植物SSR引物开发策略简述

SSR是一种优秀的分子遗传标记,已经广泛应用到遗传多样性检测、遗传种质鉴定、遗传连锁图谱构建、基因定位与标记辅助育种等多个领域。但SSR标记应用的前提是根据物种已知DNA序列设计特异引物,才能进行PCR扩增。对于大多数物种而言,目前获得的基因组DNA及表达的cDNA序列还非常有限或者根本没有。由此人们不断的设计出各种方法以开发出尽可能多的SSR引物,本文简要地介绍了基于序列数据设计和发展SSR引物的方法,这对于全基因组序列已经测序的或者已经拥有丰富DNA数据的物种是非常快捷的策略。对于那些遗传背景复杂或知之甚少或基因组数据有限的物种,本文也系统的介绍了传统的文库法、富集法等开发SSR引物的策略。进一步的本文结合本实验室的研究经验,对FIASCO磁珠富集法和ISSR-抑制PCR法进行了比较。

磁珠富集法开发北柴胡多态性简单序列重复标记

目的:利用磁珠富集法分离北柴胡微卫星序列,以开发北柴胡微卫星引物,获得有多态性的简单序列重复(SSR)标记。方法:用生物素标记的混合探针(AC)15、(AG)15、(MAB)12和两端连接已知序列人工接头的北柴胡基因组DNA酶切片段混和后与磁珠杂交,构建微卫星序列富集的小片段插入文库;利用接头引物分别与生物素探针引物Biotin-(AC)15、Biotin-(AG)15、Biontin-(MAB)12形成3个组合,用PCR方法对文库进行初步筛选;对可能的阳性克隆子进行测序复筛,选取微卫星侧翼序列足够长的序列设计引物,用荧光标记的基因分型技术以栽培柴胡种质为材料分析其多态性。结果:开发了5对多态性SSR标记,它们在5份柴胡栽培种质中共扩增出30.70个多态性等位基因,平均每条引物可以扩增出6.14个多态性等位基因;观察等位基因数最多13个,最少3个;有效等位基因数最多11.4个,最少1.6个。同时分析了4对EST-SSR引物,比较了2种SSR标记扩增结果。结论:磁珠富集法是开发柴胡多态性SSR标记的有效方法。

濒危南药白木香愈伤组织总RNA提取方法研究

分别采用SDS-酸酚法、CTAB法、异硫氰酸胍法提取白木香愈伤组织总RNA,通过比较发现,异硫氰酸胍法提取白木香愈伤组织总RNA的效果比其他两种方法更好。利用异硫氰酸胍法提取的白木香愈伤组织总RNA具有较好的完整性,OD260/OD280介于1.8～2.0之间。成功建立了白木香愈伤组织总RNA快速提取方法,可为其他药用植物总RNA提取提供借鉴。

中药沉香品质评价研究进展

沉香为传统名贵中药,临床使用广泛。针对沉香药材质量混乱,同时缺乏有效质量控制方法的现状,本文对沉香的常规鉴别方法,挥发油和色酮类化合物的组分评价方法进行综述,为建立科学、合理的沉香品质评价方法提供参考。

对《中国药典》2010年版沉香药材薄层鉴别方法的改进

目的对《中国药典》2010年版沉香药材薄层鉴别方法进行改进。方法通过改进供试品溶液制备方法、更换薄层层析板以及优化薄层色谱检视方法。结果采用改进后方法与药典方法获得的沉香薄层色谱在R f=0.41、0.51、0.63、0.83、0.87和0.91处均有颜色相同的荧光斑点。结论改进后的方法制备供试品溶液操作方便,可以有效地避免乙醚在超声过程中大量挥发,且改进后的检视方法可以减小出现假阳性结果的可能性,该方法可用于沉香药材薄层色谱鉴别以及对沉香样品的品质等级进行初步判断。

白木香结香机制研究进展及其防御反应诱导结香假说

白木香是我国生产名贵芳香类药材沉香的唯一植物来源,健康的树体不能产生沉香类物质,必须受到真菌侵染或物理、化学伤害后才能够产生。目前有真菌侵染、物理伤害、化学伤害及激发子诱导白木香结香的研究报道。根据以往的研究,提出了"白木香防御反应结香假说"。

北柴胡皂苷生物合成途径关键酶IPPI的全长cDNA克隆及其序列分析

目的克隆北柴胡皂苷生物合成途径关键酶异戊烯基焦磷酸异构酶(EC 5.3.3.2,isopentenyl diphosphate isomerase,IPPI)的全长cDNA,为研究柴胡皂苷的生物合成与基因调控奠定基础。方法 PCR矩阵法快速筛选北柴胡全长cDNA文库。结果获得了北柴胡IPPI的全长cDNA(GenBank No.gq433719),其核苷酸序列长1 117bp,编码319个氨基酸的蛋白。NCBI Blastx结果显示与胡萝卜Daucus carotasubsp.sativus(abb52064)的IPPI氨基酸序列相似性最高,一致性为92%,相似度为97%。保守结构域搜索显示含有IPPI共有的催化活性位点、金属结合位点及Nudix基序。TargetP1.1和SignalP3.0分析表明北柴胡IPPI N端含有长26 bp的叶绿体信号肽。结论首次克隆了北柴胡IPPI的全长cDNA,将促进后续北柴胡IPPI基因表达特性及其在柴胡皂苷合成代谢中功能的研究。

环境因子导致的植物防御反应与药用次生代谢物的合成和积累

介绍植物防御反应与药用次生代谢物合成积累之间的关系,以及采用植物防御反应方法提高植物体内药用次生代谢产物含量的研究进展。