基于流式细胞术和K-mer分析的广金钱草基因组大小估测

目的估测广金钱草的基因组大小,为广金钱草基因组测序提供依据。方法采用流式细胞术和全基因组调查(Genome Survey)相结合的方法预估广金钱草基因组大小和杂合度。以OTTO裂解液提取广金钱草细胞核,碘化丙啶对细胞核染色,以番茄为内参,运用流式细胞术预估广金钱草基因组大小;通过第二代高通量测序技术对广金钱草基因组进行低覆盖度评估,利用生物信息学方法估算GC含量、杂合率、重复序列等。结果流式细胞术估算广金钱草的基因组大小为(654.80±11.88)Mbp,经Genome Survey测定获得广金钱草有效数据99.18 Gb,总测序深度约为153.86×,估计基因组的大小约644.62 Mbp,杂合率约0.07%,重复序列含量约59.71%。结论两种方法测得广金钱草基因组大小基本一致,基因组大小适中,杂合度较低,适合进一步的结构基因组研究。