两例不同核型多发性骨髓瘤标本的三维基因组特征分析

目的本研究旨在探讨染色质空间结构在正常核型和复杂核型这两类多发性骨髓瘤患者中的功能差异及其潜在影响。方法本研究对1例1q21伴复杂核型和1例正常核型多发性骨髓瘤患者的浆细胞进行高通量染色体构象捕获(Hi-C)分析,解析两者在三维基因组结构的差异,并联合浆细胞的转录组特征,通过基因功能富集理解这些差异特征。结果2个病例的36%染色质区室(compartment)发生了A/B转变(A/B switch),其中复杂核型的患者有1041个基因发生B到A的转变。每个标本鉴定到3500个左右的拓扑关联域(TAD),没有明显的差异;而复杂核型样鉴定的loop数量为1069个,为正常样本的1/6,3种不同类型的loop在数量上也有明显差异,一定程度反应了其基因组稳定性的丧失。通过转录组分析显示两名患者在表达谱上也有很大差异,共鉴定6150个差异表达基因(3303个上调基因和2847个下调基因)。结论1q21复杂核型多发性骨髓瘤患者相较正常核型患者,浆细胞染色质不同层次的空间结构发生了较为明显的变化,从而引起基因的表达改变,激活癌症进展相关通路。