不同地理群体三疣梭子蟹mtDNA本底甲基化水平分析

利用重亚硫酸盐测序法,对适于三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)线粒体基因组甲基化分析的BSP(Bisulfite sequencing PCR)引物进行了筛选,在设计的21对引物中,获得了12对BSP引物。利用这12对引物分析了三疣梭子蟹海州湾群体(江苏连云港)和莱州湾群体(山东东营)线粒体基因组本底甲基化水平,结果表明:海州湾群体不存在甲基化现象,莱州湾群体发现了2个个体在ND2基因(NADH脱氢酶亚基2)位点存在甲基化现象;在存在甲基化的个体中,甲基化类型主要为CHG和CHH类型,还有少量Cp G类型。该研究结果说明,莱州湾群体和海州湾群体线粒体基因组本底水平上的甲基化特征存在一定差异,相关研究值得进一步深入探讨。

菊芋蔗糖代谢相关产物与关键酶基因对高温的响应

蔗糖是一类重要的碳水化合物,其代谢与植物生长发育及抵抗胁迫等有密切的关系。蔗糖合成酶(SUS)、蔗糖磷酸合成酶(SPS)与蔗糖转化酶(INV)是参与蔗糖代谢的三类关键酶。本研究依据转录组测序数据,从能源植物菊芋中鉴定了2个SUS、2个SPS和7个INV基因(GenBank No:MK386943-53)。生物信息学分析表明,菊芋SUS、SPS和INV的氨基酸序列与其他物种具有较高的相似性,均属于亲水性蛋白。在25、30°C处理10、15、20 d的菊芋幼苗叶片中,这三种基因家族成员呈现不同的表达模式;除可溶性总糖含量减少外,果糖、蔗糖、蔗果三糖等含量没有发生明显变化。表明高温下幼苗蔗糖代谢关键酶基因发生了响应,蔗糖代谢处于平衡状态,显示了菊芋对高温的良好耐受性。

菊芋块茎发育期凝集素基因的鉴定和表达分析

凝集素是生物中普遍存在的一类糖结合蛋白,通过特异识别不同糖基而介导多种生物过程。本研究以‘南菊芋1号’为研究材料,克隆并鉴定了12个凝集素基因。利用生物信息学分析这些基因编码蛋白的性质表明:等电点为4.96~5.23,偏酸性;依据其特异性糖基结合域归为三类:8个属于木菠萝家族(JRL),2个属于雪花莲家族(GNA),2个属于卫欧矛家族(EUL);其二级结构主要为无规则卷曲,三级结构主要构象成分为β片层。基于转录组数据分析表明,根中HtJRL4/HtGNA2、茎中HtJRL3、叶中HtJRL1、初始块茎中HtEUL1/HtEUL2/HtGNA2和成熟块茎中HtJRL6的表达更为丰富。RT-qPCR分析显示,多数菊芋凝集素基因在块茎发育的中期和/或后期表达丰度显著高于前期,但各自又呈现较大的变化差异,推测其可能作为块茎的贮藏蛋白或参与信号转导和胁迫感知。本研究结果将为后续深入研究凝集素功能和选育优良菊芋品种提供科学基础。