基于宏基因组测序技术研究南方地区健康与腹泻林麝肠道菌群特征

本试验旨在探究腹泻对林麝肠道菌群组成和耐药基因的影响。选取36月龄健康林麝(SZ)和腹泻林麝(SF)各3头,采集所有个体粪便并进行宏基因组测序分析。结果表明:SF组Shannon指数降低,有益菌梭菌属(Clostridium)和Lactonifactor longoviformis的丰度显著低于SZ组(P<0.05),而致病菌埃希氏菌属(Escherichia)、大肠杆菌(Escherichia coli)的丰度显著高于SZ组(P<0.05)。进一步分析肠道菌群功能,在CAZy功能分析中,差异显著基因来自糖苷水解酶类、糖基转移酶类、多糖裂解酶类和碳水化合物结合横块;在CARD抗性基因分析中,林麝主要抗性基因由9大类组成,占比较多的是利福霉素类(45.65%)、林可酰胺类(10.29%)和多肽类(7.11%);抗性基因来源较多的菌门主要有3个,分别为厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和变形菌门(Proteobacteria);LEfSe分析显示,SF组显著抗性基因多于SZ组,主要由变形菌门贡献。综上所述,腹泻会导致林麝肠道菌群多样性降低,肠道致病菌和抗性基因增加,表明临床上对细菌性腹泻治疗要注重细菌耐药性。