基于蛋白质-DNA复合物晶体结构的DNA结构动力学特性研究

依据最新NDB数据库中蛋白质-DNA复合物晶体结构数据,考虑DNA结构的序列依赖特性,对10个二联体和36个约化的四联体计算了DNA动力学结构模型中的关键参数——力常数矩阵,矩阵中的非对角项反映了结构参数间的关联。利用改进的DNA结构动力学模型,可以方便地计算给定序列的结构动力学特性。

基因治疗在神经系统中的应用

神经系统疾病是一直困扰人类、威胁人类生命的一类顽固性疾病。基因治疗(gene therapy)将可能为这一系统疾病的治疗提供一个全新的方法。综述了基因治疗在帕金森氏病、阿尔茨海默病、Huntington舞蹈病神经系统疾病中的应用。

阜宁农民们的新选择

正月初五，正是人们走亲访友、欢度佳节的时刻，阜宁县劳动力交流大厅内却是人声鼎沸，全县各镇农村劳动力像赶集似地纷纷来到这里，原来，阜宁正在举办县内企业专场招聘洽谈会。

对高考英语单项选择和语法填空的比较研究——以2011—2013年高考英语试卷为例

随着高考英语科改革的不断推进，语法填空将取代单项选择作为高考考查语言知识的主要题型。本文以2011-2013年全国各省市高考英语试卷为例，针对其中的单项选择和语法填空试题，从考点分布、考查内容和考查形式三个方面入手进行比较分析，基于分析结果指出高考语法填空取代单项选择的合理性，并给出教学和备考建议：在夯实语言基础的同时，教师要利用多种教学手段，加强对学生语篇意识和精读分析能力的培养，提高学生的综合语言运用能力。在复习备考阶段，教学要结合语法填空的命题特点，引导学生尽快适应这一新题型。

苹果叶绿体基因组特征分析（英文）

苹果(Malus×domestica)是最重要的温带水果之一。为了能更好的了解本种的分子生物学基础,对已发布的苹果叶绿体全基因组序列进行了结构特征分析。结果显示苹果的叶绿体基因组全长为160 068bp,具有典型的被子植物叶绿体基因组的环状四分体结构,包含大单拷贝区(LSC),小单拷贝区(SSC)和两个反向互补重复区(IRs),长度分别为88184bp,19180bp和26352bp。基因组共有135个基因(20个基因分布在反向互补重复区,因此整个基因组包含115个不同的基因)。按照功能进行分类,这115个基因包括81个蛋白质编码基因,4个rRNA编码基因和30个tRNA基因。其中,ycf15,ycf68和infA三个基因包含多个终止密码子,推测可能为假基因。苹果的基因组结构,基因顺序,GC含量和密码子使用偏好均与典型的被子植物叶绿体基因组类似。在苹果的叶绿体基因组中,共检测到30个大于30bp的重复序列,其中包括21串联重复,6个正向重复和3个反向重复序列;并检测到237个简单重复序列(SSR)位点,大部分的SSR位点都偏向于A或者T组成。此外,每10000bp非编码区平均分布有24个SSR位点,而编码区平均有5个SSR位点,表明SSRs在叶绿体基因组上的分布是不均匀的。本文对苹果叶绿体基因组序列特征的报道,将有助于促进该种的居群遗传学、系统发育和叶绿体基因工程的研究。

基于结构信息的蛋白质相互作用规律的研究

蛋白质-蛋白质相互作用是蛋白质发挥其功能的重要途径之一。作者基于相互作用蛋白质数据库、基因本体数据库和蛋白质结构分类数据库(structural classification of proteins,SCOP),结合SWISS-PROT等相关数据库中蛋白质功能注释信息,定义描述蛋白质相互作用倾向性的参数,对酿酒酵母定位于不同细胞器蛋白、部分膜蛋白,以及酿酒酵母、线虫和大肠杆菌按SCOP分类的不同结构类蛋白质之间相互作用规律进行研究。结果表明各种细胞器、膜和结构类蛋白质之间相互作用确实存在明显的偏向性。

MIR166基因家族在陆生植物中的进化模式分析(英文)

MicroRNA(miRNA)是一类广泛存在于真核生物中的具有转录后水平调控功能的内源非编码小分子RNA。在植物中,miRNA通过对靶基因的剪切或沉默来实现对植物生命活动的调控,它是基因表达调控网络的重要组成部分。miR165/166(miR166)是陆生植物中最为古老的MIRNA家族之一,它通过对3型同源异域型-亮氨酸拉链(HD-ZIP III)等靶标的调控,在植物的众多发育时期起着关键的调控作用。本文分析了MIR166基因在陆生植物中的进化关系,并对MIR166在基部陆生植物小立碗藓(Physcomitrella patens)中的复制及进化进行了研究。此外,HD-ZIP III蛋白是植物中重要的一类转录因子,miR166对HD-ZIP III基因的调控作用在陆地植物保守的存在,本文对HD-ZIP III基因和miR166在进化中的相互作用进行了初步的探讨。

基于Illumina RNA-Seq短序列的转录组从头组装软件比较与优化(英文)

利用公共数据库中果蝇F1代和栽培水稻基于高通量Illumina测序平台的RNA-Seq短序列数据,比较了8个(ABySS,Velvet,SOAPdenovo,Oases,Trinity,Multiple-k,T-IDBA and Trans-ABySS)转录组从头组装软件。结果显示,在基于单一k-mer和多重k-mer方法的两类软件中,Trinity和Trans-ABySS分别表现出最好的组装性能,而其它软件性能比较接近。我们还发现基于多重k-mer比单一k-mer可以组装获得更多的总碱基数目,但是即使利用最好的多重k-mer组装软件,所获得的数据质量也比研究人员所期望的要低。鉴于此,我们提出了"ETM"优化方法,将多重k-mer方法组合到Trinity中,使其在具有最好的组装性能的基础上兼具了多重k-mer的优势,测试结果显示了该方法具有一定的优越性。我们的研究结果为用户选择合适的软件提供了依据,对推动基于高通量Illumina测序的转录组研究具有重要意义。