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我国城市轨道交通运营线路旅行速度和速度效率分析
1
作者
高国飞
杨运泽
+1 位作者
闫亚娜
杜港德
《都市快轨交通》
北大核心
2024年第4期38-45,共8页
为衡量城市轨道交通线路的旅行速度所发挥的效率,提出速度效率的概念。基于我国170条城市轨道交通线路的运营数据,涵盖全封闭运行的地铁、轻轨、单轨等系统,只考虑站站停的列车运行模式,从平均站间距和线路设计速度两个方面对旅行速度...
为衡量城市轨道交通线路的旅行速度所发挥的效率,提出速度效率的概念。基于我国170条城市轨道交通线路的运营数据,涵盖全封闭运行的地铁、轻轨、单轨等系统,只考虑站站停的列车运行模式,从平均站间距和线路设计速度两个方面对旅行速度和速度效率进行分析,结果表明:大部分线路(约64%)设计速度为80 km/h,平均站间距为1.0~2.5 km,其中约90%的线路旅行速度为30~40 km/h,速度效率为37.5%~50.0%。此外,量化分析旅行速度和平均站间距、设计速度正相关的变化关系,以及速度效率与平均站间距正相关、与设计速度负相关的变化关系。最后,基于实际数据拟合的旅行速度和速度效率公式,计算得到平均站间距、设计速度、旅行速度和速度效率的对应分布值,可为衡量城市轨道交通线路旅行速度和速度效率的合理范围提供参考。
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关键词
城市轨道交通
线路设计速度
平均站间距
旅行速度
速度效率
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职称材料
市域快轨快慢车模式越行节省时间研究
2
作者
高国飞
杜港德
闫亚娜
《铁道运输与经济》
北大核心
2024年第8期65-73,共9页
不同于地铁制式,市域快轨是轨道交通建设为满足通勤化、大运量、快速度需求发展到一定阶段产生的新型式,其快慢车运营模式势在必行。为此,在既有研究的基础上,综合考虑运营模式、越行速度、越行站站型、道岔型号等因素,对市域快轨快慢...
不同于地铁制式,市域快轨是轨道交通建设为满足通勤化、大运量、快速度需求发展到一定阶段产生的新型式,其快慢车运营模式势在必行。为此,在既有研究的基础上,综合考虑运营模式、越行速度、越行站站型、道岔型号等因素,对市域快轨快慢车运营模式下的越行节省时间计算方法展开研究,形成计算方法。以国内某市域快轨为基础建立仿真模型,通过OpenTrack仿真技术验证理论计算结果,得到如下结论:当越行速度介于60~120km/h之间时,追踪模式下快车跳站运营,每跳一站相比慢车停站的节省时间(含慢车停站时间)介于37~55s;越行模式下快车越行运营,每越行一站相比慢车停站的节省时间(含慢车停站时间)介于69~87s。与仿真结果相比,理论计算平均误差不超过3%。研究成果可为市域快轨快慢车运营时间效益分析提供参考。
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关键词
市域快轨
快慢车
节省时间
追踪模式
越行模式
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职称材料
基于竞争的物流中心选址双层规划模型及算法研究
被引量:
21
3
作者
管小俊
王喜富
+1 位作者
王翠华
闫亚娜
《武汉理工大学学报(交通科学与工程版)》
2009年第5期956-959,共4页
提出基于竞争的物流中心选址双层规划模型,将物流中心选址涉及到的两个具有明显不同目标的决策者——选址规划者和客户联系起来考虑问题,并将配送中心建成后遇到的竞争问题也纳入其中.该模型立足物流中心上层决策者和下层决策者两方面,...
提出基于竞争的物流中心选址双层规划模型,将物流中心选址涉及到的两个具有明显不同目标的决策者——选址规划者和客户联系起来考虑问题,并将配送中心建成后遇到的竞争问题也纳入其中.该模型立足物流中心上层决策者和下层决策者两方面,权衡决策者和客户的总成本费用,对于研究物流中心在某个较长规划期内的最优选址问题具有重要意义.利用遗传算法对模型进行求解,最后通过实证分析表明建立的模型及算法具有实用价值和指导作用.
