家蚕和野桑蚕脂肪酸脱氢酶desat4全长cDNA和启动子的克隆及其原核表达

【目的】获得家蚕Bombyx mori和野桑蚕Bombyx mandarina脂肪酸脱氢酶基因desat4的cDNA及其启动子序列,并应用原核表达系统获得目的蛋白质,为进一步研究该基因的功能提供基础。【方法】利用RACE技术克隆家蚕和野桑蚕desat4基因全长cDNA序列,基于家蚕全基因组序列设计引物克隆它们的启动子,并采用原核表达技术对该基因进行异源表达。【结果】克隆得到家蚕与野桑蚕desat4基因全长cDNA,长度分别为1717 bp和1718 bp,ORF长度为1059 bp,编码352个氨基酸残基,结构上有3个组氨酸保守区和4次跨膜结构域,说明该蛋白质是膜蛋白。同源性分析发现Desat4氨基酸序列与烟草天蛾Manduca sexta MsexKPSE脱氢酶拥有88.9%相似性。克隆获得的家蚕和野桑蚕desat4基因启动子序列长度分别为1808 bp和870 bp,该区域包含有热休克因子HSF(heat shock factor)结合位点、NIT2结合位点和CdxA(caudal type homeobox transcription factor A)结合位点等等,并未发现有典型的TATA-box,但在靠近5'-UTR区域发现了转录起始因子特征序列。时期表达谱分析显示desat4基因从刚产下卵到成虫(蛾)的36个不同发育时间点都有持续稳定的表达。应用原核表达系统成功地表达了Desat4蛋白质,并用温和变性剂十二烷基-β-D-麦芽吡喃糖苷(dodecy l-β-D-maltoside,DDM)就能很好地促进该蛋白质的溶解。【结论】本研究成功地克隆了家蚕和野桑蚕desat4基因全长cDNA及其启动子序列并进行了序列比对分析,构建了desat4基因的原核表达载体并成功表达,为进一步研究该基因的功能提供参考。

家蚕Atlastin基因(BmATL)的鉴定及表达模式

Atlastin基因是人类遗传性痉挛性截瘫(hereditary spastic paraplegia,HSP)疾病的致病基因之一。Atlastin蛋白具有典型的GTP结合(GBP)结构域和2个相邻的跨膜结构,被定位在高尔基体和内质网膜上,具有运输小囊泡的功能。用人类和果蝇的Atlastin基因序列对家蚕基因组数据库进行同源搜索,鉴定得到4个同源基因,命名为BmATL1-BmATL4。生物信息学分析显示这4个基因编码的蛋白质都有GBP结构域,其中:BmATL1和BmATL2的分子质量约60 kD,有2个相邻的跨膜结构;BmATL3和BmATL4的分子质量约85 kD,没有跨膜结构。表达谱分析表明BmATL1和BmATL2在家蚕5龄第3天幼虫各组织都有低量表达,BmATL3和BmATL4在血细胞中特异高量表达。综合分析提示:BmATL1与人类和果蝇Atlastin的分子质量、结构域和表达谱特征相似。

家蚕感受神经膜蛋白基因SNMP1的序列分析及原核表达

昆虫的感受神经膜蛋白SNMP1(sensory neuron membrane protein)可能是一种与嗅觉相关的功能蛋白。家蚕感受神经膜蛋白基因SNMP1(GenBank登录号:NM_001043721.1)由8个外显子和7个内含子组成,ORF长度为1 569 bp,编码522个氨基酸残基,蛋白质分子质量为58.76 kD,理论等电点为8.58,具有6个保守半胱氨酸残基、3个预测的N连接糖基化位点(67 NXT、229NXS/T、440 NXT)、1个CD36结构域。跨膜结构域预测发现家蚕SNMP1具有位于N端和C端的2个跨膜结构域以及1个大的胞内环,与果蝇的SNMP1跨膜拓扑结构正好相反;信号肽分析发现前24个氨基酸残基为信号肽序列,且11～24 aa序列片段位于第1个跨膜结构域内。组织表达谱分析显示家蚕SNMP1基因在成虫触角特异表达,在成虫的其它组织和幼虫触角中无表达。应用原核表达系统对家蚕SNMP1基因CDS序列和去掉两端跨膜结构域的截短序列进行体外表达,SDS-PAGE和Western blotting检测结果显示目的基因已成功地在大肠杆菌细胞表达,为进一步研究家蚕SNMP1在触角的细胞定位及功能打下了基础。

