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相互作用熵方法在计算生物分子体系结合自由能中的发展和应用
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作者 段莉莉 黄开放 钟素素 《山东师范大学学报(自然科学版)》 CAS 2020年第3期274-285,共12页
分子力学泊松-玻尔兹曼溶剂可及表面积(MM/PBSA)是一种非常主流的计算生物大分子体系结合自由能的方法,但是其中熵变的计算一直以来都是理论计算上的难点.2016年发展的相互作用熵方法因其理论严谨、计算成本低等优势得到了广泛的应用.... 分子力学泊松-玻尔兹曼溶剂可及表面积(MM/PBSA)是一种非常主流的计算生物大分子体系结合自由能的方法,但是其中熵变的计算一直以来都是理论计算上的难点.2016年发展的相互作用熵方法因其理论严谨、计算成本低等优势得到了广泛的应用.该方法已在周期蛋白依赖性激酶2、胰蛋白酶、HIV蛋白酶、间变性淋巴瘤激酶与配体以及P53与MDMX/MDM2等一些关键的体系上得到了应用,这为研究者理解生物大分子中相互作用的机理提供了可信且新颖的途径.本文介绍了相互作用熵方法的发展,并为其在生物大分子中的应用提供了可行的指引和建议. 展开更多
关键词 相互作用熵 分子力学泊松-玻尔兹曼溶剂可及表面积 结合自由能 分子动力学模拟
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Study on the Amyloid Aβ42 with Accelerated Molecular Dynamics Simulations
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作者 Kai-Fang Huang Shu-Heng Dong +2 位作者 Su-Su Zhong Hao Li Li-Li Duan 《Communications in Theoretical Physics》 SCIE CAS CSCD 2019年第9期1121-1126,共6页
One major cause of Alzheimer’s disease(AD) is evidently due to the aggregation and deposition of amyloidβ peptides(Aβ) in the brain tissue of the patient. Preventing misfolding and self-aggregation of Aβ protein c... One major cause of Alzheimer’s disease(AD) is evidently due to the aggregation and deposition of amyloidβ peptides(Aβ) in the brain tissue of the patient. Preventing misfolding and self-aggregation of Aβ protein can reduce the formation of highly toxic polymer, which is important for the treatment of AD. Among them, the α-helix consisting of42 residues(Aβ42) is the main component of senile plaques in AD. In this paper, 500 ns accelerated molecular dynamics are performed at different temperatures(300 K, 350 K, 400 K, 450 K) to study of the effect of temperature-induced conformation changes of Aβ42 protein during the unfolding process respectively. 展开更多
关键词 AMYLOID PROTEIN Alzheimer’s disease ACCELERATED molecular dynamics simulation PROTEIN FOLDING
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