急性髓系白血病新型预后分子标志物NKX2-3的发现

【目的】通过分析生物信息数据库中影响急性髓系白血病(AML)患者的预后的分子标志物的表达,为进一步探索AML预后的新型分子标志物提供实验基础。【方法】从癌症基因组图谱(TCGA)生物信息数据库中的179例AML患者的预后数据进行差异性基因分析及生存分析;利用基因表达集锦(GEO)数据库中的GSE13159数据集的74例健康人(HI)骨髓标本与542例AML初发患者骨髓标本进行分析,检测差异性目的基因表达水平在AML初发患者与健康人中的差异性;收集初发18例AML患者的外周血及骨髓样本,同时收集年龄和性别匹配的20例健康志愿者的样本作为对照,采用实时荧光定量PCR验证差异基因在AML患者体内的表达水平。【结果】生物信息数据分析显示,根据R语言计算出的NK2转录因子相关基因位点3(NKX2-3)的最佳截断值0.051进行生存分析,发现与低表达NKX2-3的AML初发患者相比,高表达NKX2-3的AML初发患者总体生存率较差(P=0.0036);与HI相比,NKX2-3在AML初发组患者中显著高表达(P<0.001);实时荧光定量PCR的验证结果也证实NKX2-3-1和NKX2-3-2在AML初发组患者中高表达,且与健康人组相比有显著相关性(P=0.000,P=0.000)。【结论】NKX2-3在AML初发组患者中高表达,且高表达NKX2-3的AML患者总体生存较差;NKX2-3可能与AML临床转归与预后密切相关。

TRGV及预后相关趋化因子/受体基因在T细胞淋巴瘤中的表达变化

目的分析非γδ T细胞型的T细胞淋巴瘤患者外周血中T细胞受体γ(TCR γ)亚家族可变区Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ(TRGVⅠ、Ⅱ、Ⅲ)基因和预后相关趋化因子及其受体基因(CCL20、CCR6、CCL17、CCL22以及CCR4)的表达情况,探讨γδ T细胞与趋化因子/受体表达的相关性及其与疾病转归的相关性。方法收集27例非γδ T细胞型的T细胞淋巴瘤患者外周血样本,同时收集9例健康志愿者外周血样本作为对照。采用荧光实时定量PCR检测T细胞淋巴瘤患者以及正常人外周血中TRGVⅠ~Ⅲ亚家族基因以及CCL20/CCR6、CCL17/CCL22/CCR4基因的表达水平。结果初发组、难治复发组和缓解组的TRGVⅠ~Ⅲ亚家族的表达水平与正常组相比均有不同程度的增高,且TRGV亚家族表达模式发生改变。初发组和难治复发组的CCL22和CCR4的表达水平显著高于正常组,而CCL17表达水平显著低于正常组。初发、缓解和难治复发组的患者外周血中TRGV各亚家族基因与各趋化因子及受体基因表达水平的相关性模式也发生改变。初发组和难治复发组存在低表达的TRGVⅡ亚家族,治疗缓解后TRGVⅡ亚家族的表达升高。结论 TRGVⅡ亚家族可能是抗T细胞淋巴瘤的T细胞功能亚群,可能与疾病的发病和转归相关。T细胞淋巴瘤中高表达水平的CCL22/CCR4,可能与疾病的发病有关。

急性髓性白血病患者异基因造血干细胞移植后γδT细胞免疫功能重建分析

目的系统分析急性髓性白血病(AML)患者接受异基因造血干细胞移植前后γδT细胞免疫功能重建情况。方法利用反转录-多聚酶链反应(RT-PCR)方法检测12例AML患者移植前后外周血γδT细胞TRGV和TRDV各亚家族的谱系分布情况,进一步应用基因扫描分析各亚家族基因的互补决定区3(CDR3)的克隆性增殖情况。同时,采用实时荧光定量PCR方法对患者外周血γδT细胞的3个TRGV亚家族基因表达水平进行定量检测。收集8例健康成人外周血样作为对照。结果移植前后患者的TRGV亚家族谱系表达以及T细胞克隆性增殖情况无明显变化。移植前患者TRDV亚家族谱系存在明显限制性利用,部分亚家族不表达;其中TRDV3、TRDV4和TRDV8亚家族出现克隆性增殖,而移植后患者γδT细胞的TRDV亚家族谱系限制性利用情况虽有所改善,但TRDV3、TRDV4、TRDV5、TRDV6和TRDV8亚家族仍存在克隆性增殖情况。移植前后患者TRGVⅡ亚家族的表达水平均显著低于正常对照组;移植后患者的TRGV亚家族表达模式(TRGVⅠ>TRGVⅢ>TRGVⅡ)发生了明显改变,以TRGVⅠ亚家族的表达占优势。移植后无发生GVHD患者的TRGVⅠ亚家族的表达水平显著高于发生GVHD患者的TRGVⅠ亚家族的表达水平。结论移植后TRGVⅡ亚家族的免疫重建恢复较慢,且移植后TRGVⅠ亚家族表达水平较高提示较好的γδT细胞免疫重建。移植后克隆性增殖的γδT细胞可能是机体体内相关抗原的刺激下产生的反应性增殖性T细胞。

