威宁牛和关岭牛Y染色体基因组遗传多样性研究

为了从全基因组水平上探究威宁牛与关岭牛Y染色体基因组遗传多样性及其父系起源,试验利用生物信息学方法对10头关岭牛公牛与20头威宁牛公牛进行全基因组重测序,并对其Y染色体雄性特异区(MSY区)进行扫描与分析,对获得的Y染色体基因组数据进行单核苷酸多态性(SNPs)位点分析,计算单倍型多样度和核苷酸多样度,利用MEGA 11-64软件中的NJ法构建Y染色体基因组系统发育树,并用Network软件绘制单倍型网络图。结果表明:共获得2 553个Y-SNPs位点。威宁牛和关岭牛的Y染色体基因组单倍型多样度分别为0.947±0.034和0.978±0.054,核苷酸多样度分别为0.322±0.045和0.020±0.004。10头关岭牛共定义7种单倍型,均属Y3单倍型组,具有Y3a和Y3b 2种亚单倍型组,其中Y3a为优势亚单倍型组,占比为90%,Y3b占比为10%。20头威宁牛共定义12种单倍型,属于Y1、Y2和Y3单倍型组,其中Y1占比为10%,Y2a占比为25%,Y3a(优势亚单倍型组)占比为45%,Y3b占比为20%。10头关岭牛与20头威宁牛均主要为瘤牛血统,且优势亚单倍型组一致,但威宁牛父系起源较为复杂。说明两个黄牛品种威宁牛与关岭牛均具有较丰富的父系遗传多样性,父系遗传结构有明显差异。