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题名利用提升小波的蛋白质相互作用特征提取
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作者
冯铁男
答亮
金鼎立
王翼飞
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机构
上海大学理学院
中国科学院上海生命科学研究院上海生物化学与细胞生物学研究所
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出处
《应用数学与计算数学学报》
2011年第2期235-244,共10页
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基金
科技部重大科技专项资助项目(2009ZX09103-686)
国家自然科学基金资助项目(30971480)
上海大学研究生创新基金资助项目(SHUCX101072)
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文摘
利用提升小波从蛋白质序列中提取出它们相互作用的频谱特征,经支持向量机训练学习后,用于预测蛋白质间的相互作用.模拟计算结果表明,在阳性数据和阴性数据平衡的前提下,利用提升小波获取的低维蛋白质相互作用特征向量可以得到较高预测精度.进一步阐述了不同物种的蛋白质相互作用网络有着不同特征,为了得到更准确的预测结果,需要利用不同的方法提取蛋白质相互作用的特征.
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关键词
提升小波
相互作用特征
数据平衡
蛋白质相互作用
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Keywords
lifting wavelet
interacting feature
dataset balance
protein-protein interaction
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分类号
Q51
[生物学—生物化学]
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题名基于Java3D的蛋白质相互作用网络成像软件
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作者
金鼎立
答亮
冯铁男
王翼飞
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机构
上海大学数学系
上海中国科学院上海生物化学与细胞生物学研究所
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出处
《微计算机信息》
2011年第11期98-99,11,共3页
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基金
基金申请人:答亮
项目名称:新的端粒酶抑制蛋白LPTS的抗肿瘤药效研究
+3 种基金
基金颁发部门:国家科技重大专项(2009ZX09103-686)
基金申请人:答亮
项目名称:乙肝病毒X蛋白(HBx)调节细胞自吞噬的分子机制研究
基金颁发部门:国家自然科学基金(30971480)
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文摘
蛋白质-蛋白质相互作用网络三维呈现对于蛋白质组学的进一步研究有着重要的促进作用。本文利用Java6.0开发工具包,设计了一个蛋白质相互作用网络显示的软件(Protein-Protein Interaction Network Expandor,简称PINE)。PINE从目前三个常用的蛋白质相关数据库中提取信息,经整合后将蛋白质的综合信息呈现给用户。在二维相互作用网络图的基础上,利用Java3D绘制了三维蛋白质相互作用网络图。此外,PINE还引入三维立体双图,增强了网络图的立体层次感。
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关键词
蛋白质-蛋白质相互作用网络
质心分布
三维显示
立体双图
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Keywords
Protein-Protein Interaction Network
Barycenter Distribution
3D Display
Stereo Pair
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分类号
TP311.1
[自动化与计算机技术—计算机软件与理论]
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题名列车振动荷载作用下平行盾构隧道动力响应特性研究
被引量:1
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作者
徐才厚
吴悦
金鼎立
许帅
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机构
西南交通大学
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出处
《四川建筑》
2020年第6期69-72,共4页
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文摘
由于可利用的城市地下空间十分有限,平行且临近的盾构隧道在地铁线路中越来越多,为探索列车振动荷载作用下平行盾构隧道的动力响应特性,文章采用模型试验方法,建立了平行隧道盾构模型,研究了隧道管片衬砌不同位置处的动力响应及其衰减规律。研究结果表明:自激振位置水平线起,沿着两平行隧道纵向,结构的动力响应变化趋于均衡,加速度峰值差逐渐保持相对稳定;在隧道内,距离列车荷载越近,其动力响应越大,其动力响应衰减速率也越大。同时,距离列车荷载越远,结构的峰值响应对应的频率越低,低频荷载对结构的振动影响更加明显。
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关键词
盾构隧道
模型试验
列车振动荷载
动力响应
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分类号
U451.3
[建筑科学—桥梁与隧道工程]
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