目的基于生物信息学方法解析蒙医学中巴达干的现代医学意义。方法(1)借助中国知网平台收集以中文形式收录的巴达干相关资料;(2)比较毒理基因组学数据库(The Comparative Toxicogenomics Database,CTD)、治疗靶点数据库(Therapeutic Targ...目的基于生物信息学方法解析蒙医学中巴达干的现代医学意义。方法(1)借助中国知网平台收集以中文形式收录的巴达干相关资料;(2)比较毒理基因组学数据库(The Comparative Toxicogenomics Database,CTD)、治疗靶点数据库(Therapeutic Target Database,TTD)用于收集目标疾病靶点,中药系统药理学数据库(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)和SwissTargetPrediction数据库用于收集并预测药物的潜在人体吸收成分及作用靶点;(3)Venny在线平台检索目标疾病及药物的共有靶点;(4)String数据库联合Cytoscape软件构建共有靶点的蛋白互作网络;(5)注释、可视化和集成发现数据库(The Database for Annotation,Visualization and Integrated Discovery,DAVID)及Metascape数据库用于对目标靶点进行GO、KEGG常规生物功能富集分析;(6)PubChem用于获取关键化合物结构,UniPort获取目标蛋白结构,Auto Dock软件对结构优化后进行分子对接,并通过PyMOL可视化蛋白与化合物的对接关系。结果(1)整理后得到疾病相关基因373个,化合物靶点571个,共有目标82个;(2)蛋白互作网络(Protein-Protein Interaction Networks,PPI)展示找出82个蛋白的相互关系,并筛选出AKT1(丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶)、TNF(肿瘤坏死因子)和EGFR(表皮生长因子受体)3个核心靶点;(3)对目标靶点经DAVID富集功能后得到179条生物过程和通路。结论本研究借助生物信息学探索蒙医理论中巴达干的现代医学意义,发现巴达干与众多医学概念相关,不仅仅包括某一类或者单一系统的疾病,归属巴达干的药物同样包括多种类型。展开更多
文摘目的基于生物信息学方法解析蒙医学中巴达干的现代医学意义。方法(1)借助中国知网平台收集以中文形式收录的巴达干相关资料;(2)比较毒理基因组学数据库(The Comparative Toxicogenomics Database,CTD)、治疗靶点数据库(Therapeutic Target Database,TTD)用于收集目标疾病靶点,中药系统药理学数据库(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)和SwissTargetPrediction数据库用于收集并预测药物的潜在人体吸收成分及作用靶点;(3)Venny在线平台检索目标疾病及药物的共有靶点;(4)String数据库联合Cytoscape软件构建共有靶点的蛋白互作网络;(5)注释、可视化和集成发现数据库(The Database for Annotation,Visualization and Integrated Discovery,DAVID)及Metascape数据库用于对目标靶点进行GO、KEGG常规生物功能富集分析;(6)PubChem用于获取关键化合物结构,UniPort获取目标蛋白结构,Auto Dock软件对结构优化后进行分子对接,并通过PyMOL可视化蛋白与化合物的对接关系。结果(1)整理后得到疾病相关基因373个,化合物靶点571个,共有目标82个;(2)蛋白互作网络(Protein-Protein Interaction Networks,PPI)展示找出82个蛋白的相互关系,并筛选出AKT1(丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶)、TNF(肿瘤坏死因子)和EGFR(表皮生长因子受体)3个核心靶点;(3)对目标靶点经DAVID富集功能后得到179条生物过程和通路。结论本研究借助生物信息学探索蒙医理论中巴达干的现代医学意义,发现巴达干与众多医学概念相关,不仅仅包括某一类或者单一系统的疾病,归属巴达干的药物同样包括多种类型。