HLA-G1及Th17/Tregs轴相关免疫调节分子在B-ALL中的表达变化及其相关性分析

目的观察急性B淋巴细胞白血病(B-ALL)患者外周血中人白细胞抗原G1(HLA-G1)及Th17/Tregs轴相关免疫调节分子(FOXP3、RORα、t-bet、ROR-γ、GATA-3、IL-17A、IL-23和CD25)的基因表达变化,并分析其相关性。方法收集经MICM分型确诊的29例B-ALL患者外周血样本,初发B-ALL 14例(初发组),复发难治的BALL 8例(复发组),完全缓解的B-ALL 7例(缓解组);同时收集10例健康志愿者外周血样本作为对照组。采用实时荧光定量PCR法检测各组外周血中膜结合型HLA-G1及Th17/Tregs轴相关免疫调节分子(FOXP3、RORα、t-bet、ROR-γ、GATA-3、IL-17A、IL-23和CD25)的mRNA相对表达水平。结果初发组、复发组、缓解组、对照组膜结合型HLA-G1 mRNA相对表达水平分别为0.415%、0.565%、0.108%、0.110%,初发组、复发组与缓解组及对照组比较,P均<0.05。初发组IL-17A、IL-23、t-bet和CD25基因表达水平显著高于复发组(P均<0.05)。初发组的FOXP3、IL-17A、IL-23、t-bet、GATA3和CD25基因表达水平亦显著高于缓解组(P均<0.05);复发组、初发组、缓解组ROR-γmRNA相对表达水平分别为2.777%、1.425%、0.089%,复发组与初发组、缓解组比较,P均<0.05。初发组HLAG1 mRNA表达水平与IL-17A和FOXP3相对表达水平呈正相关(r分别为0.635、0.647;P均<0.05),且HLA-G1mRNA表达水平与IL-17A呈正相关(r=0.573,P<0.05)。初发组HLA-G1 mRNA表达水平与IL-23、ROR-γ、RORα、t-bet、GATA-3、CD25表达水平无明显相关关系(P均>0.05)。复发组HLA-G1表达水平与各免疫相关调节分子均未发现明显相关性(P均>0.05)。缓解组HLA-G1表达水平与IL-17A和FOXP3表达水平呈负相关(r分别为-0.857、-0.785,P均<0.05),而与其他免疫相关调节分子表达水平无显著相关关系(P均>0.05)。对照组HLA-G1表达水平与t-bet表达水平呈负相关(r=-0.665;P<0.05),与其他免疫相关调节分子均未见显著相关关系(P均>0.05)。结论初发及复发B-ALL患者外周血中膜结合型HLA-G1基因表达水平显著升高,缓解后HLA-G1基因水平下降;且初发患者HLA-G1表达水平与IL-17A和FOXP3存在正相关关系,ROR-γ基因与复发BALL关系密切。HLA-G1和ROR-γ可能参与调节Th17/Tregs轴的平衡,影响B-ALL预后。

