运用生物信息学方法筛选肾透明细胞癌中差异表达的关键基因

目的基于生物信息学方法分析肌动蛋白结合蛋白(ANLN)及其相关分子与肾透明细胞癌(ccRCC)的关系。方法从基因表达综合(GEO)数据库GSE116251和GSE168845数据集中获得ccRCC组织样本和正常肾组织样本表达谱数据,通过R软件筛选出差异表达微小RNA(DEmiRNAs)和差异表达基因(DEGs),并进行功能分析和信号通路富集分析。分析DEmiRNAs及其靶基因表达水平与患者总生存期的相关性,并选择P值最小的靶基因及其相互作用的miRNA与肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库中ccRCC患者的临床特征进行分析。基于人类蛋白质图谱(HPA)数据库,通过免疫组织化学(IHC)方法验证所选基因在ccRCC组织及正常肾脏组织中的蛋白表达。结果R软件共筛选出3个DEmiRNAs和1610个DEGs。生存分析数据库分析结果显示,ANLN基因及其相互作用的微小RNA-200c-3p(miR-200c-3p)与ccRCC患者的总生存期相关。富集分析结果显示,DEmiRNAs在细胞环腺苷酸(cAMP)受体介导的信号传导、溶酶体、磷酸二酯水解酶活性和细胞骨架蛋白结合等方面具有独特的功能。DEmiRNAs主要富集于6条信号通路,即破骨细胞分化、金黄色葡萄球菌感染、细胞黏附分子、补体和凝血级联、吞噬体和原发性免疫缺陷。TCGA数据库分析结果显示,不同TNM分期患者的ANLN、miR-200c-3p表达水平比较,差异有统计学意义(P<0.05)。IHC结果显示,与正常肾脏组织相比,ccRCC组织中的ANLN蛋白表达上调。结论miR-200c-3p及其靶基因ANLN可能参与ccRCC的发展,或可成为ccRCC的潜在生物标志物。