45/T486对引物组合检测到了耐热性强鸡群池DNA所特有的多态条带,而E32/T48、E39/T48、E42/T38和E45/T334对引物组合在耐热性差鸡群的池DNA中扩增到其特有的多态条带;这些与耐热性相关的AFLP多态标记在转换为STS后,对于日后定位、分离和鉴别鸡耐热性主效基因,或利用标记辅助选育策略,培育耐热性鸡新品系提供了有利的工作基础。

在白色杜洛克×二花脸F2资源家系中定位影响猪210日龄8个体尺性状的QTL

【目的】通过测量猪体长、体高、管围、胸围、胸宽、胸深、腹围和腿臀围等8个体尺性状,应用全基因组扫描定位影响猪体尺性状的数量性状位点(QTL)。【方法】在210日龄,活体测量白色杜洛克×二花脸资源群体129头F2个体的上述8个体尺性状,利用分布于猪18条常染色体和X染色体上的183个微卫星标记,对这129头F2个体及其父母和祖代亲本进行基因型检测。应用基于最小二乘线性回归分析的复合区间作图法在QTL Express进行在线QTL定位分析,并通过1000次的Permutation来确定不同显著水平的临界值。【结果】在8条染色体上共检测到19个影响猪体尺性状的QTL,其中位于4和7号染色体上的5个QTL达到基因组1%显著水平,位于2和7号染色体上的2个QTL达基因组5%显著水平,但是没有检测到影响胸深的QTL。【结论】影响猪体尺性状的QTL位点大多数分布于不同染色体区域,QTL所解释的表型方差介于5.23%—41.58%。白色杜洛克和二花脸中均存在增加表型值的有利等位基因。

FosB基因在白色杜洛克×二花脸资源家系中的遗传变异及其与分娩母猪母性行为的相关性

本研究根据FBJ骨肉瘤原癌基因同源物B(FosB)在动物母性行为发生过程中的重要作用,选择其作为影响母猪母性行为的候选基因,以白色杜洛克×二花脸F2资源群体为材料,分析了FosB基因在此群体中的遗传变异及其与分娩母猪母性行为的相关性。采用PCR产物直接测序法搜寻了FosB基因4888、06 bp 2个片段的单核苷酸多态位点(SNPs),鉴别到FosB-EU163403-g.187A>T,FosB-EU163403-g.188A>C和FosB-EU163403-g.297C>G 3个SNPs。采用PCR-MbiI-RFLP法分析了G297C位点在资源群体中的多态及与母猪母性行为的相关性。传递不平衡检测(TDT)表明该多态位点与母猪杀婴行为、衔草做窝、哺乳、踩仔猪、压仔猪等母性行为均无显著相关性(P>0.364)。FBAT分析结果也证实了这一点(P>0.236)。考虑到母性行为属于复杂性状,可能由微效多基因控制,因此有必要在更大规模群体进行分析或搜寻其他候选基因的突变位点。