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两种方法对肾小球RNA测序数据均一化效果的研究
1
作者
郭满地
吕杨
+2 位作者
王旭
洪权
吴镝
《临床肾脏病杂志》
2021年第6期468-471,共4页
目的利用不同方法对人肾小球RNA测序数据均一化效果进行了研究,寻找一种能更好地均一化处理数据的方法。方法选取肾癌手术患者的癌旁组织,利用筛网技术提取肾小球。采用Trizol方法提取肾小球RNA,利用Ion Xpress平台进行测序。利用DESEQ...
目的利用不同方法对人肾小球RNA测序数据均一化效果进行了研究,寻找一种能更好地均一化处理数据的方法。方法选取肾癌手术患者的癌旁组织,利用筛网技术提取肾小球。采用Trizol方法提取肾小球RNA,利用Ion Xpress平台进行测序。利用DESEQ2软件中的rlog和median/ratio方法对测序数据结果进行均一化。采用R package软件中的PCA进行数据分析,Pheatmap和GGPLOT2程序进行绘图。结果Ion Xpress推荐的常规rlog方法不能很好的将数据均一化,Deseq2软件的median/ratio具有较好的数据均一化作用。通过选取8个看家基因进行了聚类分析,发现看家基因在kmeans的三个分类中未显示明显的差别,证明了数据均一化结果的可靠性。结论Deseq2软件的median/ratio方法能够用于肾小球的RNA测序结果的数据处理,具有较好的数据均一化作用。
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关键词
RNA测序
肾小球
数据均一化
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职称材料
利妥昔单抗或他克莫司联合糖皮质激素治疗特发性膜性肾病的疗效比较
被引量:
40
2
作者
刘纯玲
王述蔷
+3 位作者
耿晓东
郭满地
洪权
吴镝
《临床肾脏病杂志》
2019年第6期421-425,共5页
目的比较利妥昔单抗或他克莫司联合糖皮质激素治疗特发性膜性肾病的疗效及安全性。方法选取中间人民解放军总医院肾内科2014年3月至2018年3月分别使用利妥昔单抗联合小剂量激素(利妥昔单抗组)和他克莫司联合小剂量激素(他克莫司组)治疗...
目的比较利妥昔单抗或他克莫司联合糖皮质激素治疗特发性膜性肾病的疗效及安全性。方法选取中间人民解放军总医院肾内科2014年3月至2018年3月分别使用利妥昔单抗联合小剂量激素(利妥昔单抗组)和他克莫司联合小剂量激素(他克莫司组)治疗的特发性膜性肾病患者。观察2组患者在治疗前、治疗1个月、3个月、6个月、12个月的24h尿蛋白定量、血清白蛋白、肌酐水平的变化,评估治疗总体有效率,观察不良反应发生情况。结果共纳入研究对象149例,其中利妥昔单抗组62例,他克莫司组87例,2组患者治疗前在年龄、性别、24h尿蛋白定量、血清白蛋白、血肌酐等方面均无显著性差异(P>0.05)。治疗12个月后,利妥昔单抗组的总有效率(70.97%)与他克莫司组(64.37%)相比,差异无统计学意义(P>0.05),但利妥昔单抗组复发率远低于他克莫司组(P<0.01)。2组患者治疗后24h尿蛋白水平较治疗前均有效降低(P<0.01),血清白蛋白水平较治疗前均有所提升(P<0.01),且2组对24h尿蛋白和血清白蛋白水平的改善效果相近,差异无统计学意义(P>0.05);而在血肌酐变化方面,利妥昔单抗组患者治疗后较治疗前无显著差异(P>0.05),总体肾功能稳定,他克莫司组患者治疗后血肌酐较治疗前有所上升(P<0.01),提示出现肾功能损害。在不良反应方面,利妥昔单抗组主要表现为感染、输注反应,他克莫司组则表现为感染、肝肾功能损害、血糖升高、胃肠道反应、脱发等,利妥昔单抗组的不良反应类型和出现不良反应的人数更少。结论利妥昔单抗与他克莫司均能有效缓解特发性膜性肾病,降低蛋白尿,但与他克莫司比较,利妥昔单抗具有不良反应低、复发率低、更经济便利的优点,有望成为一线治疗药物。
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关键词
膜性肾病
利妥昔单抗
他克莫司
糖皮质激素
不良反应
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职称材料
题名
两种方法对肾小球RNA测序数据均一化效果的研究