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关键词
物流
配送中心
双层规划模型
遗传算法
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职称材料
双层规划模型在供应链选址中的应用
被引量:
3
4
作者
高国飞
张星臣
+1 位作者
徐彬
闫亚娜
《物流技术》
2008年第8期86-88,共3页
建立了基于竞争的物流中心选址双层规划模型,设计了模型求解的遗传算法,将配送中心选址涉及到的两个具有明显不同目标的决策者——选址规划者和客户联系起来考虑,并将配送中心建成后遇到的竞争问题也纳入其中,使配送中心选址问题的量化...
建立了基于竞争的物流中心选址双层规划模型,设计了模型求解的遗传算法,将配送中心选址涉及到的两个具有明显不同目标的决策者——选址规划者和客户联系起来考虑,并将配送中心建成后遇到的竞争问题也纳入其中,使配送中心选址问题的量化模型更具有实际意义和指导作用。
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关键词
双层规划
供应链
选址模型
配送中心
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职称材料
城市轨道交通市域线与市区线网衔接模式及衔接类型分析
被引量:
8
5
作者
高国飞
闫亚娜
张劭阳
《铁道运输与经济》
北大核心
2016年第7期87-92,共6页
市域线是城市轨道交通系统的重要组成部分,是城市轨道交通网络中的主要骨架线路,并将逐渐成为市区与外围城镇(机场、枢纽、组团等)之间的快速联系通道。在分析影响城市轨道交通市域线与市区线网衔接的城市基本特征、城市轨道交通分层体...
市域线是城市轨道交通系统的重要组成部分,是城市轨道交通网络中的主要骨架线路,并将逐渐成为市区与外围城镇(机场、枢纽、组团等)之间的快速联系通道。在分析影响城市轨道交通市域线与市区线网衔接的城市基本特征、城市轨道交通分层体系和客流因素等主要因素的基础上,阐述各影响因素对衔接模式的影响方式。通过分析市域线和市区线衔接的单点换乘、多点换乘、共线运行3种模式,以及各种衔接模式存在的类型、适应条件及在衔接实现过程中需要注意的线位选择、衔接点选择及其他问题,可以为规划和设计人员提供借鉴。
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关键词
城市轨道交通
市域线
衔接模式
衔接类型
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职称材料
环境友好型轨道交通车站评价理论与设计理念研究
6
作者
高国飞
郑汉
闫亚娜
《都市快轨交通》
北大核心
2021年第5期37-43,共7页
城市轨道交通车站设计既要满足乘客基本出行需求,也要提升乘客的美好出行体验。首先,提出环境友好车站的概念;其次,以车站主体建筑与客运组织为核心,以人本交通、绿色环保、节能降耗为外延,提出环境友好型城市轨道交通车站评价理论;再次...
城市轨道交通车站设计既要满足乘客基本出行需求,也要提升乘客的美好出行体验。首先,提出环境友好车站的概念;其次,以车站主体建筑与客运组织为核心,以人本交通、绿色环保、节能降耗为外延,提出环境友好型城市轨道交通车站评价理论;再次,结合城市轨道交通发展需求,提出环境友好型车站的9项设计理念;最后,厘清环境友好型车站设计的要点,给出各设计要点的权重,并针对性地提出我国城市轨道环境友好型车站的设计与建设建议,从而提升城市轨道交通在公共交通中的竞争优势,进一步促进车站设计与城市环境的融合。
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关键词
轨道交通
车站
环境友好
评价
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职称材料
甜橙硫氧还蛋白基因CsTRXh1克隆与表达分析
被引量:
1
7
作者
王淘
杨澄
+2 位作者
闫亚娜
王雨潇
李瑞民
《福建农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第7期880-885,共6页
[目的]通过甜橙硫氧还蛋白基因CsTRXh1克隆与表达分析,以期为解析甜橙硫氧还蛋白基因的功能及胁迫应答机制提供参考依据。[方法]基于甜橙基因组数据使用同源克隆法克隆甜橙硫氧还蛋白基因,利用生物信息学分析CsTRXh1蛋白与其他物种同源...
