血清蛋白质组高丰度蛋白去除方法比较研究

基于健康人群(HC)和肝癌人群(HCC)的血清样本,本研究比较了高选择Top14高丰度蛋白去除试剂盒(Top14)、DMB低丰度蛋白富集试剂盒(DMB)2种血清蛋白质组前处理方案的优劣势。对于HC样本,DMB处理组鉴定的蛋白质数量是Top14处理组的2.6倍,是未处理血清原液(Blank)样本的3.9倍;对于HCC样本,DMB处理组鉴定的蛋白质数量是Top14处理组的3.7倍,Blank组的6.2倍。通过分析蛋白组的丰度排序散点图,发现Top14预处理对高丰度蛋白质的去除效果显著;但相较于DMB预处理,低丰度蛋白质的鉴定覆盖率较低。在蛋白质组鉴定频率方面,DMB处理样本中可定量蛋白质数量明显多于Top14处理组和Blank组。Top14处理组和Blank组中鉴定的蛋白质超过50%可在DMB处理组中被鉴定到,且其鉴定蛋白质的KEGG分析结果基本可在DMB方案中被覆盖。在DMB预处理的肝癌血清中鉴定到47个差异蛋白质,而在Top14处理组和Blank组中分别只鉴定到15、17个差异蛋白质。通过对各组差异蛋白质编码基因的KEGG分析,DMB、Top14预处理组和Blank样本的差异蛋白质分别富集到21、5、1条通路,表明DMB预处理更适用于血清样本蛋白质组的分析。基于DMB预处理方法,本研究发现HSP90AB1、SPP1、ACTR3、SNCA、PECAM1和SRC在肝癌血清样本中显著上调,可作为肝癌筛查候选生物标志物。