家蚕空泡型ATP酶(V-ATPase)基因的基本信息及表达特征

【目的】鉴定家蚕(Bombyx mori)中的空泡型ATP酶(vacuolar-type ATPase,V-ATP酶)A、B亚基的编码基因,并调查其在家蚕幼虫5龄第3天不同组织和上蔟时期丝腺不同区段的表达特征。【方法】利用生物信息学的方法鉴定家蚕的V-ATP酶A、B亚基的编码基因并在线预测V-ATP酶两个亚基所具有的结构域,采用软件将其分别与其他物种中V-ATP酶A、B亚基的氨基酸序列进行同源序列比对和进化树的构建,通过荧光定量PCR技术分析家蚕V-ATP酶A、B亚基的编码基因在5龄第3天家蚕各组织的表达情况。进一步利用向家蚕幼虫上蔟时期的气孔注射pH值指示剂溴酚蓝,对丝腺进行染色,通过颜色变化对丝腺不同区段的pH值进行调查。最后,采用荧光定量PCR对家蚕上蔟时期丝腺不同区段V-ATP酶A、B亚基编码基因的表达情况进行分析。【结果】获得了家蚕V-ATP酶A、B亚基的编码基因BGIBMGA008295(GenBank登录号NM_001098359.1)和BGIBMGA002241(GenBank登录号NM_001098358.1)。结构域预测发现这两个亚基均具有3个非常保守的结构域,分别为位于N端的β筒结构域、序列中部的核苷酸结合结构域和C端结构域。将这两个基因编码的V-ATP酶A、B亚基的氨基酸序列与其他物种V-ATP酶A、B亚基的氨基酸序列进行同源性比对和进化树的构建,同源比对结果发现不同物种中V-ATP酶A、B亚基的氨基酸相似度为90%,保守结构域间相似度高达95%以上,说明不同物种间V-ATP酶A、B亚基高度保守。进化树显示家蚕V-ATP酶A、B亚基与同属于鳞翅目的其他昆虫的V-ATP酶A、B亚基亲缘关系较近。5龄第3天家蚕各组织中V-ATP酶A、B亚基编码基因的荧光定量PCR结果显示,这两个基因主要在中肠、脂肪体、生殖腺和丝腺中表达。使用溴酚蓝染色的方法分析上蔟期丝腺不同区段的pH情况,结果显示家蚕后部丝腺、中部丝腺后区和中区为中性或碱性环境,中部丝腺前区pH急剧下降到酸性环境,前部丝腺也为酸性环境。进一步对V-ATP酶A、B亚基编码基因在上蔟期丝腺不同区段进行表达情况分析,发现V-ATP酶A、B亚基基因在前部丝腺和中部丝腺前区高量表达,推测V-ATP酶可能与这两个区域低pH环境的产生和维持相关。【结论】明确了V-ATP酶在家蚕各组织的表达情况,V-ATP酶可能与中部丝腺前区和前部丝腺腺腔的酸化相关,这为进一步研究V-ATP酶的生理功能提供了理论依据。

家蚕防御素基因的序列特征与表达模式分析及原核表达试验

家蚕防御素(defensin)是家蚕抗菌肽家族的主要成员之一,为家蚕先天性免疫的重要效应因子。采用生物信息学方法分析家蚕防御素基因BmdefA、BmdefB的序列中各有2个外显子,2个基因分别定位于家蚕第4号和第13号染色体上;等电点预测BmdefA带有负电荷,属于罕见的阴离子型抗菌肽,而BmdefB带有正电荷,属于常见的阳离子型抗菌肽;预测2个基因编码的成熟肽分子质量均在4 kD左右。用RT-PCR方法检测BmdefA在家蚕整个发育过程中有表达,且在检测的幼虫和成虫各组织中均有表达;BmdefB从幼虫5龄第3天到成虫期表达,雄性表达量高于雌性,且在5龄第3天幼虫的生殖腺、脂肪体和血细胞中高水平表达。家蚕防御素BmdefA、BmdefB具有不同的分子特性和表达特征,暗示它们在家蚕先天免疫过程中可能行使不同的功能,甚至可能具有不同的抗菌机理。构建融合GST标签的家蚕防御素基因原核表达载体,通过在大肠杆菌细胞内诱导表达,获得可溶性的目的蛋白,使用GST亲和层析柱初步纯化表达的融合蛋白并进行Western blotting鉴定,为进一步研究BmdefA、BmdefB的体外活性和抑菌机制奠定基础。

