酶分子设计常用策略和进展

酶分子的生物学功能很大程度上是由其三维空间结构和所处溶剂环境共同决定的。因此,优化酶分子的结构性质以及探索其性质最优的溶剂环境是改善酶分子功能以及进行理性设计的一个可行途径。从实际应用的角度来看,分子设计方法可以为酶工程提供一种有效的解决方案。目前,酶分子设计有两个重要的研究方向,包括提高酶分子的催化活力和优化其稳定性。同时,对酶分子设计方法的研究也有助于对蛋白质生物学机理的探索。在近些年的学术界酶分子设计案例中,生物信息学方法得到广泛的应用。本文系统地总结基于生物信息学的酶分子设计方法的背景、策略和一些经典案例。

基于代理的视频点播系统设计

视频点播(Video-on-DemandVoD,)是现代网络上的一个重要多媒体应用。在传统的集中式视频点播系统中,如果用户数目过多,将会出现服务器I/O及网络带宽的瓶颈。而采用基于代理服务器的分布式体系结构,可以把系统的负载分布到放置在网络不同位置VoD的各个代理服务器上,能很好地解决系统瓶颈问题。阐述了基于代理的系统的特点、设计原则、以及设计的关键问题,并提出了一种基VoD于代理服务器的VoD系统模型。

视频点播系统中信道调度问题综述

综述了视频点播系统中的信道调度问题·对主要的信道调度方案进行了归纳和分类 ,着重对为解决传统视频点播系统资源瓶颈问题而提出的数据中心方案进行了综述·这些方案通过信道共享 ,可以有效地提高视频点播的性能·根据各种类型方案不同特点 。

一种分布式视频点播系统模型

视频点播 (Video- on- Demand)是现代网络上的一个重要多媒体应用 .在传统的集中式视频点播系统中 ,如果用户数目过多 ,将可能出现服务器 I/ O及网络带宽的瓶颈 .而采用分布式体系结构的 VOD系统可以将负载分布到放置在网络不同位置的各个服务器上 ,能很好地解决系统瓶颈问题 .本文提出了一种分布式视频点播系统模型 ,包括系统结构、软件结构、功能定义及实现上的考虑 .

一种新的视频代理方案──分块代理

提出了一种适合于视频数据的代理策略分块代理 ,这种策略将视频节目按一定分块函数进行分块 ,并根据节目流行程度和块大小在代理服务器上进行分块代理·仿真结果表明 ,与传统的代理策略相比 ,它可以很好的提高数据的字节点击率 ,降低等待用户的比例·

一种基于IP网络的视频流系统模型

介绍了一个基于网络的视频流系统,重点介绍了系统的结构模型、系统的协议模型、关键技术,以及实现要点。

视频点播系统中的节目调度

节目调度问题是视频服务器设计和实现中的一个重要问题 ,优化的节目调度和节目管理可以极大的提高视频服务器的性能 .本文对视频服务器的节目调度方案进行了简要归纳 ,然后提出一种节目调度方案的优化使用方法 .理论分析表明 ,这种方法可以有效的节省服务器的资源 ,提高服务器的服务水平 .

一种新的视频点播方案——扩展幂级方案

提出一种适合于热门节目的分块广播 (partition broadcasting)方案——扩展幂级方案 ,分析了该方案的资源需求包括服务器信道、用户端缓存、用户端 I/ O带宽等 ,并根据方案的周期性分析了用户点播时间与缓存空间及用户端 I/ O带宽的关系 .结论表明它比现有的许多其它同类方案有着更好的兼容性 ,能很好地权衡用户端的 I/ O带宽及缓存空间 。

视频点播系统研究方向综述

综述了视频点播 (video- on- demand)系统的主要研究问题 ,包括节目存储系统设计、信道调度、交互式控制、系统体系结构和系统实现等。

扩展幂级广播方案中的暂停控制

提出了一种为轮播方案及扩展幂级广播方案 (ExtendedExponentialBroadcasting ,EEB)提供暂停控制的技术预缓存技术 ,该技术通过利用轮播方案和EEB方案的周期性 ,在客户端增加少量的缓存用于在执行暂停操作时预取部分数据 ,可以实现实时的暂停和继续操作·与传统的通过开辟额外信道的方法相比 ,具有资源占用量小 。

蛋白质折叠识别方法综述(英文)

蛋白质折叠识别算法是蛋白质三维结构预测的重要方法之一,该方法在生物科学的许多方面得到卓有成效的应用。在过去的十年中,我们见证了一系列基于不同计算方式的蛋白质折叠识别方法。在这些计算方法中,机器学习和序列谱-序列谱比对是两种在蛋白质折叠中应用较为广泛和有效的方法。除了计算方法的进展外,不断增大的蛋白质结构数据库也是蛋白质折叠识别的预测精度不断提高的一个重要因素。在这篇文章中,我们将简要地回顾蛋白质折叠中的先进算法。另外,我们也将讨论一些可能可以应用于改进蛋白质折叠算法的策略。

