[目的]基于网络药理学和分子对接方法,挖掘姚乃礼教授健脾祛湿解毒通络方治疗幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,Hp)感染的作用机制。[方法]应用中药系统药理学分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology,TCMSP),检索...[目的]基于网络药理学和分子对接方法,挖掘姚乃礼教授健脾祛湿解毒通络方治疗幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,Hp)感染的作用机制。[方法]应用中药系统药理学分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology,TCMSP),检索并获取健脾祛湿解毒通络方药物的活性成分及靶点,通过人类孟德尔遗传在线(Online Mendelian Inheritance in Man,OMIM)、人类基因综合数据库(Human Gene Comprehensive Database,GeneCards)和DrugBank数据库获取Hp感染相关靶点,对药物靶点与疾病靶点取交集,作为健脾祛湿解毒通络方治疗Hp感染的潜在作用靶点。采用Cytoscape 3.7.0软件构建药物-成分-共有靶点网络,通过STRING网站构建蛋白互作(protein protein interaction,PPI)网络,通过Metascape平台进行基因本体(gene ontology,GO)分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析。利用AutoDock软件,对核心靶点和度值前5位的主要活性成分进行分子对接。[结果]健脾祛湿解毒通络方治疗Hp感染有126个靶点,涉及118个活性成分,Cytoscape 3.7.0软件筛选出槲皮素、β-谷甾醇、金合欢素、山柰酚、豆甾醇等主要活性成分,PPI网络分析后得到肿瘤蛋白P53(tumor protein p53,TP53)、信号转导和转录激活因子3(signal transducer and activator of transcription 3,STAT3)、转录因子p65(transcription factor p65,RELA)、丝裂原活化蛋白激酶3(mitogen-activated protein kinase 3,MAPK3)、酪氨酸蛋白激酶B1(threonine protein kinase B1,AKT1)、MAPK1、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)、白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)等核心靶点,参与对脂多糖的反应、对外来刺激的反应等生物过程,涉及癌症相关通路、叉头框转录因子O(forkhead box protein O,FOXO)、缺氧诱导因子-1(hypoxia induced factor-1,HIF-1)、核因子-κB(nuclear factor-κB,NF-κB)信号通路等多条通路。分子对接结果表明,健脾祛湿解毒通络方主要活性成分与核心靶点结合能力较强,验证了上述预测结果。[结论]健脾祛湿解毒通络方中多种成分可作用于Hp感染相关靶点,通过多条通路发挥作用,为深入研究健脾祛湿解毒通络方治疗Hp感染提供了参考。展开更多
文摘[目的]基于网络药理学和分子对接方法,挖掘姚乃礼教授健脾祛湿解毒通络方治疗幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,Hp)感染的作用机制。[方法]应用中药系统药理学分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology,TCMSP),检索并获取健脾祛湿解毒通络方药物的活性成分及靶点,通过人类孟德尔遗传在线(Online Mendelian Inheritance in Man,OMIM)、人类基因综合数据库(Human Gene Comprehensive Database,GeneCards)和DrugBank数据库获取Hp感染相关靶点,对药物靶点与疾病靶点取交集,作为健脾祛湿解毒通络方治疗Hp感染的潜在作用靶点。采用Cytoscape 3.7.0软件构建药物-成分-共有靶点网络,通过STRING网站构建蛋白互作(protein protein interaction,PPI)网络,通过Metascape平台进行基因本体(gene ontology,GO)分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析。利用AutoDock软件,对核心靶点和度值前5位的主要活性成分进行分子对接。[结果]健脾祛湿解毒通络方治疗Hp感染有126个靶点,涉及118个活性成分,Cytoscape 3.7.0软件筛选出槲皮素、β-谷甾醇、金合欢素、山柰酚、豆甾醇等主要活性成分,PPI网络分析后得到肿瘤蛋白P53(tumor protein p53,TP53)、信号转导和转录激活因子3(signal transducer and activator of transcription 3,STAT3)、转录因子p65(transcription factor p65,RELA)、丝裂原活化蛋白激酶3(mitogen-activated protein kinase 3,MAPK3)、酪氨酸蛋白激酶B1(threonine protein kinase B1,AKT1)、MAPK1、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)、白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)等核心靶点,参与对脂多糖的反应、对外来刺激的反应等生物过程,涉及癌症相关通路、叉头框转录因子O(forkhead box protein O,FOXO)、缺氧诱导因子-1(hypoxia induced factor-1,HIF-1)、核因子-κB(nuclear factor-κB,NF-κB)信号通路等多条通路。分子对接结果表明,健脾祛湿解毒通络方主要活性成分与核心靶点结合能力较强,验证了上述预测结果。[结论]健脾祛湿解毒通络方中多种成分可作用于Hp感染相关靶点,通过多条通路发挥作用,为深入研究健脾祛湿解毒通络方治疗Hp感染提供了参考。
