生物信息学方法分析前列腺癌组织及细胞系中LMNA基因第七外显子点突变

目的探讨前列腺癌中核纤层蛋白A/C(lamin A/C,LMNA)基因第七外显子点突变与LMNA表达差异的相关性。方法采用高通测序分析了永生化正常前列腺上皮细胞(RWPE-1)、低侵袭力前列腺癌上皮细胞(PC-3M-2B4)及高侵袭力前列腺癌上皮细胞(PC-3M-1E8)LMNA基因的12个外显子,识别出在RWPE-1与PC-3M-1E8细胞系中C.1159C>CA(p.L387LI)点突变,定位在1号染色体156106006。为了验证点突变在前列腺癌患者中的分布情况,Pub Med GEO数据库下载了3组数据,分别是100例前列腺癌患者石蜡包埋标本的总RNA测序数据、20例前列腺癌和10例配对正常组织的转录组数据及21种前列腺正常及癌细胞株的测序数据。在1号染色体上选取156105950到156106055范围,设置比对序列CTACGCCTG或者NTACGCCTGTCCCCCAGCCC,每次分析比对长度为50 nt。同时,利用GEO数据库分析了突变点周围序列的特点与功能。最后,转染突变质粒,蛋白质电泳分析LMNA点突变对LMNA蛋白质表达的影响。结果在所有分析的样品中,1号染色体LMNA外显子7从156106006到156106011的区域内,存在2种错义突变形式:C/CA(p.L387LI)、C/CG(p.L387LV)和4种同义突变形式:C/CT(p.L387L)、C/CA(p.R388R)、C/CT(p.R388R)、C/CG(p.R388R)。前列腺癌按格里森(Gleason score,GS)评分系统分组,错义突变的总发生率分别占40%(正常)、11%(GS 5-6)、2%(GS 7)和6%(GS 8-10)。在16种前列腺癌细胞系和5种前列腺良性细胞系中,错义突变的总发生率分别占31%和60%。此外,还发现1号染色体上从156106008到156106066是转录因子结合位点,常见转录因子为PAX5、HEN1(NHLH1)、HTF、P53、MIF1、COMP1和NGFIC(NGF4)。通过功能聚类分析,这些转录因子的功能主要集中在染色质重组及调控、RNA代谢过程的正向调节、组蛋白修饰的调控以及程序性细胞死亡的负调节等方面。高表达突变LMNA的细胞系LMNA及磷酸化LMNA蛋白质表达下调。结论 156106006位点突变多发生在前列腺正常组织和前列腺良性细胞株,与LMNA蛋白质表达密切相关,可能是lamin蛋白质异源性表达的机制之一。

创新训法 苦练精兵——解放军第303医院野战医疗队基地化训练纪实

为提高训练实战化水平，解放军第303医院奉命组成50人的野战医疗队，动用25台车辆、486台（件）装（设）备，以摩托化、铁路机动方式，行程1300余公里，于2014年10月12日至11月2日参加了总部组织的基地化训练。经过20天的训练，野战医疗队得到全面锻炼。