家蚕谷胱甘肽-S-转移酶E4基因的组织表达和序列特征及重组蛋白的酶活性分析

昆虫体内的谷胱甘肽-S-转移酶(GSTs)主要行使对异生或内源有毒物质进行代谢解毒的功能。选择家蚕谷胱甘肽-S-转移酶E4的编码基因Bmgste4为靶标,研究其组织表达谱、序列结构特征及原核表达重组蛋白的酶活性。RT-PCR检测不同组织表达特征的结果显示,Bmgste4基因在家蚕5龄第3天幼虫的头部、触角、下颚须、表皮、脂肪体、丝腺以及雄性个体的马氏管和雌性个体的卵巢中均有表达,而在血细胞、中肠以及雄性个体的精巢和雌性个体的马氏管中不表达。多序列比对结果显示BmGSTE4具有完整和保守的GST二级结构特征,N端氨基酸残基保守,特别是谷胱甘肽结合位点。构建插入Bmgste4基因开放阅读框片段的重组表达质粒p28-Bmgste4,并转化E.coli Rosetta(DE3)感受态细胞进行原核表达后,利用分光光度法测定重组蛋白对通用底物1-氯-2,4-二硝基苯的酶活参数:Km=0.58 mmol/L,Vmax=24.55μmol/(mg.min)。这些结果为进一步研究家蚕体内解毒和抗药性机制以及开发鳞翅目害虫新型生物防治药剂提供了基础信息。

地方医学院校新进教师进行生物化学课程备课的体会

生物化学课程是医学专业学生必修的基础主干课程之一,在学生学习基础理论知识过程中具有重要的地位。由于生物化学课程涉及的内容多、概念抽象,因此想要取得良好的教学质量和教学效果,需要做好教学前的准备工作。尤其是对于教学经验尚缺的新进教师,备好课就显得尤为重要。本文详述了地方医学院校青年教师可从树立教师责任感、了解教学对象的专业和课时数、充分利用教学团队资源、搜集教学资源并深入掌握教学内容和学习并掌握现代化教学技术等五个方面开展教学前的准备工作。

结直肠癌中辅酶Q_(10)的功能及分子机制探讨

目的:探索辅酶Q_(10)(coenzyme Q_(10),CoQ_(10))对结直肠癌细胞增殖和迁移能力的影响及潜在分子机制。方法:使用CoQ_(10)分别处理SW480细胞和RKO细胞后,采用细胞计数和细胞划痕实验探究CoQ_(10)对结直肠癌细胞增殖和迁移能力的影响;采用流式细胞术探究CoQ_(10)对结直肠癌SW480细胞周期和细胞凋亡的影响;采用RNA-seq测序分析CoQ_(10)对结直肠癌RKO细胞系基因表达谱的影响,将差异表达基因进行GO和KEGG通路分析,最后采用定量RT-PCR验证RNA-seq结果。结果:(1)CoQ_(10)对结直肠癌细胞系SW480的细胞增殖、细胞周期、细胞凋亡和细胞迁移均无明显影响,对结直肠癌细胞系RKO的细胞增殖也无明显影响,但可抑制RKO细胞迁移。(2)CoQ_(10)处理结直肠癌RKO细胞后的RNA-seq结果表明,差异表达基因明显富集于细胞黏附分子信号通路、细胞外基质受体信号通路和胆固醇信号通路等。定量RT-PCR验证结果表明,CoQ_(10)处理确实可导致胆固醇合成通路中的PCSK9、HMGCR、HMGCS1和DHCR7基因表达明显上调,提示CoQ_(10)可能通过调节这些基因的表达来抑制结直肠癌细胞RKO的迁移。结论:CoQ_(10)对结直肠癌细胞的增殖无明显影响,但可通过参与调节胆固醇代谢而抑制部分结直肠癌细胞的迁移能力。

关于代谢物组和代谢物组学术语的规范使用

本文结合代谢物组学相关研究历史及最新进展,对代谢物组(metabolome)和代谢物组学(metabolomics),以及代谢组(metabonome)和代谢组学(metabonomics)四个术语的词源和译名进行了较为系统的考证辨析。综合考虑术语的词源、概念内涵和逻辑合理性等,我们认为代谢物组(metabolome)和代谢物组学(metabolomics)更为科学和合理,具有更广泛的接受度和更高的传播度,因此建议优先规范使用。