慢性粒细胞白血病患者外周血高表达CD266^+Foxp3^+γδ^+T细胞亚群

目的分析慢性粒细胞白血病慢性期(CML-CP)患者外周血γδT细胞及其亚群的表达情况,及其与临床一线酪氨酸激酶抑制剂(TKI)药物治疗疗效的相关性。探讨成纤维细胞生长因子诱导因子14(Fn14,又称CD266)在γδT细胞功能亚群中的表达情况及其与临床疗效的相关性。方法采用流式细胞术检测CML-CP患者以及正常对照组外周血γδT细胞及其功能亚群的表达情况,并探讨γδT细胞各亚群表达比例与临床一线TKI药物治疗疗效的相关性。结果 CML-CP患者外周血γδT细胞功能亚群CD266^+γδ^+T细胞、Foxp3^+γδ+T细胞、CD266+Foxp3^+γδ^+T细胞、CD266^+Vδ1^+T细胞、Foxp3^+Vδ1^+T细胞、CD266^+Foxp3^+Vδ1^+T细胞、CD266^+Vδ2^+T细胞、Foxp3+Vδ2+T细胞和CD266^+Foxp3^+Vδ2^+T细胞的表达比例均显著高于正常对照组。经过一线TKI药物治疗后达到完全血液学反应的基础上,达到警告治疗反应或治疗失败的CML-CP患者外周血CD266^+Foxp3^+Vδ2^+T细胞亚群比例显著增高。Logistic回归分析亦显示CD266^+Foxp3^+Vδ2^+T细胞亚群的表达比例为CML-CP患者经过一线TKI药物治疗后发生难治的危险因素。结论 CD266^+Foxp3^+γδT细胞亚群与CML-CP患者的临床一线TKI药物治疗疗效密切相关。Fn14(CD266)信号通路可能成为复发难治CML患者的新的治疗靶点。

一种大容量文本水印算法研究

本文提出一种在理想实验环境中可以抗打印扫描攻击的大容量文本水印算法,该算法首先对文本图像进行字符切分,以字符复杂度为标准将字符图像分为嵌入部分、调整部分和去除部分,对嵌入部分和调整部分的每块字符图像再次切分。根据切分出的字符图像,以打印扫描不变量为基础,建立量化函数,通过分别翻转单个字符图像切分部分的的像素边界点,实现水印的嵌入。该方法考虑到人类视觉系统的掩蔽特性,嵌入水印信息后的文本图像视觉效果良好,经实验,该方法可以抵抗常见的噪声攻击以及缩放攻击,实现了水印的全盲提取。

晚期肺腺癌瘤内趋化因子CCR1、CXCR6和CXCL9对免疫治疗的预测及预后作用分析

目的构建能够预测晚期肺腺癌(lung adenocarcinoma,LUAD)患者免疫检查点阻断(immune checkpoint blockade,ICB)治疗疗效与预后的趋化因子模型。方法从既往研究数据中回顾性收集确诊为晚期LUAD且经过ICB治疗的42例患者(训练队列),取得其ICB治疗前肿瘤组织转录组测序数据,通过生物信息学方法,筛选出显著影响ICB治疗疗效与患者生存预后的趋化因子,通过无进展生存期(progression-free disease,PFS)评价疗效,通过总生存期(overall survival,OS)评价患者的预后。从高通量基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中的数据集(GSE 135222)下载25例非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)转录组测序数据和相关的生存数据,将其作为验证队列。结果通过单因素Cox回归分析,筛选出9个与晚期LUAD患者良好OS显著相关的趋化因子,其中CCR1、CXCR6和CXCL9高表达的患者明显具有更长的OS。基于这3个趋化因子的表达量构建风险模型,生存分析结果表明风险分数与患者的PFS和OS呈负相关,即低风险(risk score≤-1.33)的晚期LUAD患者在ICB治疗中明显获益更多。低风险组中位PFS为19.7个月对比高风险组(risk score>-1.33)2.9个月[95%可信区间(confidence interval,CI)为0.12~0.51,P<0.001]。中位OS低风险组未达到对比高风险组6.0个月(95%CI 0.08~0.38,P<0.001)。GEO数据集验证了该结果,中位PFS低风险(risk score≤-1.85)对比高风险(risk score>-1.85)为2.7个月对比1.2个月(95%CI 0.12~0.93,P=0.009)。结论CCR1、CXCR6和CXCL9高表达表明晚期LUAD患者疾病进展的风险较低,与患者良好的PFS和OS相关,可能为晚期LUAD患者的ICB辅助治疗提供新的方向。

一种基于特征的文本零水印算法研究

本算法首先对文本进行分词并统计每个词的词频及词性,经过预处理后提取特定的分词序列及对应的词频作为文本特征。同时定义了一种能适用于中英文的基于文本特征的相似度计算方法,用以确定阈值和检测水印。实验结果表明,该算法与同类算法相比具有更强的鲁棒性,并且处理文件不受文本格式及多媒体内容的限制,具有很好的实验效果。