[目的]通过甜橙硫氧还蛋白基因CsTRXh1克隆与表达分析,以期为解析甜橙硫氧还蛋白基因的功能及胁迫应答机制提供参考依据。[方法]基于甜橙基因组数据使用同源克隆法克隆甜橙硫氧还蛋白基因,利用生物信息学分析CsTRXh1蛋白与其他物种同源蛋白的相似性、系统进化和理化性质,使用qRT-PCR方法分析CsTRXh1基因在健康甜橙树和感染黄龙病甜橙树叶片中的表达模式,通过瞬时转化烟草叶片分析CsTRXh1蛋白在植物细胞中的亚细胞定位。[结果]获得1个甜橙硫氧还蛋白基因CsTRXh1,GenBank登录号为ON125405。蛋白质序列比对分析表明,CsTRXh1与其他植物来源的硫氧还蛋白具有较高的序列相似度,包含保守结构域Thioredoxin。聚类分析表明,CsTRXh1为h型硫氧还蛋白。表达分析结果表明,CsTRXh1基因在感染黄龙病甜橙叶片中上调表达。亚细胞定位分析表明,CsTRXh1定位于细胞质和细胞膜。[结论]CsTRXh1基因受黄龙病菌侵染诱导表达,推测CsTRXh1在黄龙病菌侵染柑橘过程中参与生理生化调控功能。
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关键词
甜橙
硫氧还蛋白
基因克隆
表达分析
亚细胞定位
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职称材料
柑橘黄龙病菌过氧化物还原酶基因CLasPrx的克隆及功能分析
8
作者
左溪如
王淘
+3 位作者
陈烨
闫亚娜
黄桂艳
李瑞民
《植物保护学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第3期654-662,共9页
为解析柑橘黄龙病菌亚洲种Candidatus Liberibacter asiaticus(CLas)逃逸活性氧伤害的机理,通过克隆其过氧化物还原酶(peroxiredoxin,Prx)编码基因的全长序列,对CLasPrx蛋白序列进行生物信息学分析、多重比对及系统发育分析,采用实时荧...
为解析柑橘黄龙病菌亚洲种Candidatus Liberibacter asiaticus(CLas)逃逸活性氧伤害的机理,通过克隆其过氧化物还原酶(peroxiredoxin,Prx)编码基因的全长序列,对CLasPrx蛋白序列进行生物信息学分析、多重比对及系统发育分析,采用实时荧光定量PCR方法检测CLasPrx基因在柑橘不同组织中的表达模式,并在本氏烟Nicotiana benthamiana叶肉细胞瞬时表达CLasPrx分析其编码蛋白的亚细胞定位,利用碘化钾法测定CLasPrx蛋白清除H_(2)O_(2)的活性。结果显示,克隆得到的CLasPrx基因序列全长为534 bp,编码177个氨基酸;CLasPrx蛋白包含1个Redoxin保守结构域;多重比对分析发现CLasPrx蛋白活性位点含有保守基序PGAFTPTC;系统发育分析表明CLasPrx蛋白与近缘物种的同源蛋白聚为一类;CLasPrx基因在感染黄龙病柑橘树秋梢中的表达水平显著高于在春梢中的表达水平;CLasPrx定位于本氏烟叶肉细胞的细胞质基质中;过表达CLasPrx蛋白能够显著降低本氏烟叶肉细胞内H_(2)O_(2)的含量。表明CLasPrx可能参与柑橘黄龙病菌清除H_(2)O_(2)的过程。
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关键词
柑橘黄龙病菌
过氧化物还原酶
表达分析
亚细胞定位
序列分析
原文传递
基于随机森林模型的甜橙环状RNA的鉴定及其功能初步分析
9
作者
刘畅
闫亚娜
+1 位作者
黄桂艳
李瑞民
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第2期250-260,共11页
为挖掘甜橙(Citrus sinensis)基因组中的环状RNA(circular RNA,circRNA),明确circRNA在甜橙与病原菌互作过程中的生物学功能,本研究基于机器学习随机森林模型,利用python环境开发了针对甜橙circRNA鉴定的流程,比较不同建模算法的优劣,...
