人工智能建立脓毒症预后评估模型探究

建立一种基于人工智能脓毒症预后评估模型,探讨其对脓毒性休克患者预后的价值。方法 研究数据来源于 MIMIC III 数据库,对缺失数据采用miceforest插补,将指标纳入单因素Logistic分析,利用Hosmer-Lemeshow拟合优度检验结果。结果 发现有年龄、乳酸、肌酐等 14 项指标与预后相关,且模型拟合度良好。结论 基于人工智能法算法脓毒性患者预后评估模型能够有效预测脓毒症患者的预后。

人工智能方式推导脓毒症临床表型及临床结局的研究

目的 通过人工智能方式推导脓毒症临床表型及临床结局。方法 数据来源于MIMICⅢ数据库(2008-2012年),本研究在插补缺失数据后,使用k-means聚类,推导数据库中住院24h内符合脓毒症3.0标准的总计5784例患者的临床表型。结果 在4种衍生表型中,class1表型最常见(n=2226;38%),class2表型(n=1891;33%),class3表型(n=838;15%),class4表型(n=829;13%)。并且class1表型的累积28d死亡率最低,其次是class4、class3,28d死亡率最高(P<0.001)。结论 在对脓毒症患者数据集的回顾性分析中,发现了4种和临床结局相关的临床表型,这些表型可能有助于理解治疗效果的异质性。

异常寡核苷酸结合折叠域蛋白基因对肝细胞癌DNA复制起始的影响

目的关于异常寡核苷酸结合折叠域蛋白基因(OBGs)通过微小染色体维持(MCM)复合物影响肝细胞癌DNA复制起始的报道较少。文中旨在探讨逆转录相关基因(RTGs)在肝细胞癌中的作用及可变剪接和单核苷酸位点变异(SNV)与基因表达异常的相关性。方法选取150只洁净级昆明小鼠,采用随机数字表法取100只,双前肢腋下注射对数生长期肝细胞癌细胞株H22等渗盐水悬液作为H22组,余50只注射0.2 mL不含H22的等渗盐水作为对照组。从H22组小鼠中选出成瘤小鼠,解剖取出瘤体,从对照组小鼠中取健康肝组织。提取H22组和对照组总RNA,分析差异表达基因。筛选差异表达的逆转录相关DEGs(RDEGs),对RDEGs进行GO和KEGG分析。对RDEGs编码蛋白进行互作分析,对RDEGs多态性与基因表达进行相关性分析。结果肝细胞癌中有193个差异表达的RTGs,共参与2个生物学程序、3个细胞组分、1个分子功能、3个信号通路和3个功能部位;其功能主要集中在DNA复制,尤其复制起始中OBGs参与的MCM复合体及端粒复合体构建。可变剪接分析结果显示,4个RDEGs在基因的3个位点发生了差异表达的可变剪接,且可变剪接与相应基因的表达呈正相关。SNV和INDEL分析显示肝细胞癌组织中共有157个RDEGs,发生1541个SNV和78个INDEL位点的改变;上述基因位点的改变主要发生在基因的6个部位,即外显子区、内含子区、基因间区、基因下游区、基因上游区和拼接区;共有28个基因的SNV改变差异有统计学意义(P<0.05)。基因位点多态性分析结果显示,5个OBGs在肝细胞癌中出现了SNV现象,而健康肝组织中则没有SNV。结论RTGs中的OBGs可能在肝细胞癌中通过自身的基因多态性突变引起MCM复合体及端粒复合体的改变,从而调控DNA复制起始及保护端粒的完整性,进而在癌细胞的增殖过程中发挥重要作用。可变剪接及SNV则可能是一些基因表达的重要调控因素。

肝细胞癌模型小鼠中外泌体来源RNA剪接基因的功能及差异表达分析

目的:探讨模型小鼠肝细胞癌组织(TM)内差异表达的外泌体来源RNA剪接基因(exosome-derived RNAsplicing-related DEGs,ERDs)的变化图谱及AS、SNV和INDEL与基因表达的关系。方法:以健康小鼠肝组织(生理微环境,PM)、模型小鼠无瘤体肝组织(细胞癌前微环境,PTM)和模型小鼠肝细胞癌组织(肿瘤微环境,TM)为材料,分别提取各组样本中的总RNA进行RNA-seq和生物信息学分析,并通过RT-qPCR验证实验结果。结果:与PTM比较,TM中有158个高表达的ERDs;与PM比较,TM中有141个高表达的ERDs;两类对比样本中有21个相同的ERDs在TM中高表达。这21个ERDs主要参与了4个生物学过程(BP)、5个细胞组分(CC)、2个分子功能(MF)和1个信号通路(KEGG pathway)。其功能主要富集在剪接体的功能上,尤其是在剪接体执行剪接过程中ploy(A)RNA结合、核来源的第二步剪接小体的催化作用以及剪接体snRNP组装。结论:TM中高表达的ERDs主要通过poly(A)RNA结合异常,介导错误的RNA剪接和剪接体snRNP组装,可能导致mRNA错乱剪接进而影响模型小鼠肝细胞癌的发生发展。同时,引起基因多态性的可变剪切(AS)、单核苷酸位点变异(SNV)及插入缺失标记(INDEL)与TM中高表达的RNA剪接具有关联性。

实体组织外泌体相关基因参与肝细胞癌病变的分析

目的:探讨肿瘤微环境中外泌体相关组分的分布及其在肝细胞癌中的可能功能。方法:以肝细胞癌模型小鼠的瘤体组织和癌旁组织为实验材料,提取组织中总RNA并通过RNA-seq和生物信息学手段分析相关差异表达基因的功能和其编码蛋白的互作情况,并以RT-qPCR验证实验结果。结果:这些差异表达的相关基因共参与了1个信号通路、1个生物学过程、5个细胞组分和2个分子活性。从富集到的5个细胞组分可以看出,大量相关基因分布于细胞表面或细胞外区域;生物学过程为细胞粘连,分子活性为整联蛋白结合和蛋白酶结合,信号通路则为癌症中的蛋白聚糖。RT-qPCR与RNA-seq的数据比较表明,两种方法所得结果一致。结论:实体组织外泌体相关差异表达基因通过整合素和蛋白酶结合的细胞粘连途径参与肝细胞癌病变。