2020年深圳地区4株冠状病毒HCoV-NL63基因组特征分析

目的了解2020年深圳市冠状病毒HCoV-NL63全基因组序列的遗传特征和变异。方法对HCoV-NL63核酸检测阳性的咽拭子标本进行全基因组测序、系统发生树重建和生物信息学分析。结果获得4株HCoV-NL63全基因组序列,均属于B基因型B2亚型,株间核苷酸(氨基酸)同源性为99.80%~99.98%(99.64%~99.93%),在进化树上处于同一分支,与广州2018年肺炎病人中获得的MK334046.1毒株距离最近。氨基酸变异分析表明结构蛋白中S、M蛋白变异性较大。与B基因型参考株对比发现,S蛋白中发现2处氨基酸位点变异:位于散发疫情毒株S1蛋白NTR区L196F和位于聚集性疫情毒株S2蛋白A946S。N-糖基化位点预测发现S蛋白N-糖基化位点有10个,M蛋白N-糖基化位点有2个。结论本研究中的4株冠状病毒源自广州毒株的可能性大,在一定程度上可为HCoV-NL63防控工作提供生物学溯源依据。

新型冠状病毒(SARS-CoV-2)变异的研究进展

2019年12月底,湖北省武汉市暴发了由新型冠状病毒(SARS-CoV-2)引起的肺炎疫情。迄今为止,该病毒引起的疫情仍在全球流行,累计感染人数超1.8亿。随着SARS-CoV-2在人群间的不断传播,其基因组不断发生变异,从SARS-CoV-2首次出现S蛋白D614G突变到被世界卫生组织列为关切的Alpha、Beta、Gamma、Delta突变株以及其他一些受关注的突变株。新变异株的不断出现,引起大众广泛的关注。因此本文将从SARS-CoV-2的基因组结构及功能、国际上主要流行的变异株的一些特点、SARS-CoV-2疫苗对变异株保护结果以及应对SARS-CoV-2变异的疫苗策略等方面进行简要概述。

2021年深圳市南山区287名大学新生百日咳和白喉及破伤风抗体水平调查

目的了解深圳市南山区大学新生百日咳、白喉、破伤风IgG抗体水平。方法于2021年9月,以深圳市南山区287名大学新生作为调查对象,采用酶联免疫吸附试验法检测血清中百日咳、白喉、破伤风IgG抗体水平,比较不同特征大学新生各抗体水平差异。结果大学新生百日咳的抗体几何平均浓度(GMC)和阳性率分别为14.642(13.073~16.399)IU/mL、20.56%(59名)。大学新生白喉的抗体GMC、阳性率和保护率分别为0.098(0.086~0.111)IU/mL、98.95%(284名)、46.69%(134名)。大学新生破伤风的抗体GMC、阳性率和保护率分别为0.121(0.106~0.139)IU/mL、100.00%(287名)、54.70%(157名)。不同分组大学新生的百白破抗体浓度差异均无统计学意义(P均>0.05)。结论深圳市南山区大学新生人群百日咳抗体阳性率较高,提示近期百日咳感染比例较高,需加强对此群体的百日咳的监测;白喉、破伤风抗体阳性率较高,而保护率较低,可能需要进一步的疫苗接种政策。

三氯乙烯致肝细胞毒性中SET启动子区甲基化水平的改变

目的研究三氯乙烯（Trichlorethylene，TCE）致肝细胞毒性中SET基因启动子区甲基化水平的改变。方法培养L—02肝细胞，使用0、1、2、4、8mmol／L浓度的TCE处理24h，提取细胞基因组DNA，进行亚硫酸氢盐修饰，用PCR扩增目标序列，重亚硫酸氢盐测序法（t3sP）分析TCE作用下肝细胞中SET基因启动子区甲基化状态。结果与对照组比较，TCE处理后L-02肝细胞中SET基因启动子区甲基化水平下降，且随着TCE染毒浓度的增加，SET基因启动子区甲基化水平递减。对SET启动子区甲基化差异位点进行分析发现，差异有统计学意义的甲基化位点有73个，已知转录因子结合位点9个。结论TCE致L-02肝细胞毒性中SET基因启动子区甲基化水平下降，影响转录因子的结合，继而使SET蛋白表达升高。

三氯乙烯对人正常肝细胞组蛋白质甲基化修饰影响的研究

目的 筛选三氯乙烯（TCE）诱导的人正常肝细胞（L-02细胞）组蛋白异常甲基化修饰,并探讨其在三氯乙烯致肝细胞毒性中的可能作用.方法 以0、8.0 mmol/L的TCE处理L-02细胞24 h,采用酸法提取组蛋白,通过液相色谱-电喷雾串联质谱（LC-ESI-MS/MS）鉴定和定量分析组蛋白差异甲基化修饰水平,以Western blot验证组蛋白H3K79二甲基化（H3K79 me2）及H3K79三甲基化（H3K79 me3）修饰水平,检测相对表达量.使用单细胞凝胶电泳检测细胞的DNA损伤水平.采用Western blot检测p53与H2AX的磷酸化修饰（？H2AX）的相对表达量.结果 TCE处理L-02细胞24 h后,质谱鉴定出28个肽段的36个表达有差异的组蛋白甲基化位点;L-02细胞经0、8.0 mmol/L TCE处理后,组蛋白H3K79 me3的相对表达量分别为1.00±0.06、0.70±0.09（t=15.01,P=0.015）;组蛋白H3K79 me2的相对表达量分别为1.00±0.05、0.74±0.07（t=16.69,P=0.018）;DNA损伤的Olive尾距值分别为1.46±0.28、3.12±0.68（t=15.22,P=0.018）;蛋白p53的相对表达量分别为1.00±0.04、1.24±0.04（t=18.71,P=0.012）;？H2AX的相对表达量分别为1.00±0.03、1.56±0.11（t=8.32,P=0.045）.结论 TCE引起L-02细胞组蛋白中H3K79 me2与H3K79 me3修饰水平发生变化,并且诱导DNA损伤,提示TCE可能通过DNA损伤导致H3K79 me2和H3K79 me3甲基化修饰的变化.