为挖掘甜橙(Citrus sinensis)基因组中的环状RNA(circular RNA,circRNA),明确circRNA在甜橙与病原菌互作过程中的生物学功能,本研究基于机器学习随机森林模型,利用python环境开发了针对甜橙circRNA鉴定的流程,比较不同建模算法的优劣,鉴定甜橙基因组中的circRNA,构建甜橙circRNA-miRNA及circRNA-miRNA-mRNA互作网络,并对靶向mRNA进行基因功能富集。通过比较随机森林、决策树以及前馈神经网络3种建模算法,结果表明,基于随机森林算法构建的模型性能最好。共鉴定了2523个甜橙circRNA,它们不均匀地分布在9条染色体上,其中5号染色体分布最多,有416个;存在606个甜橙circRNA-miRNA互作对及21043个miRNA-mRNA互作对;靶向mRNA基因功能广泛参与代谢、转运及发育等过程,涉及苯丙烷类物质生物合成、亚油酸代谢和植物-病原菌互作等代谢途径;甜橙circRNA影响miR172和miR482等抗病相关小RNA的转录调控。本研究为甜橙circRNA参与抗病生物学过程的研究提供参考。
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关键词
甜橙
环状RNA
随机森林模型
靶基因
转录调控
原文传递
题名
我国城市轨道交通运营线路旅行速度和速度效率分析
1
作者
高国飞
杨运泽
闫亚娜
杜港德
机构
北京城建设计发展集团股份有限公司技术研究院
城市轨道交通绿色与安全建造技术国家工程研究中心
北京交通大学交通运输学院
北京交通运输职业学院城市轨道交通系
出处
《都市快轨交通》
北大核心
2024年第4期38-45,共8页
基金
中央引导地方科技发展资金项目(226Z0802G)。
文摘
为衡量城市轨道交通线路的旅行速度所发挥的效率,提出速度效率的概念。基于我国170条城市轨道交通线路的运营数据,涵盖全封闭运行的地铁、轻轨、单轨等系统,只考虑站站停的列车运行模式,从平均站间距和线路设计速度两个方面对旅行速度和速度效率进行分析,结果表明:大部分线路(约64%)设计速度为80 km/h,平均站间距为1.0~2.5 km,其中约90%的线路旅行速度为30~40 km/h,速度效率为37.5%~50.0%。此外,量化分析旅行速度和平均站间距、设计速度正相关的变化关系,以及速度效率与平均站间距正相关、与设计速度负相关的变化关系。最后,基于实际数据拟合的旅行速度和速度效率公式,计算得到平均站间距、设计速度、旅行速度和速度效率的对应分布值,可为衡量城市轨道交通线路旅行速度和速度效率的合理范围提供参考。
关键词
城市轨道交通
线路设计速度
平均站间距
旅行速度
速度效率
Keywords
urban rail transit
line design speed
average station spacing
travel speed
speed efficiency
分类号
U231 [交通运输工程—道路与铁道工程]
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职称材料
题名
市域快轨快慢车模式越行节省时间研究
2
作者
高国飞
杜港德
闫亚娜
机构
北京城建设计发展集团股份有限公司城市轨道交通绿色与安全建造技术国家工程研究中心
北京交通运输职业学院城市轨道交通系
出处
《铁道运输与经济》
北大核心
2024年第8期65-73,共9页
基金
北京市自然科学基金项目(L211026,L221006)
中央引导地方科技发展资金项目(226Z0802G)。
文摘
不同于地铁制式,市域快轨是轨道交通建设为满足通勤化、大运量、快速度需求发展到一定阶段产生的新型式,其快慢车运营模式势在必行。为此,在既有研究的基础上,综合考虑运营模式、越行速度、越行站站型、道岔型号等因素,对市域快轨快慢车运营模式下的越行节省时间计算方法展开研究,形成计算方法。以国内某市域快轨为基础建立仿真模型,通过OpenTrack仿真技术验证理论计算结果,得到如下结论:当越行速度介于60~120km/h之间时,追踪模式下快车跳站运营,每跳一站相比慢车停站的节省时间(含慢车停站时间)介于37~55s;越行模式下快车越行运营,每越行一站相比慢车停站的节省时间(含慢车停站时间)介于69~87s。与仿真结果相比,理论计算平均误差不超过3%。研究成果可为市域快轨快慢车运营时间效益分析提供参考。