1
作者
郭满地
吕杨
王旭
洪权
吴镝
机构
中国人民解放军医学院中国人民解放军总医院肾脏病医学部国家慢性肾病临床医学研究中心暨肾脏疾病国家重点实验室
出处
《临床肾脏病杂志》
2021年第6期468-471,共4页
文摘
目的利用不同方法对人肾小球RNA测序数据均一化效果进行了研究,寻找一种能更好地均一化处理数据的方法。方法选取肾癌手术患者的癌旁组织,利用筛网技术提取肾小球。采用Trizol方法提取肾小球RNA,利用Ion Xpress平台进行测序。利用DESEQ2软件中的rlog和median/ratio方法对测序数据结果进行均一化。采用R package软件中的PCA进行数据分析,Pheatmap和GGPLOT2程序进行绘图。结果Ion Xpress推荐的常规rlog方法不能很好的将数据均一化,Deseq2软件的median/ratio具有较好的数据均一化作用。通过选取8个看家基因进行了聚类分析,发现看家基因在kmeans的三个分类中未显示明显的差别,证明了数据均一化结果的可靠性。结论Deseq2软件的median/ratio方法能够用于肾小球的RNA测序结果的数据处理,具有较好的数据均一化作用。
关键词
RNA测序
肾小球
数据均一化
Keywords
RNA-seq
Glomerulus
Data homogenization
分类号
R737.11 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
利妥昔单抗或他克莫司联合糖皮质激素治疗特发性膜性肾病的疗效比较
被引量:
40
2
作者
刘纯玲
王述蔷
耿晓东
郭满地
洪权
吴镝
机构
中国人民解放军总医院肾内科
出处
《临床肾脏病杂志》
2019年第6期421-425,共5页
文摘
目的比较利妥昔单抗或他克莫司联合糖皮质激素治疗特发性膜性肾病的疗效及安全性。方法选取中间人民解放军总医院肾内科2014年3月至2018年3月分别使用利妥昔单抗联合小剂量激素(利妥昔单抗组)和他克莫司联合小剂量激素(他克莫司组)治疗的特发性膜性肾病患者。观察2组患者在治疗前、治疗1个月、3个月、6个月、12个月的24h尿蛋白定量、血清白蛋白、肌酐水平的变化,评估治疗总体有效率,观察不良反应发生情况。结果共纳入研究对象149例,其中利妥昔单抗组62例,他克莫司组87例,2组患者治疗前在年龄、性别、24h尿蛋白定量、血清白蛋白、血肌酐等方面均无显著性差异(P>0.05)。治疗12个月后,利妥昔单抗组的总有效率(70.97%)与他克莫司组(64.37%)相比,差异无统计学意义(P>0.05),但利妥昔单抗组复发率远低于他克莫司组(P<0.01)。2组患者治疗后24h尿蛋白水平较治疗前均有效降低(P<0.01),血清白蛋白水平较治疗前均有所提升(P<0.01),且2组对24h尿蛋白和血清白蛋白水平的改善效果相近,差异无统计学意义(P>0.05);而在血肌酐变化方面,利妥昔单抗组患者治疗后较治疗前无显著差异(P>0.05),总体肾功能稳定,他克莫司组患者治疗后血肌酐较治疗前有所上升(P<0.01),提示出现肾功能损害。在不良反应方面,利妥昔单抗组主要表现为感染、输注反应,他克莫司组则表现为感染、肝肾功能损害、血糖升高、胃肠道反应、脱发等,利妥昔单抗组的不良反应类型和出现不良反应的人数更少。结论利妥昔单抗与他克莫司均能有效缓解特发性膜性肾病,降低蛋白尿,但与他克莫司比较,利妥昔单抗具有不良反应低、复发率低、更经济便利的优点,有望成为一线治疗药物。
关键词
膜性肾病
利妥昔单抗
他克莫司
糖皮质激素
不良反应
Keywords
Membranous nephropathy
Nituximab
Tacrolimus
Glucocorticoid
Adverse reaction
分类号
R692 [医药卫生—泌尿科学]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
两种方法对肾小球RNA测序数据均一化效果的研究
郭满地
吕杨
王旭
洪权
吴镝
《临床肾脏病杂志》
2021
0
下载PDF
职称材料
2
利妥昔单抗或他克莫司联合糖皮质激素治疗特发性膜性肾病的疗效比较
刘纯玲
王述蔷
耿晓东
郭满地
洪权
吴镝
《临床肾脏病杂志》
2019
40
下载PDF
职称材料
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