基于组件技术的DSS模型设计与实现

决策支持系统（ＤＳＳ）是模型驱动的，ＤＳＳ中模型的设计与实现是一个有待进一步研究的问题。该文把组件技术引入到ＤＳＳ模型的设计与实现中，提出基于组件技术的ＤＳＳ模型设计与实现策略，给出基于组作思想的ＤＳＳ模型定义和运算，并描述基于组件技术的ＤＳＳ基模型和复合模型的实现方法。

VODStar视频点播系统的设计、实现及性能测试

以技术报告的形式阐述了一种采用新的信道调度方案的视频点播系统——VODStar系统——的设计、实现及性能测试.该系统综合应用了 CM(controlled multicast)与EEB(extended exponential broadcasting)两种新的信道调度方案,采用以信道调度为中心的控制器和以处理媒体数据为中心的“数据泵”相结合的系统结构,基于IP网络实现了RTSP,RTP和SDP等协议.性能测试结果表明,VODStar系统可以有效地缓解传统VOD系统中的服务器I/O或网络带宽的瓶颈问题,是一种性能较高的VOD系统.

视频点播系统的接收质量保证实现方案

在分析了视频结构的基础上,提出了保证显示质量的客户端同步及缓冲队列管理模型方案来更好地解决和保证客户端影音流MPEG的显示质量,这种方案证明是非常有效的并且已经得到了很好的实现。

WWW上的缓存技术

WWW上的缓存技术被认为是改进Web性能的有效技术之一。总观了缓存系统所要解决的问题，针对需要解决的问题，总结了目前为止所提出的各种缓存策略，最后概括了理想的WWW缓存系统应该具备的性能指标。

重组琼胶酶rAgaN3基因的生物信息学分析

利用生物信息学软件和数据库对从Microbulbifer sp.BN中得到的琼胶酶rAgaN3全长基因进行预测分析,结果表明:重组琼胶酶rAgaN3理论分子量为31.243 kDa,理论等电为4.81,不稳定系数为26.23,脂肪系数为62.35,平均疏水性系数为-0.662,无跨膜结构域,无信号肽;二级结构表明该蛋白无螺旋结构,有15个折叠结构,其余均为卷曲结构;序列相似性分析表明,蛋白rAgaN3属于糖苷水解酶GH16家族,为β-琼胶酶;以同源蛋白3wz1A(同源性88%)为模板,通过同源建模构建出了蛋白三级结构,并用拉式图进行了结构检验。琼胶酶rAgaN3基因的生物信息学分析,为琼胶酶的异源表达提供了指导,为琼胶酶的定点突变、深入研究其结构和功能的关系打下良好基础。

蛋白质酶功能分析和预测方法的进展和前瞻

蛋白质酶是生物体内最重要的生物分子之一。对酶的功能进行系统研究具有重要的科学研究价值和工业应用意义,近年来,以计算机技术为基础的酶功能预测的方法不断发展与完善。基于此背景,本文总结了基于计算方法的酶功能分析与预测的主要方法,包括酶结合位点、分子对接、动力学模拟以及分子设计等内容。同时,本文也对相应的发展趋势进行讨论和展望。

大规模分布式VoD中可扩展的影片缓存配置策略

提出了在VoD系统中减少综合性资源开销的一种灵活的分布式层次化影片缓存（Cache）配置策略。在采用单播传输情况下分析了标志着系统集成、服务器的流支持、存储及网络连接等的综合性资源开销。性能分析结果表明：用该策略构成的系统比传统的方案具有更小的开销，并且可以用较低的代价获得更多影片的服务。

文本分析技术在蛋白质生物信息学中应用的案例综述

海量数据时代考察文本分析技术在生物信息学领域的应用具有重要的理论和现实价值。本文讨论了文本分析在蛋白质计算分析中的几个应用实例以及核心技术内容。文本分析技术应用于生物信息学领域可发挥引领和导向作用,在生物信息学中的应用又进一步促进了文本分析技术的发展。文本分析技术虽然广泛在生物信息学中应用,但是其发展仍然有需要尚待解决的几个问题,本文对此也进行了讨论。

基因芯片与高通量测序技术的原理与应用的比较

随着后基因组时代的到来,基因芯片和高通量测序已成为生物化学和分子生物学研究中的两大重要技术。从检测效率、准确性以及自动化程度证实,这两大技术都较传统的遗传学方法有了新的突破。基因芯片技术是一种具有高通量、高效率以及高自动化特点的方法,发展至今无论在核心技术还是工业应用方面都得到广泛的推广。高通量DNA测序技术建立较晚,但是其发展速度快,特别是在技术方面的更新换代极快,不断地改进使得测序的高通量、高准确率在生命科学中的应用也是占据不可逾越的优势。二者在原理上存在着显著的差异,却在应用方面上常常交融。基于此背景,本文以基因芯片技术与高通量测序技术二者在原理和基因拷贝数变异、肠道微生物、农业等应用方面作简要论述和对比。