关键词
市域快轨
快慢车
节省时间
追踪模式
越行模式
Keywords
Urban Rapid Rail
Express and Slow Train
Time Saving
Tracking Mode
Overtaking Mode
分类号
U292.5 [交通运输工程—交通运输规划与管理]
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职称材料
题名
基于竞争的物流中心选址双层规划模型及算法研究
被引量:
21
3
作者
管小俊
王喜富
王翠华
闫亚娜
机构
北京交通大学交通运输学院
出处
《武汉理工大学学报(交通科学与工程版)》
2009年第5期956-959,共4页
基金
国家支撑计划项目资助(批准号:2004BA205A24)
文摘
提出基于竞争的物流中心选址双层规划模型,将物流中心选址涉及到的两个具有明显不同目标的决策者——选址规划者和客户联系起来考虑问题,并将配送中心建成后遇到的竞争问题也纳入其中.该模型立足物流中心上层决策者和下层决策者两方面,权衡决策者和客户的总成本费用,对于研究物流中心在某个较长规划期内的最优选址问题具有重要意义.利用遗传算法对模型进行求解,最后通过实证分析表明建立的模型及算法具有实用价值和指导作用.
关键词
物流
配送中心
双层规划模型
遗传算法
Keywords
logistics
distribution centre
bi-level programming model
genetic algorithm
分类号
F503 [经济管理—产业经济]
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职称材料
题名
双层规划模型在供应链选址中的应用
被引量:
3
4
作者
高国飞
张星臣
徐彬
闫亚娜
机构
北京交通大学交通运输学院
北京商贸学校
出处
《物流技术》
2008年第8期86-88,共3页
文摘
建立了基于竞争的物流中心选址双层规划模型,设计了模型求解的遗传算法,将配送中心选址涉及到的两个具有明显不同目标的决策者——选址规划者和客户联系起来考虑,并将配送中心建成后遇到的竞争问题也纳入其中,使配送中心选址问题的量化模型更具有实际意义和指导作用。
关键词
双层规划
供应链
选址模型
配送中心
Keywords
hi-level programming
SC
location model
distr/bution center
分类号
F282 [经济管理—国民经济]
F224 [经济管理—国民经济]
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职称材料
题名
城市轨道交通市域线与市区线网衔接模式及衔接类型分析
被引量:
8
5
作者
高国飞
闫亚娜
张劭阳
机构
北京城建设计发展集团股份有限公司院士专家工作室
北京交通运输职业学院城市轨道交通系
北京市地铁运营有限公司地铁运营技术研发中心
出处
《铁道运输与经济》
北大核心
2016年第7期87-92,共6页
基金
北京市科委科技计划课题(Z151100001315004)
文摘
市域线是城市轨道交通系统的重要组成部分,是城市轨道交通网络中的主要骨架线路,并将逐渐成为市区与外围城镇(机场、枢纽、组团等)之间的快速联系通道。在分析影响城市轨道交通市域线与市区线网衔接的城市基本特征、城市轨道交通分层体系和客流因素等主要因素的基础上,阐述各影响因素对衔接模式的影响方式。通过分析市域线和市区线衔接的单点换乘、多点换乘、共线运行3种模式,以及各种衔接模式存在的类型、适应条件及在衔接实现过程中需要注意的线位选择、衔接点选择及其他问题,可以为规划和设计人员提供借鉴。
