应用肿瘤数据库信息分析HMCN1基因在胃腺癌中的表达及其作用机制

目的:通过对癌症基因图谱(the Cancer Genome Atlas,TCGA)等相关数据库的信息挖掘,研究HMCN1基因在胃腺癌中的表达,探讨其与胃腺癌发生发展的潜在机制。方法:获得Cbioportal在线分析TCCGA数据库中289例胃腺癌患者的RNA数据,结合患者的生存时间信息,应用Kaplan-Meier法分析HMCN1变异与胃腺癌患者生存之间的关系。利用基因表达谱动态分析(GEPIA)数据库信息,搜索HMCN1 mRNA在正常胃腺组织与胃腺癌组织表达的区别,分析其在不同病理分期中的表达情况。应用Genecards数据库收集与HMCN1基因的相关蛋白,绘制HMCN1相关蛋白网络图,对相关蛋白进行富集分析,分析蛋白富集的信号通路、生理过程及关键下游蛋白。结果:289例胃腺癌中有66例(23%)发生HMCN1基因突变,HMCN1变异组总生存时间长于无变异组(P=0.015 3),变异组无病生存时间与无变异组生存时间差异无统计学意义(P=0.052 3)。胃腺癌组织中HMCN1 mRNA表达明显高于正常胃腺组织;与HMCN1相关的蛋白有CTDSPL、DDX1、CLP1、CFB等25个,其中CTDSPL蛋白在胃腺癌中表达降低,相关蛋白富集分析得到Wnt信号通路、Hippo信号通路、丝氨酸型内肽酶活性通路等细胞组织生理活动。结论:胃腺癌组织中HMCN1 mRNA呈高表达,其可能通过促进CTDSPL蛋白降解发挥抑癌基因的作用。

细胞周期蛋白依赖性激酶抑制蛋白2A基因拷贝数变异及其与胰腺癌患者预后的关系

目的:探讨细胞周期蛋白依赖性激酶抑制蛋白2A(CDKN2A)基因在胰腺癌中的拷贝数变异(CNV)情况及其与胰腺癌患者预后的关系。方法:利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库CNV与RNA Seq V2数据分析CDKN2A基因CNV与其mRNA表达水平的相关性,以及CDKN2A基因CNV对其他基因表达的影响。通过比对TCGA数据库及GTEx数据库比较CDKN2A基因在正常人与胰腺癌患者的表达差异,并分析CDKN2A基因CNV与胰腺癌患者预后的关系。应用DIVAD中基因本体分析(GO分析)联合KEGG对CDKN2A和其相关共表达基因进行功能基因富集分析。结果:通过对TCGA数据库挖掘发现,CDKN2A基因CNV与其mRNA表达呈正相关(Pearson:r=0.102,Spearman:r=0.257)。CDKN2A基因CNV胰腺癌中HOXC6、SLC2A1 mRNA表达水平明显升高,GGA2、MTAP mRNA表达水平明显降低(均P<0.05)。相关性研究发现,CDKN2A基因与MTAP mRNA呈明显正相关(Pearson:r=0.42,Spearman:r=0.55)。通过对GTEx数据库分析,发现CDKN2A基因在胰腺癌组织中表达明显高于正常胰腺组织(P<0.05)。携带CDKN2A基因CNV的胰腺癌患者总生存率与无瘤生存率均明显低于不携带该基因CNV的胰腺癌患者(均P<0.05)。通过对包括CDKN2A相关共表达基因功能富集分析发现,这些共表达基因的功能主要集中于细胞周期的信号通路。结论:CDKN2A基因CNV在胰腺癌中是一种不良预后因素,可作为预测胰腺癌预后的指标。

下调G蛋白信号调控因子2表达对胰腺癌细胞化疗敏感性的影响

目的:探讨下调G蛋白信号调控因子2(GPSM2)表达对胰腺癌细胞化疗敏感性的影响。方法:构建GPSM2低表达的胰腺癌MIA-PaCa-2细胞并鉴定;将16只裸鼠随机均分为两组,分别皮下接种GPSM2低表达与自然表达的MIA-PaCa-2细胞构建荷瘤模型,两组中分别一半注射吉西他滨(100 mg/kg),一半注射等体积生理盐水(腹腔注射,3次/周,共注射4周),绘制瘤体生长曲线,并于末次注射后第3天处死裸鼠,测量肿瘤体积。结果:成功构建GPSM2表达下调的MIA-PaCa-2细胞。移植瘤的生长速度与体积大小的趋势均表现为GPSM2自然表达+生理盐水组>GPSM2自然表达+吉西他滨组>GPSM2低表达+生理盐水组>GPSM2低表达+吉西他滨组。析因设计分析结果显示,单独吉西他滨或单独下调GPSM2基因表达对于抑制裸鼠瘤体生长的主效应均具有统计学意义(均P=0.000);吉西他滨联合下调GPSM2基因表达对于抑制裸鼠瘤体生长的交互效应尚未达到统计学意义(P=0.073);但吉西他滨联合下调GPSM2基因表达对于肿瘤生长的抑制作用相对于单独吉西他滨或单独下调GPSM2基因表达的单独效应均有统计学意义(P=0.000、0.003)。结论:下调GPSM2基因表达是否有增强胰腺癌细胞化疗敏感性的作用尚不确定,但下调GPSM2基因表达的同时予以化疗对胰腺癌生长的抑制效果明显强于两者单独作用。