关键词
城市轨道交通
市域线
衔接模式
衔接类型
Keywords
Urban Rail Transit
Regional Transit Line
Connection Mode
Connection Type
分类号
U293.6 [交通运输工程—交通运输规划与管理]
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职称材料
题名
环境友好型轨道交通车站评价理论与设计理念研究
6
作者
高国飞
郑汉
闫亚娜
机构
北京城建设计发展集团股份有限公司城市轨道交通绿色与安全建造国家工程实验室
北京交通运输职业学院城市轨道交通系
出处
《都市快轨交通》
北大核心
2021年第5期37-43,共7页
基金
国家重点研发计划项目(2017YFB1201104)。
文摘
城市轨道交通车站设计既要满足乘客基本出行需求,也要提升乘客的美好出行体验。首先,提出环境友好车站的概念;其次,以车站主体建筑与客运组织为核心,以人本交通、绿色环保、节能降耗为外延,提出环境友好型城市轨道交通车站评价理论;再次,结合城市轨道交通发展需求,提出环境友好型车站的9项设计理念;最后,厘清环境友好型车站设计的要点,给出各设计要点的权重,并针对性地提出我国城市轨道环境友好型车站的设计与建设建议,从而提升城市轨道交通在公共交通中的竞争优势,进一步促进车站设计与城市环境的融合。
关键词
轨道交通
车站
环境友好
评价
Keywords
rail transit
station
environment-friendly
evaluatation
分类号
U231 [交通运输工程—道路与铁道工程]
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职称材料
题名
甜橙硫氧还蛋白基因CsTRXh1克隆与表达分析
被引量:
1
7
作者
王淘
杨澄
闫亚娜
王雨潇
李瑞民
机构
赣南师范大学生命科学学院
出处
《福建农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第7期880-885,共6页
基金
国家自然科学基金项目(32160621)
江西省重大科技研发专项(20194ABC28007)。
文摘
[目的]通过甜橙硫氧还蛋白基因CsTRXh1克隆与表达分析,以期为解析甜橙硫氧还蛋白基因的功能及胁迫应答机制提供参考依据。[方法]基于甜橙基因组数据使用同源克隆法克隆甜橙硫氧还蛋白基因,利用生物信息学分析CsTRXh1蛋白与其他物种同源蛋白的相似性、系统进化和理化性质,使用qRT-PCR方法分析CsTRXh1基因在健康甜橙树和感染黄龙病甜橙树叶片中的表达模式,通过瞬时转化烟草叶片分析CsTRXh1蛋白在植物细胞中的亚细胞定位。[结果]获得1个甜橙硫氧还蛋白基因CsTRXh1,GenBank登录号为ON125405。蛋白质序列比对分析表明,CsTRXh1与其他植物来源的硫氧还蛋白具有较高的序列相似度,包含保守结构域Thioredoxin。聚类分析表明,CsTRXh1为h型硫氧还蛋白。表达分析结果表明,CsTRXh1基因在感染黄龙病甜橙叶片中上调表达。亚细胞定位分析表明,CsTRXh1定位于细胞质和细胞膜。[结论]CsTRXh1基因受黄龙病菌侵染诱导表达,推测CsTRXh1在黄龙病菌侵染柑橘过程中参与生理生化调控功能。
关键词
甜橙
硫氧还蛋白
基因克隆
表达分析
亚细胞定位
Keywords
Citrus sinensis
thioredoxin
gene cloning
expression analysis
subcellular localization
分类号
S664.9 [农业科学—果树学]
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职称材料
题名
柑橘黄龙病菌过氧化物还原酶基因CLasPrx的克隆及功能分析
8
作者
左溪如
王淘
陈烨
闫亚娜
黄桂艳
李瑞民
机构
赣南师范大学生命科学学院
出处
《植物保护学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第3期654-662,共9页
基金
国家自然科学基金(32260659)
赣南师范大学2023年大学生创新创业训练计划项目(CX230074)。
文摘
为解析柑橘黄龙病菌亚洲种Candidatus Liberibacter asiaticus(CLas)逃逸活性氧伤害的机理,通过克隆其过氧化物还原酶(peroxiredoxin,Prx)编码基因的全长序列,对CLasPrx蛋白序列进行生物信息学分析、多重比对及系统发育分析,采用实时荧光定量PCR方法检测CLasPrx基因在柑橘不同组织中的表达模式,并在本氏烟Nicotiana benthamiana叶肉细胞瞬时表达CLasPrx分析其编码蛋白的亚细胞定位,利用碘化钾法测定CLasPrx蛋白清除H_(2)O_(2)的活性。结果显示,克隆得到的CLasPrx基因序列全长为534 bp,编码177个氨基酸;CLasPrx蛋白包含1个Redoxin保守结构域;多重比对分析发现CLasPrx蛋白活性位点含有保守基序PGAFTPTC;系统发育分析表明CLasPrx蛋白与近缘物种的同源蛋白聚为一类;CLasPrx基因在感染黄龙病柑橘树秋梢中的表达水平显著高于在春梢中的表达水平;CLasPrx定位于本氏烟叶肉细胞的细胞质基质中;过表达CLasPrx蛋白能够显著降低本氏烟叶肉细胞内H_(2)O_(2)的含量。表明CLasPrx可能参与柑橘黄龙病菌清除H_(2)O_(2)的过程。
关键词
柑橘黄龙病菌
过氧化物还原酶
表达分析
亚细胞定位
序列分析
Keywords
Candidatus Liberibacter asiaticus
peroxiredoxin
expression analysis
subcellular localization
sequence analysis
分类号
S436.66 [农业科学—农业昆虫与害虫防治]
原文传递
题名
基于随机森林模型的甜橙环状RNA的鉴定及其功能初步分析
9
作者
刘畅
闫亚娜
黄桂艳
李瑞民
机构
赣南师范大学生命科学学院
出处
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第2期250-260,共11页
基金
国家自然科学基金项目(32260659)
江西省教育厅项目(GJJ201432)共同资助。
文摘
为挖掘甜橙(Citrus sinensis)基因组中的环状RNA(circular RNA,circRNA),明确circRNA在甜橙与病原菌互作过程中的生物学功能,本研究基于机器学习随机森林模型,利用python环境开发了针对甜橙circRNA鉴定的流程,比较不同建模算法的优劣,鉴定甜橙基因组中的circRNA,构建甜橙circRNA-miRNA及circRNA-miRNA-mRNA互作网络,并对靶向mRNA进行基因功能富集。通过比较随机森林、决策树以及前馈神经网络3种建模算法,结果表明,基于随机森林算法构建的模型性能最好。共鉴定了2523个甜橙circRNA,它们不均匀地分布在9条染色体上,其中5号染色体分布最多,有416个;存在606个甜橙circRNA-miRNA互作对及21043个miRNA-mRNA互作对;靶向mRNA基因功能广泛参与代谢、转运及发育等过程,涉及苯丙烷类物质生物合成、亚油酸代谢和植物-病原菌互作等代谢途径;甜橙circRNA影响miR172和miR482等抗病相关小RNA的转录调控。本研究为甜橙circRNA参与抗病生物学过程的研究提供参考。
关键词
甜橙
环状RNA
随机森林模型
靶基因
转录调控
Keywords
Citrus sinensis
circRNA
Random forest model
Target genes
Transcriptional regulation
分类号
S666.4 [农业科学—果树学]
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